乾隆皇帝统一新疆之后，以伊犁将军为最高军政长官，辅以各部王公以及诸多伯克管理全疆事务，这就是史料中所称的“军府制”。这种制度在国家强大的时候尚不会出现问题，到了晚清时期，随着内忧外患的接踵而至，朝廷对新疆的控制逐步减弱。

当清王朝全力以赴镇压太平天国和捻军起义的时候，也就是同治三年时，新疆各地发生了民变，摧毁了清廷在新疆的统治体系。

同治九年，阿古柏侵占了乌鲁木齐和吐鲁番，沙俄又武装侵占伊犁地区。同治十三年，左宗棠在肃清陕甘回民起义之后，主张全力收复新疆。此次西征直到光绪四年初，才基本结束，除了伊犁之外，新疆全境宣告光复。

光绪三年，左宗棠率先提出在新疆建省的计划，同时，陕甘总督谭仲麟和督办新疆军务的刘锦棠也都建议朝廷在新疆建省。其中刘锦棠的提出的方案切实可行，尽可能减缓了旧制以及新制对满洲贵族权益的冲击，并得到了朝廷的认可。

光绪八年十一月，朝廷下旨批准了新疆建省的方案，令刘锦棠全权负责筹划事宜。新疆建省是清政府为了确保国家统一、领土完整的一个重大举措，进一步加强了新疆各族人民之间的往来，也促进了新疆社会的经济发展。

建省后，新疆设置了各道，在道之下设府、州、厅、县，基本上与内地省份等同。然而为了保证满洲权贵的利益，仍沿袭了伊犁将军之例。不过，伊犁将军的政治地位和权力，已今非昔比，其权力范围仅限于伊塔道边防事务，不再是新疆的最高军政长官。

伊犁将军降为八旗驻防之后，新疆的最高领导就是新设的新疆巡抚，史料中也称“甘肃新疆巡抚”。原先新疆的东部地区是由陕甘总督直接管辖的，新疆巡抚设立之后，陕甘总督不再过问乌鲁木齐和哈密地区的行政事务。

至光绪二十八年，新疆全省共设四道、六府、十一厅、二直隶州、一散州，二十三个县。

新疆建省后，朝廷根据新的情况调整了对南疆的管理办法，首先是取消了原有的伯克制，并削弱了王公们的势力。

不过也不能一撸到底，仍保留了哈密王公所拥有的土地农奴，其他各部王公仅保留一个虚衔，其他特权皆被废除，这些王公和宗室一样，每年领取固定的俸禄。

对于部分拥有特殊地位和影响的少数民族首领，则予以区别对待，朝廷保留了他们的爵位和封地，所以有些地区依然实行蒙古札萨克制，只不过权力方面也受到很大的控制。

经过改制，清廷在哈密保留扎萨克亲王一员，吐鲁番札萨克多罗郡王一员，库车郡王一员，阿克苏郡王衔贝勒一员，拜城辅国公一员，乌什贝子衔辅国公一员，以及和阗辅国公一员，此外再无其他王公。

随着军府制退出历史舞台，原先朝廷派往新疆的驻军大臣也都先后裁撤。乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣、哈密办事大臣、叶尔羌办事大臣、和阗办事大臣、乌什办事大臣、阿克苏办事大臣、库车办事大臣、巴里坤领队大臣、古城领队大臣等等，均被裁撤。

建省后的新疆完全实行直省制的管理方式，以新疆巡抚为最高军政长官，因为新疆地处偏远、疆域辽阔，新疆巡抚设立时就给予了很高的品级。

内地直省巡抚按例都是加兵部侍郎、都察院右副都御史衔，而新疆巡抚加的是兵部尚书衔，是清代唯一一个一品巡抚。

新疆巡抚可以节制全疆的绿营军队，一旦有突发事件，巡抚不必请旨可以直接征调军队予以弹压。不仅仅是巡抚，新疆各道的实权也高于内地省份。

比如阿克苏道、伊塔道、喀什噶尔道以及原有的镇迪道，皆加有“以守兼巡兵备道”衔，在管辖的区域内同样也可以直接调动军队。

伊犁将军建省后沦为八旗驻防将军，新疆的军务已经不能过问，其下属的两位副都统也被裁撤。不过伊犁将军声名在外、地位特殊，在实际执行过程中新疆巡抚也不过问其辖区内的军政，所属部队仍由其节制。

和之前相比，建省后的新疆驻军反而比之前更少了，而管理方面却又更加统一了。如此一来既节省了大量的军饷，又增强了军队的战斗力。

晚清时期，新疆的职官主要分为民政官员与军事官员两大类，在巡抚之下设布政使、按察使，以及道府州县各官。

武职方面，则根据区域位置的重要性分为抚标、提标、镇标、协标。乌鲁木齐驻军为抚标，喀什噶尔为提标，阿克苏、巴里坤伊犁均为镇标，塔尔巴哈台为协标。

光绪十一年移乌鲁木齐提督至喀什噶尔，也因此更名为喀什噶尔提督；移喀什噶尔总兵于阿克苏，将镇迪道的驻军改为抚标；将乌鲁木齐和巴里坤营的八旗兵集中到古城，设古城城守尉统一归新疆巡抚节制。

新疆建省后与内地一体化，既是政治的需要，也是历史发展的必然。客观地说，在新疆建省上清王朝的决策是无比英明的，这也为实现边疆民族地区与内地省份的融合做出了巨大的贡献。