从上皇御所的来源等角度考虑，平安时代的上皇御所主要分为四大类。上皇们最早所选择的在皇宫以外的居住地是寺院，如圣武帝在禅位之前就迁往药师寺，孝谦上皇与淳仁天皇发生矛盾移居法华寺。虽然奈良时代还没有“避宫”之说，院御所的概念也未完全形成，但这些寺院在某种意义上已经具有上皇御所的性质。

后世仍有许多上皇由于皈依佛门，而选择在寺院居住，如宇多上皇曾居住于仁和寺、花山上皇曾居住于花山寺、白河上皇曾居住于阿弥陀堂。以原属于大臣或者女院后妃的宅邸作为院御所在平安时代较为多见，如清河上皇的染殿院是其外祖父藤原良房曾经的宅邸染殿第；宇多上皇居住过的六条院与河源院是左大臣源融旧宅，源融故后由其子孙进献于上皇，另一处御所亭子院是宇多帝女御藤原温子的旧宫。有时由于原御所烧毁等情况，上皇也会临时借住在大臣宅邸，该宅邸便暂时性的成为院御所或者直接进献于上皇成为正式的院御所。

以在位时的离宫或具有离宫性质的“后院”作为院御所也很常见，如嵯峨帝“避宫”时所居住的冷然院（后更名为冷泉院），淳和上皇居住的淳和院以及圆融上皇的堀川院都是天皇在位时的离宫或后院，天皇禅位后便以之为院御所。除了这几种类型的院御所外，还有专门为上皇新建的院御所，一般是在上皇禅位后开始修建，上皇在宫外其它的御所居住一段时间后，会迁入为自己新建的御所，如嵯峨上皇的嵯峨院、朱雀上皇的东二条院及白河上皇的闲院殿等都是为上皇所建的新御所。新建的御所在院政时代数量较多，几位“治天之君”皆广建殿宇，恣意享乐。相比于院政时期“治天之君”们肆意的大兴土木，平安前中期新建院御所的情况相对较少。

由于有御所被烧毁或者方位上的禁忌等诸多情况，多数上皇并不是一直居住在同一御所而是会经常性的迁居，而且同一位上皇在不同的时期也可能会居住在不同类型的御所中。有记载称院政时代最后一位天皇后鸟羽帝在其退位后的十一年间曾迁居十三次，这一数目若置于平安时代特别是平安中后期都是比较常见的。上皇御所的变更形式虽然复杂但其所迁入的新居一般都来源于以上四类御所，在此便不作赘述。

日本古代的文人学士常以神仙所在的仙居仙境代指院御所，称之为“仙院”、“仙砌”、“仙洞”等，在古典文集中也能找出许多描写上皇御所美如仙境的文字。如源顺赞美嵯峨院的景致：“嵯峨院者，我先祖太上皇之仙洞也，松风萝月偕老于烟岩之阿；怪木奇花，杂插于水石之地。”以及大江朝纲描写宇多法皇的御所：“青春之半，黑月之终，殿前红樱，开敷可爱（中略）臣等少忽出红尘之境，得入碧洞之中。”

与平安宫巍峨庄严的九重宫阙相比，上皇的御所更像是幽美风雅的庭园。然而住在仙境的上皇并非都甘愿隐世，有学者在对院政时期“治天之君”的院御所与上皇近臣的住所在空间位置等方面因素进行考察后，推断出院御所的周围聚集着大量的院近臣的宅邸，两者间的交流往返十分便利。

由此形成以“治天之君”为中心的政治集团，院御所也因此成为真正的权力中心，院御所的规格也不断提升。院御所规格提升的同时天皇居所的规格却相对下降。平安时代前期平安宫内里的面积约为2.6町，是整个平安京最宏伟的建筑群，与院御所相比在建筑水平及占地面积有着压倒性的优势。且不论平安前期按照规制新建的院御所及大臣后妃的宅邸。就连院政时代不拘礼法的白河上皇所建的、经常作为里内里及院御所的闲院殿（占地约一町）也无法与之相较。

然而平安宫内里在建成后不久就逐渐出现了职能上的萎缩，许多宫院逐渐荒废。到平安中后期内里多次被烧毁导致了其更急剧的衰败。里内里的盛行更加剧了平安宫内里的衰落，以至于很多天皇都没有在平安宫内里生活过，平安宫内里逐渐失去了天皇居所的职能。而真正供给天皇居住的“皇居”的规格与院御所别无二致，可能都只是大臣曾经的宅邸或别院，“皇居”与院御所甚至可以互换职能。院政时代“治天之君”们任意妄为无视礼法，修建新的院御所时规格较前代更高，部分新建的院御所甚至占地三四町，远超过同时代天皇的居所。

从对待皇居随意性也可以看出皇居仅仅是天皇一时的居所，同理天皇也只是权力场上的过客；而院御所才是权力的真正归宿，“治天之君”才是统治阶级的核心，天皇已基本沦为“治天之君”的附庸。不仅仅是天皇，其他上皇也同样不得不依附于“治天之君”。院政时期三位“治天之君”大敛私财，经济实力雄厚，除了旧有的院御所外，还兴建了多处新御所，几乎每位“治天之君”都能拥有十余座御所。如白河上皇兼有大炊殿、闲院殿及万里小路殿等；鸟羽上皇兼有二条殿、小六条殿及三条乌丸殿等；后白河上皇兼有伏见殿、山科殿、山阶殿等等。

然而坐拥众多宅邸的三位“治天之君”却都曾在一定时期内与其他上皇同住。白河上皇在其孙鸟羽帝禅位后与之同住“保安四年二月十三日、（鸟羽院）迁御白川殿、本院（白河）相並被坐四分一之屋”。崇德天皇曾多次在二条院御所和三条第院御所等处朝觐白河法皇，每一次都是白河院、鸟羽院、侍贤门院（藤原璋子）“三院同御”。在《中右记》中有记载“大治二年正月三日、癸巳、依例有行幸三院御所三条东洞院第（中略）四年正月廿日、己亥、依朝觐有行幸三院御所（三条东洞院第也）”。由此可见三条西殿及三条东洞院第均充当过三院御所，三院不仅同住且是长时间同住。

鸟羽上皇与崇德上皇有过同御四条洞院的情况。据《本朝世纪》记载“康治元年正月一日、乙未、（今）日（鸟羽）法皇并（崇德）太上皇、皇后宫同御四条洞院第、诸卿有拜舞之礼”。后白河上皇与其孙——五岁退位的六条上皇也曾住在同一个御所：“安元二年七月十七日、新院崩御、日来御（后白河）院御所、而依痢病出御邦纲卿东山亭。”可以看出六条上皇在因病重迁出到大臣藤原邦纲的宅邸之前，至少有一段时间是与后白河上皇居住在同一御所。

由于木质建筑容易被烧毁以及各种封建禁忌，上皇迁居的情况十分常见，但在院政时代以前极少有两位或以上的上皇会居住在同一御所。然而到了院政时期，在三位“治天之君”坐拥多处御所的条件下，却出现了两位天皇居于同一御所的情况。同样有别于前代的情况还体现在“治天之君”接受天皇朝觐及群臣朝觐等重要场合时，新上皇要前往“治天之君”的御所一同接受朝觐，这也是院政时期的首创。

考虑到院政时期这几位居住于同一御所的上皇，特别是白河上皇与鸟羽上皇及鸟羽上皇、崇德两上皇之间的矛盾，可以推测作为“治天之君”的三位上皇通过与新上皇同住在同一御所，并要求新上皇共同出席重要的政治场合等方式，尽最大限度将新上皇束缚在自己身边，阻止非己方的政治势力在新上皇身边聚集，以起到遏制新上皇分权、巩固自己院政地位等方面的效果。

封建时代的房屋规格也是划分居住者身份等级的一项标准，皇宫更是权威的象征，院御所的最初设立本是为了彰显君臣之别，最终却背离初衷成为滋养上皇权力的温床。天皇地位的下降和上皇地位的提高，从两者御所间相对差距的演变就可以窥见一斑。院御所不仅作为上皇居住及行政的场所，更是“治天之君”私产中的一部分，同时支持院政政权的还有其它更为丰厚的物质财富即上皇御料。