亚甲基蓝有杀菌作用。可以有效防治水霉病，这种病是观赏鱼和水产鱼类常见的真菌病，亚甲基蓝能够抑制真菌滋生，降低感染几率。而且它对一些细菌也有抑制效果，能够预防和治疗鱼的细菌性疾病，帮助受伤的鱼抵抗感染。 亚甲基蓝还能用于治疗鱼的白点病。白点病是由小瓜虫引起的，亚甲基蓝可以辅助治疗，减轻小瓜虫对鱼体的伤害。同时，它在一定程度上可以缓解鱼的应激反应，当鱼在运输、环境变化等情况下产生应激时，适当使用亚甲基蓝有助于鱼恢复状态。