短期内起到了钳制思想的作用，加强了思想控制，但也激起了士人对秦朝政府的敌视态度，如陈胜起兵后，孔子的八世孙孔鲋带领儒生加入义军。此外，还造成了皇室内部的争论，秦始皇长子扶苏进言反对处置儒生，被秦始皇迁怒，派遣他前往北方监督蒙恬军。对文化造成严重摧残，先秦时代的许多古籍被付之一炬，儒家学说传承困难，如《尚书》在流传过程中损失十篇。秦朝 “焚书” 政策还影响到后世今、古文经学的斗争，这种文化禁锢形式也为后代王朝所继承。