日本海贼最早可追溯至景行天皇时期。依据《肥前国风土记》记载，景行天皇行幸志式岛，观海中之岛有烟升起，使人探察，知当地有大耳、垂耳两处土蜘蛛盘踞，乃命部下捕杀，大耳被俘获后即表示恭顺，并纳上海产物等贡品。
《日本书纪》也记述了景行天皇行至丰后硕田国，遭遇青、白、打猿、八田、国摩侣等五处土蜘蛛势力。“是五人并其为人强力。亦众类多之。皆曰。不从皇命。兴兵距焉。天皇恶之不得进行。”土蜘蛛，即是古代日本对不愿归顺天皇政权的地方土著势力的蔑称。
古代海贼行为通常与各部落间的战争、掠夺混合在一起，极难分辨。大和国家成立之初，各地土著势力与新政权摩擦、冲突不断，从大和政权的角度出发，沿海地区对立的土蜘蛛势力即可被视为日本古代海贼的前身。
但凡海贼出没，附近海上流通与经济发展程度必然十分繁荣。作为典型性海洋列岛国家的日本，其外海辐射面积广阔，毗邻东亚诸国，自古以来利用海洋进行对外交流的活动十分频繁；
列岛岛内存有大量的河川湖泊交织成的水网通路，加之漫长而又曲折的内海海岸沿线具有众多优良海港，发达的国内水路网络配置以重要的出海港口作为枢纽，为岛民水上交通提供了充分的机动性和便利性，更为古代日本的内海航运业和海外贸易提供了良好的基础。
古代律令制国家时期，国衙、寺社以及庄园主导的年贡、赋税等大宗物资运输，利用便利的水路交通将盐、麦、稻米、木材等租调及贡纳物品输送至京都或各地的寺社，开启了由古代国家所组织的具有“公用”性质的大规模的海上运输活动。
正是通过长期不断地积累和开拓，“公用”性质的海运活动所维持的巨大的通航量，成为促成古代日本国内主要航路开辟和沿岸船货集散地区经济发展繁荣的原始动力。
12~14世纪，随着民间生产的扩大和物资流通活动日趋活跃，钱货交易以及地方商业市场体制的不断完善，纳钱代物和现地交易逐渐盛行，对“公用”性质的远程输送产生了冲击。特别是在律令制国家瓦解后，朝廷与寺社的力量普遍衰退，亦无力维持大规模的远航活动。
因此，这一时期地方武士豪族以及稍后兴起的民间商贾、百姓所开展的“私用”性质以及盈利性质的海运、海商活动开始成为支撑日本国内海上航运繁荣的根本动力。伴随着国衙、寺社和庄园的衰落，“公用”性质的航运活动则逐渐退居于次位。
海路流通领域的不断拓宽，海上交流往来的频繁，必然推动国内经济的繁荣。平安时代末期，由于商品与货币经济的发展，庄园制普遍兴起，土地私垦与兼并现象严重，大量农民失去土地沦为浪人，成为引发社会不安定的潜在因子。
律令制国家瓦解后，社会秩序混乱，大量流民成为暴徒，频繁地抢夺运输朝廷物资队伍，袭击贵族庄园，捣毁官衙。地方官吏只能通过组织武士来维持治安稳定。在沿海一带，暴戾与冲动的“海民”与武士间的战斗也愈发残酷激烈。当时沿海地区武士数量陡增，也说明了正常的海上秩序受到了海贼的严重的威胁。
战国时期海路交通与商业持续繁荣，但远地间人员与物资的流通由于受到各地林立的海贼关卡阻截，行动极为艰难。当时丰后天主教大名大友宗磷，出于对海贼活动的防范，经常为神父和信徒友人提供必要的武装护卫。其实不仅海上往返通行的一般客商、旅人需搭乘武装商船，即便是一国大名、一城之主，在出行海上时若无海贼保护，也会由大批武装护送。
尽管海贼对广域的流通体系的发展产生了极其负面的作用，但是对其控制地域通常采取地方保护的策略。例如位处濑户内海中部的忽那七岛，1582年能岛村上在氏完全取得当地的控制权之前，忽那七岛是来岛、能岛及其他几个伊予海贼势力的重叠活动的重要区域。
忽那七岛生产的小麦、稻米以及各种海鱼、海参、海藻、牡蛎等产品是众海贼粮食补给的重要来源。活动在附近地区的海贼势力通常会以要求“贡品”、“礼品”的形式向这些岛屿采集粮秣等生活必需品。而作为补偿，海贼在允诺对这些地区提供保护的同时，也会经常性的将一些通过海路征收或掠夺到的物品，以极其低廉的价格在当地进行商品交换。
作为战国时期海上的真正主宰，海贼所拥有的巨大的海上组织能力、军事能力和海洋的支配能力，使其能够对临近的陆上大名的政策产生影响，甚至改变周边地区的政治格局。
严岛之战中村上海贼协助毛利氏逆转战局，消灭陶晴贤。经过这一关键性的胜利，西国守护大名大内氏就此没落，而弱小的战国大名毛利元迅速跃居战国时代强者之列。毛利氏兴起后，作为军事同盟者的村上海贼却采取了一种摇摆的态度。
在1570年代，在毛利氏同大友氏、浦上氏、织田氏三方角逐、激烈争斗时，身处四家大名之间的村上海贼表面上仍是协助毛利的水军力量，暗地却和其他三家大名互通友好。特别是第二次木津川水战后，来岛海贼首先倒戈织田。
不久，能岛村上氏也向织田信长进贡猎鹰，以示友好。村上海贼制衡大名的策略，根本上源于其海上独立、自主的特征，与陆地大名不同，战国海贼的生存与发展空间完全依赖于海洋。因此，维持周边大名对立的局面，制衡大名力量的消长，也是村上海贼的一项重要任务。
吴廷璆．日本史[M]，天津：天津南开大学出版社，1994 年
