禁止秸秆焚烧政策在改善大气质量方面起到了积极作用，但也引发了农作物病虫害加重和化肥农药使用量增加等问题。 一些地方已经开始探讨或实施允许有条件焚烧秸秆的政策。 焚烧秸秆可以杀死寄存在秸秆表面的病菌和虫卵，但是否能够烧死土壤中的病菌和虫卵则取决于焚烧条件。 一些农民担心不经焚烧的秸秆会带来病虫害。 专家建议，可以将染病虫害较重的秸秆离田利用。 目前，一些地方已经允许焚烧病虫害秸秆，但需经检疫确认确需焚烧才可以。 这表明，利用焚烧秸秆来防治病虫害已经受到重视。