1929年初，马仲英部经甘南草原进入青海湟源，暗中勾结驻守湟源的宁海军骑兵营营长马步元，攻破县城。破城后马部士兵“逢男丁即杀，遇妇女则辱”，城内2400余名百姓遇害，其中青壮年男子几乎被屠戮殆尽。西城低洼处的“万人坑”旁，一口半干涸的水池里漂浮着数十具幼儿尸体，血水将池岸的黄土染成赭色。 城外十五里的五屯上下庄，聚居着三百户以塑画为业的汉民，他们据守土堡抵抗。马部用炸药炸开堡门后，持刀冲入堡内，两小时内将堡中精壮男子斩杀殆尽，妇女被掳掠至附近山沟侮辱，百年积累的唐卡、雕塑等艺术珍品被装车运走，传承数代的热贡艺术在此地彻底断绝。幸存者回忆：“堡内尸横遍野，连巷口的石磨都溅满脑浆”。 此前马仲英尚以“不杀回、不杀汉”标榜，此后其部队彻底沦为烧杀抢掠的匪军。士兵中混杂的河州溃兵、甘南山匪与失业游民，在“报仇”的口号下释放兽性，宗教旗帜已沦为暴行的遮羞布。 同年3月11日，马仲英率部抵达永昌县城。据《民勤县志》记载，他以“向县城借粮”为由要求开城，守城民团因此前听闻湟源惨案，紧闭城门并开枪警告，混乱中误杀马部一名旅长。此事件成为屠城的导火索。马仲英令部下用云梯攀城，并用缴获的山炮轰击北门，至黄昏破城。 入城后，马仲英下达“屠城三日”的命令。士兵挨家挨户搜查，将男子驱赶到城外河滩集体屠杀，躲入寺庙的妇孺也被拖出侮辱。县城西街的圣容寺内，80余名避难百姓被锁在大殿中活活烧死；东门瓮城处，士兵用马刀砍杀百姓，刀刃卷口后便令俘虏自掘土坑，跪成一排枪杀。 据永昌县档案统计，此次屠杀中男子死亡达2200至3200人，城内适龄妇女几乎全部遭辱，幸存者称“街头巷尾尽是女尸，许多人被剥光衣服钉在门板上”。永昌自此因寡妇遍地，被称为“寡妇城”，直至1940年代，城内仍可见成群结队的孤寡妇人沿街乞讨。 屠永昌后，马仲英挥师东进民勤。4月初，其弟马仲杰率前锋部队抵达民勤城外，以“补充给养”为名向县城索要粮食、布匹。民团团长孟述先因目睹永昌惨状，率团丁在城外伏击，击毙索要物资的马部士兵20余人。马仲英闻讯大怒，令马仲杰全力攻城。 民勤城墙高厚，马部久攻不下，遂采用“挖墙填壕”战术：士兵在夜色掩护下挖掘城墙基部，填入柴草纵火，使北段城墙塌陷十余丈。4月12日破城后，马仲杰下令“三日不封刀”，士兵涌入城内烧杀抢掠。县长雷尚志率卫队巷战，被俘后被斩首悬于城门，首级旁悬挂木牌书“抗拒义师者戒”。劫掠持续了17天，士兵将民宅的门窗、梁柱拆下当柴火烧，商号的布匹、粮食被装车运走，城内9000余居民中4600余人遇害。西校场的枯井中，塞满了投井自尽的妇女尸体，井沿上血迹斑斑；东城门附近的民居被纵火焚烧，残垣断壁间随处可见烧焦的尸体。 同年5月，吉鸿昌率国民军36师追击至此，目睹的景象令久经沙场的官兵战栗：“黄沙漫道，尸骸枕藉，县城内炊烟断绝，唯有野狗在废墟中啃食尸骨，井水因尸体腐烂而发黑，百姓称‘井塞人骸，蝇虫蔽日’”。民勤的社会结构被彻底摧毁，直至1950年代，当地老人仍记得“满城都是哭丧声，活着的人连埋尸的力气都没有”。 1929年4月下旬，马仲英趁宁夏城（今银川）防务空虚，率部沿黄河西岸疾进。此时宁夏城守将马福寿兵力单薄，马仲英派人策反城内回族士绅，以“保护穆斯林”为口号，于4月28日黎明破城。 入城初期，马部士兵实施无差别屠杀：穿制服者（多为国民军散兵）、留分头者（被指为“受新思想蛊惑”）、操直鲁豫口音者（多为经商或务工的外省人）一律处死。银川东大街的“晋商八大家”商号被洗劫一空，掌柜伙计全遭杀害；南门楼附近，士兵设立临时刑场，每日斩杀数十人，人头堆成小山。据《银川史话》记载，马仲英的卫队中有不少河州“刀客”，他们以割人耳鼻为乐，街头常有被残害的百姓爬行呼救。 直至马福祥的管家马廷秀以阿拉伯语面见马仲英，以“圣训禁止滥杀”劝谏，马仲英才下令发放“保护白旗”，令百姓悬挂于门前以示“良民”。但此时城内已尸横遍野，西门外的唐徕渠中漂浮着数百具尸体，河水数月无法饮用。 马仲英率部逃走之后，国民军随后的“清乡”政策更激化了矛盾。大通清乡司令赵璞宣扬“回即汉改”，下令将湟源幸存的东关回民集体处决，民和、乐都等地设立“平叛委员会”，不分首从地报复回族群众。马部败退后，河西走廊十室九空，伤寒、鼠疫等瘟疫横行，1929年的大饥荒更使灾情雪上加霜。 据《甘肃通志》不完全统计，1928-1929年间，马仲英部直接屠杀平民逾万人，间接因战乱、饥荒、瘟疫死者达数万人，甘青宁交界地带人口锐减近三成。永昌、民勤等地直至1949年仍未恢复元气，县志记载“田野荒芜，村落为墟，老弱转徙，少壮流亡”。