魏忠贤和阉党胡作非为，逐渐引起朝中官员的不满，天启四年六月，左副都御史杨涟上奏弹劾魏忠贤二十四条大罪，在奏疏中杨涟历数魏忠贤的罪行：自行拟旨，擅权乱政；斥逐直臣，重用私党；亲属滥加恩荫；利用东厂，残害忠良；生活穷奢极欲等等。

杨涟的这道奏疏一上，不少大臣纷纷响应，弹劾魏忠贤的奏疏多达数十份。

魏忠贤十分惊恐，连忙跑到熹宗（朱由校）面前哭诉自辩，并请求辞去东厂提督一职，熹宗让宦官王体乾把杨涟的奏疏念给他听，王体乾是魏忠贤的人，在念奏疏时，有意将奏疏中要紧的部分略过不念，熹宗听完后，觉得也没啥，还降旨向魏忠贤表示了慰问，并令阁臣魏广微传旨严厉斥责了杨涟。

杨涟当然不服气，就想等熹宗上朝时当面弹劾魏忠贤，魏忠贤听说后，想方设法让熹宗接连三天没能上朝，等到第四天熹宗终于上朝了，他身边却包围着近百名带甲宦官，并下敕令禁止百官奏事，杨涟计划落空，内阁首辅叶向高和礼部尚书翁正春上奏请求将魏忠贤斥归私第，平息朝臣怨气，熹宗果断拒绝了，朝野一片哗然，魏大中及给事中陈良训、许誉卿等70余人接连上疏弹劾魏忠贤，熹宗均不予理睬。

有熹宗给魏忠贤做靠山，魏忠贤更加嚣张，他开始对群臣发动反扑，工部营缮主事万燝见熹宗根本不采纳杨涟的奏疏，他十分气愤，便上奏揭露魏忠贤不肯将内官监的废铜器拿出来协助修建光宗陵墓，却在香山碧云寺大肆营造自己的坟墓。

魏忠贤见到奏疏吓得冷汗直冒，幸好熹宗没看见，魏忠贤勃然大怒，拟矫旨处罚万燝廷杖一百、削职为民，魏忠贤的爪牙闯入万燝家中，对他拳打脚踢，万燝被拖到午门时，已经奄奄一息，施加廷杖时，万燝直接被打死。

魏忠贤为排挤内阁首辅叶向高，又制造了逮杖林汝翥一案，林汝翥是叶向高的同乡，当时任职巡城御史，不久前他杖责了两个犯事的太监，魏忠贤拟矫旨对林汝翥进行杖责。

林汝翥连夜逃出京城，投奔遵化巡抚而去，阉人缇骑声称林汝翥藏在叶向高府邸，带人闯进叶府，大肆搜查，还侮辱叶家的女眷，叶向高只得上疏乞休，七月中旬，叶向高解官归田。

叶向高倒台后，许多东林党人接连被罢职，吏部尚书赵南星，侍郎陈于廷，御史高攀龙，杨涟、左光斗、魏大中等人均被罢免，魏忠贤又大力提拔同党，任命郭允厚、朱童蒙为太仆少 卿，吕鹏云、孙杰为大理寺卿，霍维华也被复职，至此，朝中几乎所有主要职务都为魏忠贤的党羽占据。

天启五年正月，顾秉谦被任命为内阁首辅，之后冯铨、黄立极、张瑞图、施凤来等人被引荐入阁，黄克缵、崔呈秀等人被安排为六部尚书，这些人都是魏忠贤的党羽，魏忠贤全面掌握了朝政大权，魏忠贤的权势恐怕也就只有秦朝赵高能和他相比了。