黄巢从陈州撤围后，率军向东北方的汴州（今河南开封）袭去，汴州是新晋宣武节度使朱全忠（朱温）的老巢，朱全忠见巢军势大，急忙向实力雄厚的沙陀军阀李克用求援。李克用闻警立刻率沙陀铁骑奋起直追，在黄河岸边的王满渡追上了巢军，趁其半渡督军奋击，大破黄巢军，阵斩万余人，被河水吞噬溺毙者难计其数，王满渡一战，黄巢军主力基本被彻底摧毁了。

发生在黄河岸边的王满渡大战，预示着一代枭雄黄巢在军事上已经失败。这场恶战结束后，黄巢部将均感大势已去，纷纷率部离他而去，相继向唐军缴械投降。

后来威震五代的名将李谠、葛从周、霍存、张归厚、张归霸等人皆是黄巢旧将，他们先后率部离开黄巢，向昔日的“老战友” 朱温（被唐僖宗赐名朱全忠）投降。而黄巢军的二号人物、堪称其左膀右臂的大齐太尉尚让，则在率军攻伐大梁的半道上被唐军截杀 ，兵败后走投无路，率余部归降了感化军节度使时溥。

黄巢惨败王满渡后率残部绕过汴州仓惶北上，在封丘再次被紧追不舍的李克用追上，又被剽悍的沙陀骑兵击溃，黄巢等奋死突出重围， 逃跑途中陆续收集残兵败将千余人，往东逃往兖州（今山东济宁），慌乱中，居然连幼子和当皇帝时的冠冕玺绶都被李克用虏获。

李克用率沙陀骁骑衔枚疾追，一直追至黄巢老家冤句（今山东菏泽），因昼夜疾驰，人困马乏，沿途不断有骑士掉队 ，最后只有百余骑兵追随左右，加上携带的粮食已经吃尽，884年5月11日，李克用放弃追击，返回汴州找朱温索要补给，同时聚齐人马，共灭黄巢。

接下来，追歼黄巢的重任被交给感化军节度使时溥。5月20日，时溥遣麾下大将李师悦和降将尚让率万余兵马追击黄巢，6月15日，唐军在兖州瑕丘与黄巢残军遭遇，这时，曾经拥兵60万的大齐皇帝黄巢，身边只剩1000多惊魂未定的残兵败将了。1万对1千，这场遭遇战自是毫无悬念，黄巢残军又被杀得大败亏输，死伤殆尽。6月17日，黄巢带着少数亲信将士奋死杀开条血路，逃进了泰山东南的虎狼谷。

《新唐书》记载，黄巢率少数残骑窜入虎狼谷后，心知大势已去，咸鱼翻不了身啦，遂对外甥林言说道：

“我本想为国家讨奸臣，革新朝政，但功成而不退，以致失败。我的脑袋不能便宜了别人，你拿去献给天子吧，还能图富贵”。

林言不忍心下手，黄巢毅然拔剑自刎，但却没能马上毙命，林言见他痛楚不堪，只得狠心砍下他的首级。随后，林言带人将黄巢的兄弟、妻妾等人都杀死，携带首级准备去投降唐军，不料路上遇到凶狠野蛮的博野（今河北保定）沙陀骑兵，这伙蛮兵不分青红皂白一拥而上，将林言等统统杀掉，枭首送到感化军节度使时溥处邀功。

还有文献记载，黄巢当时未死，替死的是其部将某某，他本人化装易容潜出虎狼谷，后来到某地寺院出家为僧 ，还做过洛阳一座著名禅院的主持僧，据说他临终前，用脚在地上划字，并以目示人，徒弟们看到地上赫然写着“黄巢”二字。

有私家笔记（野史）说，五代时名满天下的高僧翠微禅师，其实就是黄巢本人。

还有史料记载，驻军洛阳的将军张全义曾经偶遇一位僧人，相貌酷似黄巢。只不过那老僧死不承认，只说将军认错人了，声音听起来都那么耳熟......张全义本是黄巢老部下，两人很熟，张为人厚道，所以至死保守这个秘密，让人难辨此事真假 。

《全唐诗》收录了黄巢的一首诗：

记得当年草上飞，

铁衣著尽著僧衣。

天津桥上无人识，

独倚栏干看落晖。

这首诗确实不像普通人所写，据说是剃度出家的黄巢写的，但也仅仅是传说而已。不管怎样说，自此以后，这位搅起一阵阵血雨腥风、搞得天地翻覆的枭雄人物，已经彻底退出历史舞台，不能再影响或改变历史走向了。

从这个意义上来说，不论他是否死在虎狼谷里 ， 他也确实是死了。