清中叶以前，少林寺虽不如唐、宋、元、明历代兴盛，但也进行了一定规模的寺院建设，寺院范围仍比较大。明代以来，少林寺的诵经演武之风仍很流行。清政府仿效明朝，通过建立僧会司和钦命寺院住持僧等形式，对寺院和寺僧进行管理与控制。康熙和乾隆皇帝还亲自为少林寺、天王殿、初祖殿、三世佛殿、毗卢殿、达摩殿题写匾额。乾隆十五年（1750年）高宗弘历游中岳时，还住宿少林寺，并题诗留念。雍正十三年（1735年），由河东总督王士性向皇帝奏请，经世宗胤祯准奏，少林寺进行了清代历史上规模最大的一次整修。在这次寺院大修缮中，一个最大的错误是把寺对面山坡上由明代无言道公辛勤种植的大片柏树林带，时称柏阪，斩伐一空，蓊蔚秀丽的绿岭变成了一片狼藉的光山秃岭。清乾隆四十五年，还大修了千佛殿。这次大修改变了千佛殿的原有面貌。此后，修缮规模逐步变小，新的损毁又带给寺院一派衰败景象。1928年，石友三纵兵放火，把少林寺的主体建筑，如大雄宝殿、法堂、钟楼、鼓楼、天王殿、六祖殿、紧那罗殿等，除立雪亭与千佛殿、山门外，几乎全部化为灰烬。寺僧被迫逃亡他乡。