万历皇帝初即位，两宫太后召见张居正，让他对王九思一案发表看法。在两宫太后看来，王九思利用丹药害死皇上，应该公审对。而张居正不同意的原因只有一点，那便是会毁坏隆庆皇帝的声誉，内阁在皇帝驾崩时就布告天下，说隆庆帝勤政爱民，恭俭厚德，是染病不幸身亡，此时公审王九思，那不是打脸吗？   当时内阁首辅高拱不满新任的掌印太监冯保上位，所以已经联合六部十三科相关人员对冯保进行弹劾，又以首辅之权来压张居正，让其把已经扣挥的张九思交出来；   如今就算是公审也是对高拱有利的，如果不公审，那就相当于完全由高拱说了算，毕竟王九思给皇上炼丹，高拱也有责任，若不是他的授意，一个平日时炼丹的妖道绝不会成为御医专伺皇上。   而对于冯保想将高拱在王九思这一案中治罪，张居正也是反对的，他觉得高拱虽然在这事情上有责任，但主要还是皇上的圣命难违，他是情有可原的。正当不知道该任命谁为主审人时，张居正自告奋勇，这个主审人应该由自己来，而王九思的罪名本有两条，但现在可以改为一条，将给皇上炼丹一事抹去，只追究他当街打死两条人命一条，这一条就足够他西市问斩了，自己绝不会有半点徇私。    很快两宫太后又以皇帝的名义发中旨到内阁，高拱和张居正接旨，王九思一案由张居正主持，三法司和东厂的负责人参加；高拱一听认为这明显是冯保的主意啊！   而听到张居正不为难自己，高拱也就放心许多了。但冯保为这事不高兴了，他想来个万历新政，就必然要扳倒高拱，所以他来找张居正，希望能跟自己合作。而张居正反而劝冯保与高拱冰释前嫌，这样才能更好的开创万历新政，最终两个没谈拢，冯保只得在审张九思时提出一个条件，那便让东厂的人扮成巡城御史府上的人前往刑部大牢见一见王九思，张居正也就答应了。   东厂的人很快就带着好酒好菜去见王九思，他透露了自己就是东厂的人，也就这样骗取了王九思的信任，他也就在第二天照着东厂负责人的话照做了。