乙酰半胱氨酸的药理性质，有可能造成其他药物的分子键断裂，会影响大多数的抗菌药物（如青霉素类、头孢类、四环素类等）活性。所以在需要联合使用抗菌药物时，建议与乙酰半胱氨酸间隔2小时以上，最好可以达到4小时的间隔时间。

需要注意的是，不能同服也包括雾化剂型。乙酰半胱氨酸的雾化剂型可以直接作用于呼吸道，相较口服剂型起效更快，是目前常用的给药方法。但是在多药联合雾化时，药物在呼吸道局部浓度较高，也有可能发生相互作用影响疗效，需要间隔2小时以上交替使用。

与硝酸甘油合用时，可能会导致严重的低血压，如果必须合用，需要监控血压情况。不建议与镇咳药物联用， 镇咳药物会抑制咳嗽反射，导致痰液排出困难。