中国历史才是政教合一，西方历史才是政教分离的。中国朝廷建立不容挑战的官方经典，汉武帝起就有了儒教，这并非初创时期的孔孟学说。儒教强调“君臣父子”的等级秩序，皇帝集政治与宗教领袖于一身，兼具“教皇”与“皇帝”角色。其颁布的“圣谕广训”如同天主教的“敷书”，具有神圣权威；诏书以“奉天承运，皇帝诏曰”开首，宣示天子地位，无需外部加冕。实际上就是政教合一，通过统一思想，不存在独立于朝廷的任何知识或宗教力量。 西方历史的制度基因以政教分离为核心。基督教自诞生之初独立于世俗政权，早期受罗马帝国迫害。《圣经》包含对世俗政权的永恒批判。即使基督教成为罗马帝国国教，教会也保持相对独立，皇帝无法修改《圣经》或控制教义解释。中世纪教会加冕国王，但国王仍然是独立的世俗政权，不仅官员，即使各地主教任命，世俗政权也会和教会博弈斗争。国王难以操控教会，教会也难以直接统治，两者一直是相互制衡相互博弈相互分离，一方彻底压倒另一方实行政教合一的统治，在时间和空间上都是极其有限的，并非历史主流，宗教改革只是进一步强化制度基因内本有的政教分离 这种神权与王权的长期分离、博弈和制衡，提供了空间，孕育了学术自由与科学进步。基督教认为万物由上帝创造，理解自然即是理解上帝的智慧，激励教徒从事严密的推理与观察。相比之下，中国儒教强调纲常，读书人追求仕途，缺乏探索自然的动力。