万寿寺始建于明万历五年，因崇尚佛教的李太后为完成先帝重整汉经厂夙愿而建，万历皇帝赐寺名为“护国万寿寺”。清朝时期，顺治皇帝赐匾额“敕建护国万寿寺”，康熙60大寿、乾陵母亲60、70大寿以及慈禧60大寿均在此举行盛典。从万历年间到清末三百年间，万寿寺最终形成了混合着园林、行宫、佛法僧空间的三路宏大建筑群。