高压氧舱治疗的禁忌症主要包括未处理的气胸，这是绝对禁忌症。相对禁忌症有重度上呼吸道感染、重度鼻窦炎、支气管扩张、重度肺气肿、肺大泡、心率低于50次/分、视网膜剥离、怀孕前三个月、活动性出血及出血性疾病、结核空洞并咯血、早产儿及极低体重儿（体重小于2000g）。这些情况下需谨慎评估是否适合进行高压氧治疗。