建文四年，燕王朱棣攻下都城南京，当时的建文帝下落不明, 一说梦死，一说逃亡。究竟如何，众说纷纭。
自梦而死?据永乐年间修撰的《明太祖实录》记载，燕王朱棣发动靖难之役，经过四年的征战，获得全胜。 当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海。 最后，有人从灰烬中找到一具被烧得残缺不全、面目焦烂的户体，告诉朱棣这就是建文帝。朱棣备礼以葬，遣官致祭，朝三日。
朱棣后来在给朝鲜国王的语书中也说，没想到建文帝在好臣的威逼下纵火自杀。但是据有关资料记载，宫中大火后，太监在余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗，并未见到建文帝的戶体。朱棣为让天下知道建文帝已自，故作有祭文，但建文帝的坟墓在什么地方，从不曾明说。明末崇祯帝就曾说过，想祭礼建文帝，却不知他的幕在何处。
逃亡在外？《明太祖实录》的可靠性为人们所质疑，
因为朱棣就曾经三次修改《明太祖实录》
目的是要为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由。由于没有找到建文帝面目清晰的尸体，所以许多人一开始就不相信他死于火中。 到了明朝中后期,关于建文帝出逃的史料开始多起来。万历二年，12岁的明神宗曾向首辅张居正问及建文帝的下落，张居正回答: “国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。 ”可见他也倾向于建文帝出逃之说。
关于这种说法，谷应泰在《明史纪事本末》中的记载最具有代表性。 他说，在南京被攻破之时，建文帝曾想自杀，但在亲信的劝说下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。
有人说建文帝先逃到云贵地区，后来又報转到了南洋一带。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县電山普济寺内,接着隐置于穹#山皇驾庵，于永乐二十(1423年)在此病亡，被埋于庵后小山坡上。
玄武门是古城南京的一处古城门，现在玄武湖公园的大门。
建文帝的下落到底如何，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。
