1929年伊朗革命领袖霍梅尼迎娶德黑兰一位教士的13岁女儿卡娣雅·萨基菲。卡娣雅·萨基菲在2009年逝世。他们育有七名儿女，其中两名不幸夭折。 长子穆斯塔法在与父亲流亡期间在伊拉克纳杰夫逝世。 次子艾哈迈德·霍梅尼在1995年逝世。 女儿扎赫拉·穆斯塔法维是德黑兰大学的教授，至今仍健在。 霍梅尼的15名孙儿女当中包括： 扎赫拉·埃什拉吉：霍梅尼的孙女，下嫁给伊朗主要改革派政党伊斯兰伊朗参与阵线的党魁穆罕默德·礼萨·哈塔米。 哈桑·霍梅尼：霍梅尼的长孙、艾哈迈德·霍梅尼的儿子。他是一名教士及霍梅尼陵的受托人，支持伊朗的改革运动和米尔-侯赛因·穆萨维呼吁撤销2009年大选结果。 侯赛因·霍梅尼：霍梅尼的另一名孙儿、穆斯塔法·霍梅尼的儿子。他是一位中级教士，强烈反对伊斯兰共和国的政体。 阿里·埃什拉吉：霍梅尼的另一名孙儿。他被指对伊斯兰革命的忠诚不足而被取消了2008年议会选举的候选资格，后来得到恢复。 1989年6月3日22时22分（当地时间）霍梅尼因心脏病发逝世，享年88岁。