14世纪和15世纪，这是牛津大学特许权急剧扩张的时期。特许权使得市民与大学之间矛盾不断激化，纠缠不休。在平息两者之间冲突的过程中，国王仍然是光明正大地袒护牛津大学，赋予牛津大学更多的特许权。14世纪中期，牛津大学彻底地掌握了牛津城的行政权，使大学和市民形成了一种管理和被管理的关系。

爱德华三世是金雀花王朝的第七位国王，在政治、军事和教育方面的功绩被广为传颂。他对牛津大学充满兴趣，大力支持牛津大学发展，同时也加大了对牛津大学的干预力度。在爱德华三世统治时期，牛津大学发展相对稳定。

在爱德华三世统治前期，牛津城与牛津大学屡次发生冲突。根据相关案例表明，每当牛津大学学者内心的冒险天性勃发，以袭击市民的方式寻求刺激，往往会酿成灾难性的后果。经过多次教训之后，爱德华三世积极采取措施维护牛津城的和平和安宁。1329年4月，爱德华三世下令搜捕牛津城携带武器的学者和市民，携带武器者将受到惩罚。

爱德华三世下令专门成立一个委员会，专门负责调查抢劫、偷盗、纵火、袭击、伤人和杀人等事件。牛津大学校长向爱德华三世请愿，要求实行更严厉的纪律监督体系。爱德华三世下令，执达官同牛津大学校长合作，禁止教师、学生和市民携带武器。虽然爱德华三世采取诸多措施力图维护牛津城的和平和安宁，但是根本原因尚未解决，所以牛津城无法恢复之前的和平和安宁。

与此同时，为了教师和学生能在和平和安宁的环境中学习，我们决定迁校。我们受沃伦伯爵的盛情邀请，我们决定把牛津大学迁往斯坦福德。牛津大学的迁校声明引起了国王的关注，爱德华三世强烈反对牛津大学的迁校之举，因为迁校不利于其统治。

1334年8月2日，爱德华三世命令郡守想方设法阻止牛津大学迁校，郡守宣誓维护牛津大学教师和学生的合法权益，维护牛津大学原有的特许权，校长拥有纪律监督权。虽然爱德华三世赋予牛津大学各种特许权，但是未解决牛津大学与牛津城之间矛盾的根源，两者之间的冲突仍旧时有发生。

1355年，牛津城市民与牛津大学之间诸多矛盾相互纠缠，全面爆发了一场极其严重的暴力事件，这是牛津大学发展史上最严重的一次危机。由于牛津大学教师和学生享有诸多特许权，校长具有行政管理权、司法审判权和监督权，这致使市长、治安法官和市民的权力受到了严重制约。1328年6月和1332年，牛津城市民向爱德华三世请愿，要求取消校长制定和监督度量衡法定标准的权利，取消校长对牛津城市民的传唤权。

因为牛津城市民是依据城市法活动的自由民，牛津大学校长以维护大学特许权为由为市民制定法律，违反了英格兰法律。针对市民的要求，爱德华三世每次均是拒绝。事实上，特许权使牛津大学成为一个居于市民之上的特权阶层。牛津大学把持着牛津城的治理权，让部分市民对此感到愤愤不平。

长此以往，牛津城市民的不满与积怨越来越深，促使市民与大学发生冲突，甚至出现了伤亡惨重的流血事件。黑死病引发市民对学者的嫉恨当爱德华三世为在法兰西的胜绩频频举杯时，他万万没有料到，一场比战争更可怕的灾难正在悄悄地向欧洲袭来，那就是令欧洲人谈虎色变的黑死病。

“黑死病”指的是1347-1352年席卷欧洲的一次流行病，由于患病的死者皮肤上有黑色斑块故得此名，现代人推测是腺鼠疫或者肺鼠疫的爆发。1348年7月7日，黑死病从海上传至英格兰南方海岸，降临至梅尔科姆。之后，席卷英格兰南部。1348-1349年，黑死病给牛津大学学者带来了很大的伤害，对正常的学术研究秩序产生了破坏性影响。在瘟疫流行期间，牛津大学的学生人数减少了近10%，一批教学名师去世，其中大部分名师死于“黑死病”。

但是，可以肯定的是，牛津大学学者多数比较年轻，绝大多数学者膳食水平超过全国平均水平。因此，他们抵抗疫病的能力相对较强。根据一项关于1340-1347年牛津大学87名神学院学者的调查样本表明，黑死病带给大学的破坏并没有想象中的那么严重。通过对有限的资料分析得知，当疫病来临时，牛津大学学者死亡率高达到25%，远低于乡村贫民和城市神职人员的死亡率，他们的死亡率高达40%。

为了降低瘟疫给牛津大学学术研究造成的破坏，牛津大学学者可以在疫病流行期间出国研修，或者可以回到乡下继续完成学业。他们因为躲避或庇护而幸免遇难，这容易引发牛津城市民的嫉恨。特惠人员数量持续增加牛津大学特许权不仅属于牛津大学的教师和学生，而且属于大学特惠人员。

特惠人员指的为牛津大学提供服务的侍从或商人，是牛津大学城内的特殊人员。牛津大学特惠人员包括专业服务人员（持标人、羊皮工匠、书籍装订员、抄写员、书稿彩饰人、敲钟人、药剂师、内科医生、外科医生、理发师、大学搬运工和送信人）、学舍和学院的各种服务人员（包括伙食管理员、男性管家、厨师和洗衣工）、学者仆人（某个特定时期）和学者亲属。他们为牛津大学发展带来了蓬勃的生命力，为中世纪牛津大学发展做出了相应的贡献。

总体而言，大学特许权授予对象广泛，这是牛津大学的特质。但是，牛津大学特惠人员日益膨胀，增加了牛津大学的管理难度。部分特惠人员会依仗特许权做出不少的荒唐之事，招来市民阶层的怨恨。特惠人员数量持续增加，使牛津大学和城市之间的矛盾迅速激化。为此，牛津大学定期调整特惠人员所涵盖的范畴。