1944年初，盟军开始在太平洋展开全面反攻。东条英机在内外交困下，被迫于7月辞职，这使山下奉文终于看到了可以重新出头的机会。当年6月底，一批原皇道派军官及曾在30年代同情北进派的军官，企图建立一个以寺内寿一元帅为首相，山下奉文为陆军大臣的“坚持战争的政府”，但被天皇以南方需要寺内而拒绝。出于时局和对山下奉文能力的考虑，木户向天皇建议召回山下奉文，向他说明关于“捷一号作战”（日军旨在重新打开南太平洋战局的作战计划）的决心及设想，并给他一周时间去了解太平洋战局。就这样，山下奉文于1944年9月26日被任命为第14方面军司令官，负责指挥在菲律宾的日军官兵作战。赴任前，他终于被恩准觐见天皇。9月30日上午10时，山下奉文由在牡丹江时的高级参谋，新任为第14方面军参谋副长西村敏雄少将和构泽副官二人陪同，到宫中晋谒天皇。 “辛苦！……帝国安危重任，皆落于驻菲部队之肩上……”。山下奉文低着头，耳边飘过天皇尖细而缓慢的语音。他按照事先侍从官所教给的礼节，静悄悄地缓步退了出来，到门口的近前，仰望了一下远处端坐的天皇，深深地行了叩拜礼。“向您告别……”紧闭了嘴唇默念着。 隐居在家中的日本第一兵家石原莞尔听到这件事只评论了一句：“可怜的山下，大概要死在菲律宾了。”