德干两个王国失陷后，只剩下马拉塔人还在帝国的控制范围之外，奥朗则布距离统一印度大陆的目标仅剩一步之遥，而此时，他终于能集中精力打击仅剩的马拉塔政权了。

在马拉塔方面，西瓦吉的继承者萨姆巴吉是一个远逊于其父亲的人，他虽然在战场上勇猛无比，但他同时也是一个放荡无度的人，这使他与许多马拉塔首领之间渐渐疏远。一日，当他住在桑米什瓦尔的时候，被归降奥朗则布的高康达将军姆卡拉布·汗生擒，最终于1689年3月被拷打致死。

七个月后，其首都赖加尔被攻破，除萨姆巴吉的弟弟拉贾·拉姆外，其余人等均被俘虏，成为了奥朗则布的阶下囚，马拉塔王国不复存在。到1690年的时候，莫卧儿的疆域达到最大，奥朗则布成为了整个南亚次大陆的皇帝。

马拉塔王国虽然不存在了，但百足之虫死而不僵，它的残余势力依然存在，拉贾·拉姆从赖加尔逃出后便占领了南印度最坚固的要塞之一金吉，其他的一些马拉塔首领负责保卫离家较近的城堡。

1691年，为了彻底清除这些残存的余孽，帝国最好的将军之一祖尔费卡尔汗被派遣攻打金吉要塞，但金吉要塞的坚固程度和守军的意志完全超出了莫卧儿人想象，祖尔费卡尔汗的一次次努力均以失败告终，他也因此在1694年被召回。其他将军在之后的三年内进行了各种尝试，但要塞依然坚固如初。因此，祖尔费卡尔汗再次被启用，1698年，金吉最终被攻克，拉贾·拉姆再次逃脱。他逃到萨塔拉后再次纠集起一支规模相当的大军，恢复了在德干北部的斗争。

马拉塔本身就是一个多山的王国，因此，当其首都赖加尔被攻破后，其残余势力就以山中坚固的堡垒、要塞为依托节节抗争。拉贾·拉姆从金吉逃脱后，继续领导其残余势力进行抗争，而帝国军队方面却因为将领之间的不和而难以形成有效的进攻。因此，1698年，81岁高龄的奥朗则布决定御驾亲征，由他本人和祖尔费卡尔汗各率一支军队共同围剿马拉塔人坚固的山中堡垒。

而马拉塔人保卫家园和抗击侵略的决心也是十分强大的，拉贾·拉姆去世后，他的遗孀塔拉·笆伊毅然决然地扛起了抵抗侵略的大旗，在她的英明领导下，山中的城堡多次失而复得，虽然最终未能抵御住侵略者的步伐，大片领土被占领，但帝国军队也因此遭受了巨大的损失。

到了战争后期，各种天灾降临到莫卧儿军队身上，饥荒、瘟疫、水灾使莫卧儿军队陷入了极大的混乱当中。屋漏偏逢连夜雨，在这种逆境当中，病魔突然降临到奥朗则布身上，在属下的劝说下，他同意先撤退到艾哈迈德纳加尔。1606年奥朗则布一行抵达艾哈迈德那加尔，在这里，他曾扎营24年，充满征服和光荣的希望，同时这儿也将成为他生命终结的地方，死亡与荣耀并存的地方。

病痛的折磨使他的身体日渐衰弱，1707年2月20日，在与死神抗争了一年之后，他的生命走到了尽头，享年90岁。

莫卧儿帝国征服南方的政策整体上存在一定的继承性。在莫卧儿帝国前期，其活动的范围局限在北方，统治者也没有多余的精力去经营南方。阿克巴是莫卧儿帝国第一个有闲暇顾及南方的皇帝，他的目标是成为整个印度斯坦的皇帝，而他生前也不断为这一目标奋斗，且取得了巨大的成就。

当他朝这一目标大步行进时，萨利姆王子的反叛打乱了他的计划，他不得不暂停这一计划。虽然萨利姆王子的反叛很快得到平息，但他却再也未能继续他的计划，直到去世。阿克巴的这一宏伟目标虽然没有实现，但却被他的子孙后代所继承，并不断发展，直到奥朗则布统治时期，随着德干诸国被兼并，莫卧儿帝国的领土囊括了几乎整个南亚次大陆，阿克巴做整个印度斯坦皇帝的的宏伟目标在他的曾孙手里得到了实现。

莫卧儿帝国这四位君主的征服南方政策实施在不同的时间，表现也不一。总体来看，征服南方政策具有以下特点。

莫卧儿帝国征服南方的政策历时一个半世纪，经过四代君主的努力，莫卧儿帝国的领土达到最大。虽然每一位君主征服南方的政策内容略有不同，但基本上延续了其先辈的政策，并在其基础上继续发展。

首先，莫卧儿人本是帖木儿的后裔，征战中亚失败后转战印度，推翻了德里苏丹王朝，建立了自己的统治。到阿克巴时期，他开始以其先辈在印度的统治为基础进行扩张，并制定了征服整个印度斯坦的目标，可以说阿克巴的扩张政策有继承其先辈的因素，也是自己雄才大略的体现。

其次，不同时期的征服南方的政策在进程上存在一定的延续性。阿克巴虽然制定了征服整个印度的目标，但他在有生之年却并没有完全实现，他的后辈继承者却继承了他的这一目标，并为之不断奋斗，直至奥朗则布统一印度，阿克巴的目标才得到实现。阿克巴去世时，德干的贝拉尔和坎德什已经被占领，艾哈迈德纳加尔王国的部分领土也被占领，这一地区被作为三个“苏巴”并入帝国，德干门户被打开，为帝国在这一地区的扩张奠定了基础。

贾汗吉尔登基后，在阿克巴征服南方政策的基础上，继续向南扩张，即继续征服艾哈迈德纳加尔王国，虽然未取得瞩目的成就，但也是对阿克巴征服南方政策的一种继承。沙·杰汗登基后，在前者的基础上继续向南扩张，并一举灭亡了艾哈迈德纳加尔王国，比加普尔和高康达也对其纳贡称臣，此后，沙·杰汗北归，留下奥朗则布做德干副王。奥朗则布则是在此基础上兼并了几乎整个德干，以艾哈迈德纳加尔王国为大本营，先后将比加普尔和高康达并入帝国，进而灭亡了马拉塔人的政权，将帝国的领土范围扩张到极盛。