命运之神没有一直眷顾法兰西王国，1559年7月，40岁的亨利二世意外受伤而亡，法国开始走向分裂动乱的深渊，“法国的宗教战争是一场有列强干预的全内战”当时欧洲一些国家已经建立专制王权，形成早期民族国家，如西班牙和英国王权这一权威力量不断获得社会认可，成为统一王国、克服封建的关键力量，国王在政治生活中发挥越来越重要的领导作用。

相对于32的西牙国菲利普二世和26岁的英国女伊丽莎白一世，40岁的利二世不乏统治经验与年龄优势，根据1559年4月卡-康布齐，二世成为他的女婿。但他猝然离世后，王位与统治重任落在其15的子索瓦二世身上，与少年参政的菲利普二世和经历坎坷的伊丽莎白一世相比，这位新国王显得缺乏统治与处世经验。

从法国内部来看，亨利二世去世以前，宗教与显贵冲突已经趋向严重。宗教改革与实践家加尔文创立的新教在日内瓦获得成功后，于弗朗索瓦一世统治末年传入法国，上至王公显贵及法官，下至普通市民、下层教士及农民，均因信仰或利益加入新教阵营。

与英国情况不同，法王弗朗索瓦一世自教皇利奥十世取得任命法国地区主教及修道院院长之权，使法国天主教脱离罗马教皇而归法国统治，美国著名学者威尔·杜兰对此评论说:“法国教会，尽管名义上不叫新教，然而实质上已与新教差不了很多。站在国王立场而言，法国新教徒对法国还能有何贡献?”。

法兰西王室在反对新教方面态度强硬，视其为扰乱社会安定、威胁王权的危险因素，但是两大宗教兼军事派别正在逐渐形成，即新教方面孔代派与天主教阵线吉斯派，追随他们的贵族不断增多，形成新的保护与附庸关系。

孔代派的核心人物是第一代孔代亲王路易·德·波旁，他是亨利父亲的弟弟，虽勇敢善战但仕途不顺，很早就改信新教，信仰坚定，法国历史学家皮埃尔·米盖尔指出这位波旁家族的次子是“最无所可失的，也是最大胆的;吉斯派核心人物是第二代斯公爵朗索瓦·德吉斯他是亨利二世的爱将，家世显赫，其父是洛林公爵勒内二世幼子从小即被法王批准为法兰西人，后被封为第一代吉斯公爵，其母出自波旁家族，是第一代孔代亲王与亨利父亲二人的亲姑母。

吉斯与波旁两大家族均以勇敢善战著称，在为法兰西王室内外战争中功勋卓著，加上各种联姻，获得了显赫的地位，至瓦卢瓦王朝，他们是为数不多的大封建主，政治欲望也不断增强。

由于波旁家族曾出现波旁公爵事件，吉斯家族自弗朗索瓦一世时起就在宫廷政治生活中扮演重要角色，但其祖上非法兰西人的身份被波旁家族后继者等法兰西显贵抨击提防，其显赫的宫廷权力也令反对派不满。

亨利二世在位时王权正处于上升期，解决纷争的主动权尚控制在法王手中，年幼的弗朗索瓦二世继位后，大权很快被新王后的舅勇第二代吉斯公爵把持。眼看强硬天主教派首领把持朝政，孔代派坚决反对，两派军事冲突不断升级，战火殃及无辜百姓，王室统治与声誉受到威胁。

太后凯瑟琳逐渐不满第二代吉斯公爵的强势与狂热立场，1560年4月，她任命倾向宗教宽容的法学人士米歇尔·德罗斯皮达尔为大臣，在弗朗索瓦二世于年底短命而亡后，她又趁机夺取摄政权，着手削弱第二代吉斯公爵的权力。不过失势的第二代吉斯公爵很快构建起新的显贵集团，他与老臣陆军统帅阿纳·德·蒙莫朗西、元帅圣-安德烈结成“三人联盟”继续干预政治，反对新教派。

凯瑟琳希望推行有限宗教宽容，借此让王室掌握宗教纷争主导权，我国历史学者刘文立指出她“起初想凌驾两派显贵之上，在天主教派和胡格诺派之间维持平衡，伺机倚重一方以压制另一方”。顶着西班牙国王和吉斯派的压力与反对，凯瑟琳在1562年1月颁布了一道令，允许新教徒在城郊做礼拜，若在城内，必须关闭房门在家中进行，然而有限的礼拜自由并不能使新教徒满意，更是激起了天主教徒的反对。

3月1日，领兵赶路的第二代吉斯公爵发现一些新教徒在其领地瓦西城内举行新教仪式，认为他们违反一月法令的要求，双方于是发生冲突，第二代吉斯公爵方面展开屠杀，数十名新教徒死亡，上百人受伤，屠杀不断蔓延至其他城市，孔代派则以暴制暴进行还击，第次宗教战争就此开始，“法国陷入了内战的深渊，对任何理智的呼唤都无动于衷”。

不可否认，宗教诚是这场战争的重要因素，但战争领导权逐渐被有政治野心、各自为政的大贵族所控制，这是战争愈演愈烈的重要原因之一。法国自百年战争后再次进入分裂时代:统一的宗教信仰不再，王权强化之路中断，各地大封建主趁机扩大势力，割据一方。

这场席卷法国的宗教内战自然波及到亨利的父母，原本恩爱的夫妻在长期分居、宗教分歧、各自利益等因素影响下终于渐生隔阂。受王室与西班牙等方面的威逼利诱，亨利之父从摇摆不定到更加倾向留在天主教阵营，1560年，在法王查理九世继位后，太后凯瑟琳为压制吉斯势力以取得新的摄政权，向这位首席亲王靠拢，她得以成为年幼国王的保护人，亨利之父被任命为王国摄政官。

亨利之母让娜则自1555年起明确倾向新教，并表现出坚定意志，于1560年正式改信新教，次年她带着孩子奔赴巴黎与夫君见面，但因大胆且坚决地在首都推广新教，让娜由深受厚待转为众矢之的，此时二人的感情方面也出现危机。第一次宗教战争爆发后，让娜被迫离开巴黎，年幼的亨利被留在父亲身边。

1562年可谓亨利四世人生中第一个低谷，其早年经历的这一时期亦被法国当代政治家贝鲁称为“撕裂的童年”。在此以前，他有父母的疼爱，由博学且虔诚的新教徒拉戈舍里担任家庭教师，母亲是纳瓦尔女王，父亲是纳瓦尔国王及法兰西第一亲王，他在荣誉中无忧无虑地成长。

然而当法国宗教内战开始后，虔诚新教徒母亲和不断受到政治等利益诱惑的父亲最终决裂:面对丈夫的花心及信仰的摇摆，恼羞成怒的让娜离开巴黎后回到波旁老家旺多姆领地，不久就被谴责纵容一群新教徒破坏了波旁家族的墓地，夫妻矛盾激化，安托万·德·波旁声称要把让娜关进堡垒，但后者成功逃至领地贝亚恩。

此时安托万德·波旁有休妻的打算与可能性，他可以考虑已故法王弗朗索瓦二世的寡后玛丽斯图亚特，以成为苏格兰女王之夫，西班牙方面也提出以撒丁王国王位做交换诱惑他放弃纳瓦尔。同时，和深陷分裂的法国一样，8岁的亨利面临信仰分裂。

他被要求在两种宗教间作出选择，一位天主教徒代替拉戈舍里成为其新任家庭教师，他的父亲要求他参加弥撒，不惜体罚，而母亲则要求他忠于新教教义，其至以纳瓦尔王位继承权警告他不得参加弥撒，最终利屈服于父亲的压力在1562年6月重回天主教教化之下。

然而盟运没有终止，这一年，宗教战争愈演愈烈亨利之父在率领王军欲夺回被新教徒占领的城市鲁昂时负伤，于1562年11月不治身亡，亨利独自留在遥远的王宫，被禁止回到信仰新教的母亲身边。