随着禁教政策的实行，幕府对蛮船进行放逐。元和二年（1616），德川秀忠成为将军之后，幕府规定唐船以外的船只限定停泊于长崎及平户并将江户、大阪、长崎三地的英国商馆的相关机构关闭，将所有活动移到平户。

元和九年（1623）英国的平户商馆因为贸易不振，放弃了日本市场。同时，幕府开始禁止葡萄牙人在日本居住或称为日本船的船员，并禁止日本人去往马尼拉。到了宽永元年（1624）阻止了菲律宾使者的参府，至此，与马尼拉的通商贸易戛然而止，并且拒绝与西班牙恢复贸易。

对蛮船的放逐直接导致了导致生丝供应量减少。宽永五年（1628年）阿尔卡拉索事件及滨田弥兵卫事件，日本对荷兰、葡萄牙贸易进行限定，其结果宽永七年（1630）、八年（1631）生丝价格暴涨。宽永元年，最好的生丝每百斤2贯800匁，宽永三年为3贯300匁，到了宽永八年（1631），达到了5贯500匁。

因此，幕府开始对长崎贸易进行了改革。这也是第一次，幕府正式地将唐船纳入其管理范围内。在庆长九年，幕府规定丝割符分配如下为堺120丸、京100丸、长崎100丸。到了宽永八年，因为江户是将军居所所在地，所以增加了江户50丸，同时大阪方也要求参与丝割符，所以增加大阪20丸。经过宽永九年（1632）、宽永十年的变化，最后到了宽永十年形成了如下分配方法：由于参与丝割符的商人增加，导致五所商人利益受到损害。《长崎旧记》中也有记录，

因当年白丝较少，所以将黄丝、片寄丝、白纱绫、绫子等也加入丝割符范围中。出于对丝割符制度及丝割符商人利益的保障，幕府开始着手管理唐船。宽永八年，唐船所载的白丝开始纳入丝割符制度适用范围。《平户商馆长日记》1631年10月27日记载：因此，他们（荷兰人）的货物应当跟葡萄牙及中国人一样，采取パンカダ的形式。

《巴达维亚城日记》公元1632年1月2记载：戎克船七十艘至八十艘之一部分开来萨摩及琉球，而大部分进入长崎港，其绢丝及绢织品，遭受与葡萄牙人同样之处理，彼等虽然甚感不悦，然而不得已与葡萄牙人同为忍耐，嗣仅装运粗大货物者，得准备归去。

这两条记录可见在宽文八年（1631）到长崎的唐船所载丝织品开始同样适用于丝割符。而且，对中国商人来说，这种交易方式是有损其利益的，所以他们才有“不满”的反应但在当时的中日贸易中，唐商完全处于被动，只能被迫接受幕府的规定或是载货离开。宽永九年（1632），据岩生成一的统计仅有四艘唐船。《巴达维亚城日记》1633年2月里记载：“由于前年曾经受苦，故中国仅有小型戎克船三艘开来长崎，因此中国货品非常昂贵。”考虑到当时幕府没有限定唐船的停靠港口，所以唐船为了避免“丝割符”，去了别的港口。

宽永十年（1633）二月二十八日，在幕府颁布的禁令中提到：禁止奉公人在长崎向唐商直接购买外国货物；外国船只所载丝物，制定价格后，全部分给五所商人；丝物以外的货物在丝价制定后可自由买卖；外国船只应于9月20日之前出港。但迟来之船应在抵达后50日内出港；萨摩平户及其他港口的船只，均按长崎之丝价进行买卖，长崎丝价未定之前禁止买卖。这段话从侧面说明了有唐船停靠在萨摩及平户等地。

到了宽永十二年（1635），幕府颁布的禁令在宽永十年（1633）的基础上中提到：禁止武士于长崎直接向唐人购买外国货物；外国船只所载丝物，制定价格后，全部分配给五所商人及其他指定处；丝物以外的货物在丝价制定后可自由买卖。但因唐船均是小船可斟酌处理；外国船只应于9月20日之前出港迟来之船应在抵达后50日内出港；唐船可按情况斟酌延后出港；抵达平户的船只，应按长崎之丝价进行买卖，长崎丝价未定之前禁止买卖。

从宽永十年（1633）的禁令开始，幕府开始试图让五所商人将生丝贸易垄断，但此时唐船还可以泊于萨摩等地，所以禁令对其影响并不大。到了宽永十二年（1635）的法令中，虽然提出给予唐船特别待遇，但此时的唐船并不如以往自由了，幕府已经将唐船纳入幕府的管制中，其贸易已经受到了一定的限制。

“因到长崎之唐船所载生丝也纳入丝割符范围内，所以（唐船）开始不愿从长崎进港，改到其他港口船只越来越多，所以到了该年（宽永十二年，1635年），幕府将所有唐船集中到了长崎。”《长崎旧记》中记载道：昔日，唐船至何国之浦皆可贸易，九州境内的萨摩阿久根、筑前博多，丰后肥前的五岛、平户、长崎。然宽永十二亥年，禁止（唐船）往别地，（仅）在长崎可贸易，漂流至他地者应及时引导至长崎。

该记录明确说明了幕府要求唐船只可在长崎贸易，并规定从宽永十二年（1635）开始实行。相对于初期幕府对唐船贸易的迫切及放任，在宽永年间开始，幕府开始对唐船贸易进行管理，这跟唐船贸易数量的增加及唐船贸易在日本的对外贸易中占据的地位有很大的关系。同时，他们对于唐商在日期间的活动也开始进行管理。

上文提到在长谷川权六郎制定宿抽成规定时，当时唐船均为小船，每艘船的装载量只有5~20贯目。但到了宽永年间，来长崎的唐船数量增加，其所载的货物开始变多。船宿主们的抽成收入也增加，宿主们很快暴富。在《长崎夜话草》“长崎清民一人”一项，记载了泉州在日本居住的不屋了心因为成为宿主一夜暴富的事。

在《长崎旧记》里也提到：“抽成收取20多年，唐人逐渐富裕，来船所载货物逐渐增多，收取抽成的宿主也逐渐富裕。”到了宽永十一酉年（1634）奉行曾我又左卫门、今村传四郎发布命令：端物抽成为一反分，荒物抽成为销售额每百目银匁。宽永十四年（1637），幕府开始对唐商的住宿加以规定，即开始实行“差宿”。由唐人提交写有宿主所在町及名字的纸条来决定住宿。入港船中，无目标船宿或者唐商所写町宿名、名字等有误、抑或是漂流船的情况。