抗日战争全面爆发后，国共两党开始合作抗日，陕北一带的红军主力改编为八路军。蒋介石为了限制八路军的发展，只给了三个师的番号，每个师定员15000人。当时八路军的兵力和武器装备与日寇相比存在着很大的差距，为了保卫总部的安全，成立了八路军总部特务团，下辖9个步兵连和三个直属连。作为保卫总部安全的“御林军”，特务团的团长该由谁来担任呢？
首先这个团长必须在政治上绝对可靠，不能遇到困难就动摇。其次还要有过硬的军事才能，以便在和敌人遭遇时能指挥部队，掩护总部首长脱险。以这两个硬指标为条件，上级最终选择了朱水秋。朱水秋是贫苦农民出身，为了谋生，加入了叶挺独立团，跟随部队参加了北伐。1927年8月，南昌起义爆发，朱水秋也参加了。起义成功后张发奎调集重兵发起反扑。
为了保存实力，起义部队主动撤离南昌，准备南下广东，在那里建立根据地，然后举行新的北伐。走到三河坝的时候，遭到钱大钧部的围堵。周士第的25师奉命留下来阻击敌人，朱水秋也参加了这次恶战。由于兵力相差过于悬殊，25师苦战后失利。周士第离队向上级汇报，余部在朱德和陈毅的带领下，转战到了湘南。此时毛主席已经率领秋收起义的余部上了井冈山，并站稳了脚跟。
得到这个消息后，朱德和陈毅率部也来到了井冈山，朱毛会师后，朱水秋升任排长。井冈山地广人稀，物产有限，加上敌人的围堵和封锁，红军的生活条件很苦。经常连盐都买不到，只能用土办法熬盐，吃的也是高粱米和南瓜饭。在这种情况下，朱水秋也从未动摇。后来中央红军被迫离开苏区开始长征，一路上除了要和围追堵截的敌人作战外，还面临着恶劣的自然环境的考验。
过草地的时候，由于筹措到的粮食有限，部队进入草地后不久就断了粮，靠着吃草根和野菜，朱水秋硬是走出了草地。经历过种种考验的朱水秋，在政治上是绝对可靠的，这也是上级任命他担任八路军总部特务团团长的重要前提。
此外朱水秋的军事才能也很高，中央红军时期，他参加过多次反围剿斗争，获得过三等红星奖章。长征途中，朱水秋经历过湘江恶战，数次和死神擦肩而过。黎平会议后，上级决定夺取遵义，并把这个任务交给了朱水秋任团长的红6团。一开始，朱水秋是准备强攻的，并亲自带第一营和侦察排先行。途中和敌军的一个营遭遇，朱水秋果断率部向敌人发起强攻，很快将敌军击溃，还活捉了数十人。
此时他冒出了一个大胆的想法，决定智取遵义城。他做通了俘虏兵的思想工作，将他们编成了一个排。然后让侦察排全部换上了国军的衣服，由俘虏兵组成的排在前面带路，顺利叫开了城门。进城后，朱水秋命令20多名司号员一起吹响冲锋号，城中的敌军搞不清楚红军的虚实，还以为红军大部队进了城，纷纷逃窜，朱水秋兵不血刃拿下了遵义。
这一仗打得十分漂亮，智勇双全的朱水秋在战后受到了上级的表扬。临场应变能力强，军事指挥才能出色，再加上政治上可靠，朱水秋顺理成章地成了八路军总部特务团的首任团长。
此外，朱水秋的资历也很老，他参加过南昌起义，经历过朱毛会师，担任过红6团的团长，后来的开国少将曾保堂当时在6团第一营当营长；1935年秋季，中央红军在俄界正式整编为陕甘支队，下辖十个大队，朱水秋出任第6大队大队长。当时杨得志是第一大队大队长，梁兴初是第二大队大队长，彭明治是第三大队参谋长。1955年大授衔的时候，杨得志是上将，梁兴初和彭明治都是中将。
红军时期的老资格，八路军初期又担任了“御林军统领”，照此发展下去，新中国成立后，朱水秋的成就应该不会低。但建国后，他却成了浏阳县武装部副部长，高开低走，为何会出现这种情况呢？还要从他的伤愈后的一次选择说起。红军时期朱水秋打仗十分勇猛，先后6次负伤，由于当时的医疗条件有限，这些伤势未能痊愈。担任八路军总部警卫团团长后不久，朱水秋旧伤复发。
当时延安的条件很苦，为了给朱水秋创造一个好的治疗条件，尽快让他康复，上级把他送到了武汉。经过一段时间的治疗后，朱水秋伤愈，就在他准备返回太行山的时候，遇到了他的同乡好友时任湘鄂赣特委负责人的罗梓铭。当时罗梓铭正在武汉向长江局汇报工作，为了加强敌后抗日力量，他希望上级能够给自己派一名懂军事的干部。遇到朱水秋后，罗梓铭认为这个老朋友就是最合适的人选，随即向上级建议，要求派朱水秋到湘鄂赣工作。
上级征求朱水秋的意见，作为一名战将，他还是想回到太行山继续带兵的，但看着好友期盼的眼神，他实在不忍心拒绝。最后他答应了罗梓铭的请求，来到湘鄂赣特委担任了军事部部长，特委的秘密机关设在平江。1939年6月，反动派制造了“平江惨案”，罗梓铭等特委负责人惨遭杀害，朱水秋因公外出，幸免遇难。得知朱水秋当过红军团长和八路军总部警卫团团长后，敌人认为他是一条“大鱼”，派出了许多特务对他搜捕。
为了躲避敌人的搜捕，朱水秋不断向偏远地带转移，后来和组织上失去了联系，成了一个普通的农民。1949年浏阳解放前夕，朱水秋经过多次努力，终于和当地的地下党取得了联系，这才恢复了组织生活。新中国成立后，朱水秋曾经的战友和一些部下都成了开国将军，他却被任命为浏阳县武装部副部长。对此朱水秋看得很开，没有任何怨言。1959年，由于身体原因，朱水秋离休，当时他还不到50岁。1994年，朱水秋病逝，享年84岁。