引言
衰老是一个复杂的系统性过程,在细胞层面表观遗传变化在衰老相关的功能衰退中发挥了重要作用。表观遗传时钟可以在整个生命周期中高精度的估算出生物体的年龄,这表明存在一种跨越生物体成熟和衰老的机制【1-3】。发育成熟过程中的转录调控被认为是一种程序性调控机制,细胞特异性的转录因子组合填充顺式作用元件(CREs),从而塑造支持细胞类型功能的转录网络,使不同的体细胞命运得以体现。这种程序性转录调控机制伴随着染色质可及性的重塑,其中先锋转录因子(Transcription factors, TFs)发挥了重要作用【4】。先锋TFs诱导染色质的开放和关闭,介导了TFs重分布,从而通过协同作用推动细胞状态的转变,包括了成熟和衰老过程。
近日,来自澳大利亚昆士兰大学的Christian M. Nefzger课题组在Cell Metabolism上发表了研究论文The activity of early-life gene regulatory elements is hijacked in aging through pervasive AP-1-linked chromatin opening。在本研究中,作者揭示了生物体成和衰老过程中染色质重塑之间的机理联系,通过两个过程的组学分析发现了基因组调控元件中共享的转录因子结合模式,强调了先锋因子AP-1和细胞特性转录因子的结合位点丰度差异的关键作用。



模式图(Credit: Cell Metabolism)
总的来说,这篇文章利用ATAC-seq和RNA-seq关联分析揭示了与衰老和成熟过程中的染色质重塑和TFs重分布特征,发现了先锋因子AP-1在其中的关键作用,即AP-1相关的染色质开放通过破坏富含细胞特征TF结合位点区域来驱动生物体成熟,从而重新规划转录调控和细胞功能。参考文献
1. Lu, A.T., Fei, Z., Haghani, A., Robeck, T.R., Zoller, J.A., Li, C.Z., Lowe, R., Yan, Q., Zhang, J., Vu, H., et al. (2023). Universal DNA methylation age across mammalian tissues. Nat Aging 3, 1144–1166.2. Horvath, S. (2013). DNA methylation age of human tissues and cell types. Genome Biol. 14, R115.3. Stubbs, T.M., Bonder, M.J., Stark, A.-K., Krueger, F., BI; Ageing; Clock Team, von Meyenn, F., Stegle, O., and Reik, W. (2017). Multi-tissue DNA methylation age predictor in mouse. Genome Biol. 18, 68.4. Zaret, K.S. (2020). Pioneer transcription factors initiating gene network changes. Annu. Rev. Genet. 54, 367–385.https://doi.org/10.1016/j.cmet.2024.06.006责编|探索君
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文章来源|“BioArt”
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