摩尼的思想很大程度上受到了2世纪基督教异端马克安派的影响。马克安认为旧约的上帝以严酷的律法统治世界，他是“公义”的，但没有仁慈和善良。他的创造物也是如此。在他之上，是一位至善的、不为人所知的神。这位彼岸的神出自于仁慈的爱，派遣他的儿子耶稣来到这个世界拯救人类。马克安支持幻影说，耶稣的身体是神进入人世而制造出的幻影，但也确实承受了十字架上的死亡。因此，马克安反对旧约，只挑选了10封保罗书信和路加福音作为圣经。他认为耶稣的思想被犹太使徒败坏，基督教思想被犹太教所渗入，只有保罗才是继承耶稣基督精神的唯一使徒。在他的思想刺激下，教廷被迫组织人手编撰新约“正典”。马克安自己的教会并未流传很久，但其思想在基督教异端史上影响重大。

摩尼接受了马克安的思想，并且将其深化和扩展。摩尼教持绝对二元论思想，对立程度比基督教二元论异端更为激进。摩尼教认为耶稣是其最高神明尊察宛的儿子，而非旧约上帝神之子。“自是明尊怜愍子，复是明性能救父”，因此，摩尼教对于三位一体的理解也与基督教不同。摩尼教认为明尊察宛、光明耶稣和大诺斯三位一体，耶稣自身又有三个位格，即光明耶稣、弥赛亚耶稣和受难耶稣。光明耶稣居于明界，他最先给予人类启示，同时也是最后的审判者。光明耶稣和大诺斯（慧明）共同发出弥赛亚耶稣，也就是世人所见的拿撒勒人耶稣。耶稣的降临并非道成肉身，而是一个幻影。因此，摩尼教认为耶稣只有神性而无人性（基督一性论）。在耶稣被钉上十字架时，天地震动，受难耶稣的位格显现出来。受难耶稣将救赎赋予万物。耶稣的力量位于太阳，智慧位于月亮，本质位于光耀柱（光明十字架）。慧明圣使大诺斯，即摩尼，是圣灵化身、智慧之源泉，是最后和最完美的使者。

虽然摩尼教徒把琐罗亚斯德教的思想纳入自己的宗教，也不断吸收佛教的概念，但他们认为自己才是真正的基督徒。他们借用《旧约·诗篇》和《新约》的某些内容，尤其是保罗书信。此外，他们还阅读、传抄基督教的外典文献。

摩尼教的教义基础二宗三际论受到了祆教善恶二元论的深刻影响。摩尼教最高神明尊察宛，波斯语意为“时间”，引申为“永恒时间之神”。祆教察宛派为了解决善恶二神为兄弟的问题，提出察宛神作为二神之上的至高神，这一神名被摩尼教所借用。摩尼教认为祆教的至高神阿胡拉·玛兹达就是明尊第一次召唤出的战争之神先意。

摩尼教的轮回观念可能是受了佛教的影响。但与佛教的六道轮回不同的是，摩尼教认为轮回的概念只包括人类。摩尼教认为佛陀也是慧明圣使的化身之一。在中亚、印度传播时，信徒把摩尼当做弥勒佛化身。唐代文献《摩尼光佛教法仪略》更是宣扬摩尼、老子、佛陀的三圣同一论：“则老君托孕，太阳流其晶；释迦受胎，日轮叶其象。资灵本本，三圣亦何殊？成性存存，一贯皆悟道。”摩尼教在中国传播时也曾借用佛教名词，称教主为“摩尼光佛”，把众神都翻译为“佛”，又把光耀柱翻译成“卢舍那法身”，取其光明遍照、任持世界之意，因而被佛教判定为附佛外道加以攻击。

摩尼教在创立的时候借鉴了基督教、琐罗亚斯德教、佛教等宗教的诸多成分。在其信徒传教过程中，又常常将其伪装成其他宗教的一支以减小传播阻力，因此历史上很多时候难以将摩尼教与其他宗教区分开来。在西方，摩尼教有时被认为是基督教异端，在东方则被当做附佛外道。

20世纪以来，摩尼教与琐罗亚斯德教常常被混淆。敦煌出土的摩尼教经典《摩尼教残经一》在发现之初，以“波斯教”名之，因时人无法确定究竟是二者中哪一个的经典，而二者又同出波斯。摩尼教与琐罗亚斯德教的混淆由此开始。“波斯教”、“拜火教”之名，常用于不加区分地称呼这两种宗教。在金庸写作《倚天屠龙记》后，这种混淆更为严重。《倚天屠龙记》中的明教主要取材于以历史上的摩尼教-明教，又掺杂了琐罗亚斯德教拜火的特色，因此这种混淆借助小说的巨大影响力得以传播。