同年二月十三日，马化龙率亲属22人走出金积堡，至湘军大营束手就擒。二月二十一日，马化龙父子及亲属被处决于金积堡西门外，“行刑之日，堡内回民哭声震野”。随后，湘军攻入金积堡，“搜杀三日，堡内人口十去其七”，宁夏回民反清武装至此被平息。 同治二年十二月中旬，宁夏府城回民因不堪新任知府吕际韶“催缴积欠，鞭笞无度”，开始秘密联络城外同族力量。据《清实录·同治朝》卷71记载，十二月十九日夜，“府城回民内应，外匪乘势突入”，城外武装力量分三路进攻，东门守兵因“久欠军饷，无心恋战”，率先溃散，武装力量由此涌入。总兵丰登额在总兵署组织亲兵抵抗，至午夜时分署内起火，丰登额“见大势已去，拔剑自刎”，其亲兵30余人战死。至次日黎明，府城各主要街巷被武装力量控制，知府吕际韶在逃往满城途中被截杀，卸任道员侯云登因“曾任宁夏道时，多所抑压回民”，在宅中被处死。 十二月二十一日夜，武装力量转攻满城。满城建于乾隆年间，周长九里，设有四门，驻有镶黄、正白两旗兵丁1200余人，由协领、佐领等官员统领。据《银川小志》记载，进攻时“义军架云梯登城，满兵以弓箭、抬枪抵抗，激战至寅时，北城塌陷，遂破”，此战中满营佐领3人、牛录5人阵亡，旗兵伤亡400余人，武装力量缴获“鸟枪三百余杆、火药二十余石、粮米千余石”。 马化龙能够在此时介入宁夏局势，与其深厚的社会根基密不可分。他出身于灵州（今灵武）回民望族，其家族自嘉庆年间起便是当地哲合忍耶门宦的重要传承者，在宗教层面拥有“总穆拉”（大导师）的号召力；在世俗层面，马家通过经商（皮毛、盐业）与屯田，积累了雄厚的经济实力，控制着金积堡周边数十处水利设施，“有良田数千亩，佃户数百户”（《平回志》）。 同治二年十二月二十二日，马化龙率卫队500余人抵达宁夏府城，其行程在《宁夏新志》中有明确记载：“自金积堡出发，经吴忠堡、永宁，沿途回民村落设案迎送，至府城时，城中回民执香跪迎，道途为之堵塞”。抵达后，他在原知府衙门召开会议，参与人员包括府城武装首领赫明堂、穆生华，以及来自平罗、中卫的回民代表共23人，会议达成三项共识。 马化龙的整合行动迅速显现效果。至同治三年（1864年）春，宁夏府城周边的平罗、宁朔（今贺兰）、中卫等县相继发生类似局势变动，清廷在宁夏的统治仅存满城及少数孤立据点。马化龙随后返回金积堡，通过“宗教感召+经济扶持”的方式巩固影响力：他在金积堡设立“义仓”，向贫困回民发放粮食；开设“枪械局”，招募陕西工匠制造抬枪、火炮；甚至建立“经堂”，招收各族子弟学习，提出“回汉一家，皆为赤子”的主张，吸引部分汉族贫民加入其势力范围。 同治三年（1864年）正月，陕甘总督熙麟奏请朝廷“速派劲旅赴宁”，清廷令绥远城将军德勒克多尔济率军驰援，但援军行至磴口（今巴彦淖尔境内）便因“粮运不济，马匹多毙”而停滞。同年五月，多隆阿率湘军进入陕西，清廷令其兼顾宁夏，多隆阿遂派副将石清吉率军5000人进攻宁夏府城，却在城外被马化龙部署的“连环营”击退，石清吉阵亡。 同治五年（1866年），穆图善接任宁夏将军，采取“招抚为主”的策略，与马化龙达成暂时妥协：清廷承认马化龙对金积堡及宁夏府城周边的实际控制，马化龙则承诺“不犯满城，不扰汉民村落”。这一时期，宁夏府城出现短暂的秩序恢复，马化龙在此设立“议事局”，由回汉各3名代表组成，负责处理民事纠纷，城内商业逐渐复苏，“绸缎铺、粮行复开者二十余家”（《银川小志》）。 但妥协并未持续太久。同治七年（1868年），左宗棠受命督办陕甘军务，其“先剿后抚”的方针彻底改变了局势。左宗棠制定“三路进兵”计划：北路从绥远攻宁夏，中路从固原攻金积堡，南路从河州（今临夏）阻截援军。至同治九年（1870年）秋，金积堡被湘军刘松山部围困，粮道断绝，堡内“人相食，战马尽毙”（《左文襄公全集·奏稿》）。 同治十年（1871年）正月，马化龙为保全堡内百姓，派其子马耀邦赴湘军大营谈判，提出“愿献堡投降，只求保全堡内老弱”。左宗棠在给朝廷的奏折中称：“马化龙为陕甘回乱之首，若不除之，终为后患”，遂拒绝其条件，要求“献堡、缴械、自缚请罪”。 同年二月十三日，马化龙率亲属22人走出金积堡，至湘军大营束手就擒。据《清实录·同治朝》卷289记载，二月二十一日，马化龙父子及亲属被处决于金积堡西门外，“行刑之日，堡内回民哭声震野”。随后，湘军攻入金积堡，“搜杀三日，堡内人口十去其七”，宁夏府城的武装力量闻讯溃散，清廷重新接管府城，任命成瑞为宁夏知府，逐步恢复行政体系。