后期的丘处机有没有超过前期的王重阳？

我觉得超过了。根据郭靖对战欧阳锋、对战金轮，还有神雕后期金轮对战一灯、周伯通的描述来说。

三论五绝的内力水平＞二论五绝的两倍。一论五绝每个人身上也就二十年左右功力，二论五绝的内力水平最少是一论五绝的两倍。

也就是说三论五绝的内功水平最少是一论五绝的四五倍。神雕时期四五个丘处机内力之和相对于五绝只强不弱。

神雕丘处机只是略弱于蒙古三杰，强过朱子柳、霍都、李莫愁。

李莫愁又强过没断臂的杨过，杨过强过三十岁的黄老邪，也就是神雕丘处机远远强过三十岁的黄老邪，这说明后期的丘处机已经大概率强过前期的王重阳。