至正十九年（龙凤五年、1359）正月，关、潘红巾军攻克了辽阳行省的治所懿州城。元中书左丞相贺太平，任用其子也先忽都领兵讨之，结果也先忽都未战先溃。

四月，红巾军连战连捷，迅速攻陷了“海、盖、复、金四州及辽阳路。”但红巾军在当地的行为充满了严重的流寇色彩，《辽东志》记载红巾军在征服地区“所过杀掠、逃窜殆尽。”

这也使得红巾军失去了辽东本土豪强势力的支持，导致这支队伍不久后便被元朝的枢密官佛家奴击败。至正十九年（龙凤五年、1359）七月，元调任原辽阳行省右丞相搠思监为左丞相，讨伐在辽阳行省活动的红巾军，且得以“便宜行事”。然而搠思监与红巾军的战斗并未取得什么进展。

同年冬季，也先忽都率军收复了懿州城，红巾军向辽河以东撤退。也先忽都乘胜追击，但红巾军“日治战马，一无退意”，也先忽都所率部队畏惧不敢向前，竟然大溃而逃，打了败仗的也先忽都趁着夜色溜进城中，不久后“仍升为翰林集贤学士”，元朝的由此可见一斑。

至正二十年（龙凤六年、1360）正月，重整旗鼓的红巾军又攻陷了大宁路，准备继续在辽西地区发展势力。但同年四月，元朝派遣佥枢密院事张居敬收复了大宁路治下的重镇兴中州，打乱了红巾军的进军节奏。此后，红巾军的军事行动便难有进展，红巾军只得再次盘踞于辽东地区，与元朝展开拉锯战。

除去小股红巾军在东北地区的进攻，仅计算从至正十九年（龙凤五年、1359）正月，关、潘红巾军攻克懿州城，到至正二十三年（龙凤九年、1363）失败为止，关、潘红巾军在东北地区的活动便已达四年有余，其活动在东北地区产生了巨大的影响。首先，在此期间，辽东地区的本土豪强势力趁势崛起。

据《辽东志》记载：“得利嬴城复州城东八十里，元季土人筑之以避兵，今废。”所谓元季土人，应该指的就是东北地区的本土势力。《辽东志》的记载也说明高家奴属于“团结乡民结寨”的地方豪强势力。《辽东志》还写道：“王哈剌不花团结民兵于复州”。

基于这些历史记载，杜洪涛判断：“刘益集团、高家奴集团、王哈剌不花集团皆为豪强武装”，并且进一步指出，至正二十一年（龙凤七年、1361）关、潘红巾军的主力进军高丽后，“豪强武装取代红巾军成为辽东社会的支配势力。”

其次，东北红巾起义的发展彻底打破了原辽阳行省与东道诸王势力及“五投下”势力并存的局面。乃颜之乱后，东道诸王的势力在东北便不断萎缩，元末乱局中，东道诸王的力量更是进一步衰落。与此相反，元末乱局中，由于东道诸王势力和元朝行政机构力量的不断衰落，身为木华黎的后裔纳哈出，却趁势壮大了自身的实力。

除此之外，长期存在于在东北地区的高丽人势力也随着元朝东北统治力的崩溃有所加强，高丽洪福源家族的洪茶丘、洪君祥、洪重喜等人，和奇氏家族的奇辙等人，均在元末担任了辽阳行省的重要官员。原本受蒙古诸王节制的、以女真部落为代表的少数族群，更是基本脱离了元朝的管控。

最后，红巾军在东北地区的活动，促使元朝在东北地区的统治彻底崩溃，从而进一步重塑了元末明初东北的局势。关、潘红巾军进军东北地区之前，元朝的辽阳行省虽然也经历了如“吾者野人起义”等各族人民的起义，以及原藩属国高丽出于提振王权的疆域北拓活动，其控制力有所削弱，但元朝对辽东地区的控制几乎失灵，则是在经历了关、潘所率红巾军的军事行动之后。

通过《辽东志》的记载，我们不难发现，东北地区的土著豪强，如刘益集团、高家奴集团、王哈剌不花集团等在东北“佣兵结寨、互相雄长”。这些人本来就属于割据势力，由于元朝的衰落，他们的割据行为更是顺理成章。可为何也速、也先不花等原本臣属于元朝的元朝势力，在围剿红巾军之后，也割据一方呢？这还要从上文提到的至正十四年（1354）的高邮之战说起。高邮之战中，元顺帝听信奸臣谗言，把丞相脱脱解职，脱脱统率的“大军百万，一时四散”，其中很多士兵反过来加入了红巾军。

元朝的这次在武力上起了反作用，所以不得不大量放权于地方官员，否则便难以取得预期效果。这种放权行为无异于“饮鸩止渴”，以致元末派往各地围剿起义的官员，基本都演变成了不受元朝节制的割据势力，时人称之为“藩镇跋扈之势以成。”如分据大同、洛阳的察罕帖木儿与孛罗帖木儿，在剿灭起义军之后，竟然不受元朝节制互相争抢势力范围，双方从至正十九年开始，直到至正二十一年都“致兵不解”，以至于在至正二十七年（恭愍王十六年、1367）二月，明朝军队打来时，元顺帝的第一想法竟然不是退往漠北，而是欲前往高丽的济州岛辟祸。

可见，顺帝在此时已经无法有效地控制蒙古诸王。所以，被元朝派去关潘红巾军的也速、也先不花等人，也纷纷效仿起了元末各势力拥兵自重的行为，与辽东地区的本土势力“各置部众、互相雄长”。

对于东北地区的割据势力，《明实录》的记载与《辽东志》大体相同。除了上述的几个割据势力之外，《明实录》还列举了几个其他割据势力，包括屯驻沈阳古城的元知院哈剌张，屯聚金山（今辽宁省开原西北）的纳哈出等。这些割据势力的存在大体上反现了元末明初的东北地区的形势，换句话说，这些势力的形成与红巾军在东北地区的军事活动密不可分。

总之，关、潘红巾军在东北地区的军事行动产生了巨大的影响。首先是使辽东地区的本土豪强势力趁势崛起。同时原辽阳行省机构与诸王势力及“五投下”势力并存的局面被打破，木华黎后裔纳哈出趁势崛起。此外，高丽在东北地区的势力也有所抬升，原来受蒙古诸王节制的少数族群，也基本脱离了元朝的管控。元朝在东北的统治基本崩溃，东北政局进入重塑阶段。