在平定三蕃之乱后，清政府统治地位日渐巩固，国家统一的社会状况也为着手解决东北边疆争端提供了有利条件。对于沙俄入侵东北带来的边疆危机，康熙帝筹划已久，沙俄势力持续三十余年对东北边疆地区人民的践踏和疆土的掠夺早已成为康熙帝的心腹大患。但是由于国内战争持续，清政府的统治地位尚未巩固。

加上连年自然灾害，国力尚弱，虽然早在顺治时期便采取军事进攻的手段对沙俄入侵势力进行扫除，但是由于清政府在东北地区边防力量薄弱，军事掌控力较弱，未能实施持续性军事打击，沙俄势力数次卷土重来，并肆意扩大势力，掠夺更多土地与财物。康熙帝两次东巡盛京，在谒陵祭祖的同时，考察东北边备状况，对边疆防务作出部署。在积极进行战备的同时，清政府也在做着和平解决边疆争端的努力，多次通过两国使者表达和平解决争端的意愿。

康熙帝在此通使文书中明确表示：沙俄此时退回国内，送还逃人，双方将相安无事，但是如果执迷不悟，便会用战争的方式来解决争端，文书言辞严厉，寸步不让，可见清政府发动此次自卫反击战争的决心。康熙帝曾多次作了以和平谈判的方式来解决边疆争端的尝试，但是沙俄势力非但没有停止侵略，反而变本加厉残害东北边疆少数民族，采取武力抗俄已不可避免。

在战略筹划日渐成熟之时，康熙二十四年（1685）正月，康熙帝便命令此前派往黑龙江地区侦查敌情的都统彭春，副都统郎坦随同黑龙江将军萨布素等率领满、汉、蒙、达斡尔、索伦、鄂温克、鄂伦春等民族共计3000人，依托先前修建完成的战舰，水陆并进，携带粮草辎重从瑷珲出发，向着沙俄势力盘踞的雅克萨城进军。

五月二十二日，大队人马到达雅克萨城下，此时康熙帝命令给沙俄做了最后通牒，警告沙俄退回本国，归还逃人，但是沙俄势力“恃巢穴坚固、不肯迁归”。二十三日，清军开始列兵布阵，在雅克萨城下分水陆兵为两路列营，二十四日夜清军将神威将军等火器移置于雅克萨城。当日沙俄增援势力顺流而下，被清军截杀，二十五日黎明清军发动了攻城，先在城南设挡牌土垄，并用弓弩射击，在城北与东西两侧则架设红衣大炮，朝着雅克萨城进行炮击，经过一整日激战，沙俄势力伤亡惨重。

二十六日，清军决定将雅克萨城“三面积柴”，准备火烧城寨，雅克萨城寨多为木制建筑，火攻将带来灭城之灾，在清军强势攻击之下，雅克萨督军托尔布津走投无路，选择向清军投降。取得战争胜利之后，清政府“将罗刹所部官兵，及妇女童稚，立视迁归，收回逃人，恢复雅克萨城”，并将愿意投诚清军的沙俄官兵四十余人安插于盛京，并将被沙俄掳走的索伦、打虎儿、喀尔喀、厄鲁特人众发回原地。至此，清军收复了被沙俄势力侵占二十余年的雅克萨城。但是清军驱逐沙俄势力后，低估了沙俄势力的卑劣贪婪，仅将雅克萨城焚毁，便撤回黑龙江城修整，并未派兵长期驻守，这就给沙俄势力卷土重来，二次占据雅克萨城留下了隐患。在第一次取得第一次雅克萨之战成功两个月后，第二次雅克萨之战打响。

第一次雅克萨之战后，雅克萨督军托尔布津率领残余势力退至尼布楚，在尼布楚托尔布津获得沙皇派遣至此600名哥萨克的增援。于是，再侦查得知清军撤军修整的消息时，康熙二十四年九月，野心不死的托尔布津率领增援的哥萨克兵卷土重来，再次流窜至雅克萨城，并修建军事城堡，储备粮食，打算进行长期固守。托尔布津等不顾战后约定，重返雅克萨筑城盘踞，当地奇勒尔人迅速将此情况汇报给清政府。

为了得到确切情报，康熙二十五年（1686）二月，康熙帝随即派遣萨布素及理藩院郎中满丕等前往侦查，到雅克萨城后生擒罗刹鄂克索木果，通过讯问得知雅克萨城中沙俄粮米可支取两年。康熙帝意识到“罗刹复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易”，于是命令“将军萨布素等姑停迁移家口。

如前所请，速修船舰，统领乌喇宁古塔官兵，驰赴黑龙江城。至日，酌留盛京兵镇守，率所部二千人，攻取雅克萨城。并量选候补官员，及见在八旗汉军内，福建藤牌兵四百人，令建义侯林兴珠率往”。面对沙俄势力卷土重来，康熙帝迅速组织兵力前往雅克萨。七月间，清军抵达雅克萨城，与沙俄势力展开攻城战，托尔布津被击伤，不久死去。

沙俄势力重返雅克萨城，为了长期固守准备了大量火器粮草，修筑坚实城墙，致使清军未能在短时间内攻下雅克萨城。随着天气转冷，清军决定“于城三面掘壕筑垒，壕外置木桩鹿角，分汛防御。城西对江另设一军，若截江之东西以泊船水险难停，恐未流澌时，江路有罗刹逸出，尼布潮来援，复派剿御之兵，于东西两岸，泊船备之。离城六七里，上流有港流澌时，即藏船于内，另设一军守护，兼令堵尼布潮援兵”。

清军此时采取长期围困雅克萨城的战术，并取得成效，雅克萨城内八百余俄兵由于战死、病死只剩下六十余人。第二次雅克萨之战以清军取胜为结果，清政府再一次向沙俄方面表达了通过和平谈判来解决双方矛盾的诚意。面对清政府的和平倡议，此时沙俄国内统治集团的矛盾，政局不稳，连年战事国力衰弱，并且两次雅克萨之战沙俄方面也认识到清政府维护主权完整的决心与实力，于是接受了清政府提的和平谈判解决争端的建议。清政府也停止攻打雅克萨，主动退兵，双方派出谈判使团。至此，中俄领土争端进入谈判阶段。

清军取得雅克萨自卫反击战的胜利为中俄双方通过和平谈判解决边疆问题创造了条件，促成了《尼布楚条约》的签订。早在战前，清政府就做了和平解决中俄边疆争端问题的努力，数次表达谈判意向，但是沙俄方面并未理睬。清政府不得不采取军事行动来维护国家领土完整和边疆人民安全，在收复雅克萨城之后，清政府再一次向俄方表达争取谈判解决领土问题的意愿：“今问荷兰国贡使，称伊国与鄂罗斯接壤，语言亦通。其以屡谕情节，备悉作书，用兵部印，付荷兰国使臣转发鄂罗斯察汉汗处。收回雅克萨、尼布潮、于何处分立疆界，各毋得踰越。则两界人民均得宁居，不失永相和好之意。

察汉汗覆奏时，令其使由陆路直来。若陆路难通，即以来疏付荷兰国代奏。再依此作书，发西洋国转达之”。康熙帝让荷兰使臣还有葡萄牙传教士向沙俄方面传达了谈判意愿，此时俄罗斯在与土耳其争夺克里米亚的战争中连连败退，且国内政局不稳，在清军强大攻势下，沙俄方面权衡利弊后最终接受清政府提出的和平谈判建议。派出戈洛文为代表的谈判使团，并先派遣文纽科夫和法沃罗夫在使团之前赶到北京，传递沙俄方面愿意接受和谈的书信。清朝方面撤回了雅克萨城内的军事力量，展示了愿意平息战事，寻求和平的诚意。

康熙帝派出了领侍卫内大臣索额图、都统公舅舅佟国纲、尚书阿喇尼、左都御史马齐、护军统领马喇等率八旗前锋兵二百、护军四百、火器营兵二百人组成使团前往谈判，关于中俄边疆分界线，索额图等人主张：“尼布潮、雅克萨既系我属所居地。臣等请如前议以尼布潮为界，此内诸地皆归我朝”，但是康熙帝则认为：

“今以尼布潮为界，则鄂罗斯遣使贸易，无栖托之所，势难相通。尔等初议时，仍当以尼布潮为界，彼使者若恳求尼布潮，可即以额尔古纳为界”。可见康熙帝给出了此次谈判对于中俄双方边界的底线。康熙二十八年八月二十二日，双方在约定好的谈判地点尼布楚城进行谈判，谈判就黑龙江一带的归属问题以及挑起战端的责任问题进行了激烈的辩论。当日沙俄方面提出以黑龙江作为边界，清朝方面则认为应该以勒拿河作为国界，第一天谈判并未达成共识。

八月二十三日，沙俄方面又主张以牛满河为界，但是这样一来，黑龙江中上游仍将划归俄国境内，在拒绝此方案后，由于清朝方面缺乏外交谈判的经验，并未据理力守，便提出了以尼布楚为界的方案，这样就失去了与俄方继续力争的余地。戈洛文刻意拒绝清朝方面提出的方案，故意让和谈走向僵局，索额图等人恐谈判不成，没办法复命，便开始继续做出让步，将黑龙江上游北岸的分界线往东继续退让至格尔比齐河，此地已经距尼布楚四百余里，又将黑龙江上游南岸的分界线退让至额尔古纳河，此地距尼布楚九百余里，清朝使团的退让已超过康熙帝所谕示的底线。

但是俄方仍一再步步紧逼，仍利用外交手段不断加码，和谈迟迟没有结果，中俄双方便开始对雅克萨城附近增兵。此时尼布楚附近爆发了清朝少数民族反抗沙俄的起义斗争，遭受沙俄侵略蹂躏的布里亚特等民族投奔清朝使团而来，沙俄方面由于西方战事，已无力支撑与清朝方面的再次战事，同时戈洛文也担心在谈判中已得的利益被战争打破，因此便于清军使团达成了协议。康熙二十八年七月二十四日，中俄双方在经过曲折艰难的谈判拉锯后，终于签订了《尼布楚条约》。

《尼布楚条约》以和平谈判的方式解决了中俄双方的领土争端问题，为了条约的签订，中方作出了极大让步。条约以国际法的形式清楚划分了中俄两国东段边界，维持了黑龙江流域地区数十年的和平稳定，同时业促进了双方在贸易上的互利。《尼布楚条约》的签订也标志着康熙帝为抵御沙俄，筹划东北边疆防务工作取得了成功。东北边疆问题的解决与康熙帝两次东巡对于东北地区的深入考察，积极筹划备战是分不开的，事实证明康熙帝采取的军事斗争、和平谈判和巩固边防三者并用的战略方针是正确的。