亚甲基蓝是一种有效的抗菌剂，能预防和治疗多种鱼类疾病。对水霉病、白点病等常见的真菌性和细菌性鱼病有良好的防治效果。比如，当鱼身上出现白色絮状物（水霉病症状），亚甲基蓝可以抑制真菌的生长繁殖，帮助病鱼恢复。 对于观赏鱼运输后的应激反应造成的疾病感染风险，它也能起到预防作用，减少鱼的死亡率。 亚甲基蓝可以通过氧化作用，减少鱼缸水体中的有机废物，分解氨氮等有害物质，优化水质环境。 有一定的除色作用，能够吸附一些导致水体变色的物质，使鱼缸的水保持清澈透明。