从让娜母子返回领地至第三次宗教战争结束(1567-1570)，是让娜与凯瑟琳争斗的第二个阶段。1567年9月至1568年3月，因两教派信与封建利益等原因，法国第二次宗教战争爆发。凯瑟琳的和平计划再次化为泡影，她被迫放弃妥协政策，转而依靠天主教派打击新教派。

亨利母亲让娜没有参与第二次宗教战争的军事行动，她忙于自己领地的乱与事务，自1566年起她在领地采取了一些严肃风气与反天主教的政策，欲在贝亚恩取消天主教，引起当地天主教贵族强烈不满。

返回家乡后不久，让娜遭遇下纳瓦尔地区天主教贵族领导的反叛活动，他们抓捕奉让娜之命平乱的统帅，让娜决定派亨利带兵处理此次反叛活动。

纳瓦尔家族传记作者尼古拉·德·博尔德纳夫(1530-1601)记录了此次事件的详细经过：配以少量军备的亨利与母亲治下的一些领主率军出发平乱，但反叛者却很快逃至山区，亨利率领的军队未遇明显抵抗，叛军声称撤退是出于对亨利王子本人的尊敬而非惧怕他们的军。

亨利带兵追击，也几乎未抓到反叛者，他召集附近民众，借助翻译发表讲话，告诫他们不要听从天主教派的怂思，他们的祖辈曾感受过历代纳瓦尔国王的善待与宽厚，只要当好臣民，让娜女王会更加善待他们，不会损害他们的财产、习俗与自由，亦不会在宗教方面强迫他们。

亨利的讲话很成功，当地民众认真聆听并表示会更加效忠于女王。亨利的第一次军事行动虽未让他得到多少军事锻炼，却给了他展示口才与感召力的机会，初步彰显他的威严。他在返乡之初也受到热烈欢迎，前去拜访与觐见者络绎不绝。

不过，亨利仅是吉耶讷地区名义督军，真正掌权者是王室长期委任的布莱兹·德·蒙克元帅，在让娜的回忆录与亨利1568年致法王的书信中，让娜和亨利均表达出希望取得督军实权的心愿，让娜表示亨利取得实权有助于监督吉耶讷地区和平敕令的推行，不过让娜为亨利申请实权的要求未得到王室同意。

1568年3月，因钱粮补给不足等因素，王室与第一代孔代亲王等新教领袖曾一度休战，并签订和平协议，再次确认昂布瓦斯救令。

但战争阴霾没有消散：一方面，双方均不放弃招兵买马；另一方面，国际形势越发不利于新教事业，“四处流传着天主教世界对于异端的全面镇压计划”。

内战很快再次爆发，王室决定抓捕第一代孔代亲王等新教军事领袖，并派人劝说让娜带孩子回王宫，理由是让娜有能力成为国王与新教臣民的调解人，王室会议如今已是主战派洛林红衣主教查理·德·吉斯掌权，让娜识破计谋，借故拖延，王室会议于是授意当地天主教官员抓捕让娜及其子女，至少要把亨利劫持回王宫。

在王室全面追捕攻势下，新教派领袖陆续逃至拉罗歇尔城汇集，让娜与亨利最终选择加入第一代孔代亲王等人的军事行动，参与了第三次宗教战争(1568年9月-1570年8月)。

让娜在逃至拉罗歇尔城后撰写了回忆录，为自己带亨利跟随第一代孔代亲王的行为进行辩护：她指出自己饱受“冷遇和蔑视”，洛林红衣主教满口谎言，吉斯兄弟一直野心勃勃，对自己一家乃至家族不断迫害，同时法王权威未受尊重，其江山半数落在敌人手里。

她表示“只要洛林红衣主教在王宫，自己不会在那里做任何谈判”，强调亨利是第一王族亲王，她让其跟随第一代孔代亲王是为接受锻炼，以便日后为“上帝、法王与王族”效力。

让娜的辩护词反映出当时法国的混乱情况:王权不强，法王方面只能寻求制衡策略，宗教政策摇摆不定，宗教兼军事派别的内战不断。

从此亦可看出，这一阶段让娜对亨利的使命感与政治观产生重要影响:1568年7月，亨利在给法的信中就强调自己第一王族亲王的身份，而且亨利以后也始终强调自己对于法兰西王国的责任，对法王表示效忠把矛头对准吉斯家族与西班牙。

到达拉罗歇尔城后，让娜尊重第一代孔代亲王在军中的指挥地位，仅同意儿子亨利享有名誉领袖地位，第一代孔代亲王和科利尼等负责对外军事指挥，她则留守城内负责非军事事务的管理，并要求儿子亨利跟随第一代孔代亲王出兵战斗，听从指挥，向他学习如何领兵打仗，在第一代孔代亲王、让娜、科利尼等人的努力下，新教军队再次壮大，法兰西王室因此备受压力，如坐针毡。

1568年9月末，王室接连颁布令，“禁止信奉新教，要求新教师在15日内离开国，剥夺所有信新教的王家官员的职务”，“亨利在吉耶讷地区的王家官职被剥夺”，等等，同时以让娜及其子女被反叛者囚禁为由，要求卢克斯男爵占领贝亚恩与纳瓦尔地区。凯瑟琳将王军的指挥权交给儿子安茹公爵（未来的亨利三世)。

亨利·德·吉斯也随同作战，力图如其父亲一样担负天主教派领袖的责任。1569年3月安爵率军在雅尔克附近地区突第一代孔代亲王与科利尼的部队，第一代孔代亲王寡不敌众在战斗中负伤，准备投降，不料被安茹公爵一名部下击毙，新教阵营失去了首要的精神与军事领袖。“

(第一代孔代亲王)他的王侯地位为法国新教事业增加了分量，也使他与欧洲新教诸侯一起成为有效的新教拥护者。而科利尼尽管因军事与政治能力广受爱戴，却因不是王族而无法承担上述角色。按照当时的排位，利是波旁家的长孙，让娜希望他能够担负新教领袖地位，继续领导新教派作战。

在让娜的指导与鼓励下，15岁的亨利代表诸显贵向残余部队宜暂，表示将为新教事业奋斗到底，直至将国王从阴谋者手中解放，新教徒能够完全自由地进行礼拜仪式，政治家贝鲁指出这份宣誓词很可能是让娜起草的。

为摆脱不利局面科利尼与让娜顽强抵抗，王军方面也被战争拖得疲惫不堪，双方有意再次休战1570年6月，科利尼在阿尔勒克战中取得胜利，加了和平协议的签订，年轻的亨利参与了此次战役。

1570年8月8日，圣日耳受和约签署，“保证给予新教教徒以信仰自由和有限制的礼拜自由”，“但有了一个重要的新内容：赐予新教教徒4个拥有军队保安的城镇”，期限2年在内战与吉斯家族权倾朝野的年代，让娜让亨利摆脱了傀僵与人质的命运。

至此，亨利似乎有了较为明确的使命:服务于新教事业，发展独立力量，维护属于自己的权威。

但这一使命本身是具有分裂倾向且蕴危机的：新教领的身份远离王室信仰传统，独立发展与王室强化王权的决心相左，新教信仰也将成为未来继承王位的最大障碍之一。

对于法兰西王室来说，亨利重新服务于新教事业是王权的失败。此时的法国，君臣间缺乏信任，法王权威不强，宗教政策摇摆不定，各地贵族依宗教信仰结合在显贵军事领袖身边，混战不已，对国王的效忠更多成为口号与形式，欧洲宗教改革后的信仰分裂环境也加剧着王国内战。“分裂”与““混战”成为亨利四世从小就熟悉并经历的主题词。