公元311年，汉赵刘曜在俘虏晋怀帝后主动撤出长安，冯翊太守索琳与安定太守贾疋迎立秦王司马邺为帝，是为晋愍帝。
313年五月，愍帝发布诏书，命幽州刺史王浚、并州刺史刘琨出兵三十万取平阳，右丞相、南阳王司马保率兵三十万来长安，左丞相、琅邪王司马睿率兵二十万攻洛阳，声称要“扫除汉赵，奉迎梓宫”，迎回怀帝棺木。
然而却无人响应，并州的刘琨靠慕容鲜卑才能在并州勉强立脚；幽州的王浚只想乘危割据，独霸一方；上邽的司马保和江东的司马睿则毫无反应，只有避乱南渡的范阳人祖逖请缨北伐。
于是司马睿便给了祖逖一千人的粮饷和三千匹布，让他自己招兵。面对这样的冷遇，祖逖迎难而上，他率百余部曲渡江，中流击楫立誓：“不能清中原而复济者，有如大江。”但孤木不成林，他拼尽全力也只是刚刚看到了黄河边。
最终愍帝坚守长安三年，在孤立无援的情况下身死国灭。
很多人觉得司马睿无收复神州之志，是故意不救，好坐收渔翁之利，其实不然，他当时的处境与后世的赵构完全不同，赵构是不敢也不愿北伐，他是真正的有心无力。
当时北宋虽亡，但属于猝然而死，宋朝无论是在军事上，民心上都远未到崩盘的时候，尤其是长江以南，赵氏已统治一百多年，根基稳固，赵构南迁，南方士族民心还在宋室这一边。
而司马睿则不然，晋朝立国仅五十余年，先是八位之乱，又是五胡乱华，再加上司马氏得国不正，民心远未归附，而长江以南，孙吴灭国也就二十来年，对司马氏的恨远大于敬，司马睿能不能在江东立定脚跟都成问题，何谈北伐？
当时的司马睿虽然已经到江东好几年了，但并没有多少实力，说了也不算。
司马睿是司马懿的曾孙，和惠帝、怀帝同一辈分，世袭琅邪王。永兴元年（304年），荡阴之战后，惠帝被司马颖挟持到邺城，司马睿也被裹挟其中。不久司马颖杀东安王司马繇，作为司马繇的嫡亲侄子，司马睿怕遭连累，连夜出逃。
但是司马颖早有防备，他下令一切关口都不许贵人通过。司马睿尽管换了装束，但到了黄河边，还是被拦住了。幸而从者宋典见机，用马鞭朝主人身上抽了一记，笑道：“舍长（看管房舍的小吏），官禁贵人，怎么你也被拘了？”守渡口的小吏信以为真，才放他过河。
永兴二年，东海王司马越起兵讨伐河间王司马顺和张方，命司马睿留守下邳，司马睿趁机向他要来临沂王氏大族、参军王导，让他担任自己的军中司马，才第一次拥有了自己的亲信班底。
永嘉元年（307年），东海王取得八王之乱的最终胜利，开始执掌朝政，他派宗室诸王出镇襄阳、长安、邺城等几个北方重镇，又派司马睿去镇守江东的建邺。
然而诸王叛乱的前车之鉴不远，虽然他与司马睿关系还算亲善，但还是防了一手，司马睿赴建邺时，除了王导，身边只有亲随百人，外加三千兵卒。
这是司马睿在江东立足，保存半壁江山的起点，但谈何容易！
江东是孙吴故土，强宗大族根深蒂固，吴郡顾氏、义兴周氏、山阴贺氏等势力都很强大，原都督江东诸军事、大司马、自封楚公的陈敏就是被这些大族推翻的。司马睿初到建邺时，陈敏被覆灭只不过半年光景，要想立定脚跟，取得江东大族的支持艰难却势在必行。
司马睿资历不深，兵又不多，江东名士根本不将他放在眼里，不用说主动前去拜见，就是相召，很多人也是爱理不理，为此王导伤透了脑筋，他先是让司马睿坐着人抬的“肩舆”出行，去参加“楔祭”，大刷存在感，后又让司马睿亲自去请在吴中、会稽一带声望最高的顾荣和贺循出仕。
最终，司马睿成功的请出了二人，他用顾荣为军司，加散骑常侍，一切军国大事，都向他咨询；用贺循为吴国内史，做地方最高行政长官，此外，他还对纪瞻、张闿等江东名流也都委以重任，自此，江东人士才开始逐渐接受司马睿。
但这与拥护还差了十万八千里。司马睿虽然努力争取南方士族的支持，但总有一部分人不愿意合作。特别是在南迁的北方人增多后，不可避免的引起了一部分南方士人的反感和疑虑，发生在建兴元年的周玘危政事件就是其中的典型。
义兴周氏是江东势力第二强的大姓。周玘的祖父是西晋名臣、鄱阳太守周鲂，其父更是在历史上大大有名，他就是那个浪子回头除三害的平西将军周处，周玘自身也不凡，他曾用乡里义兵三次平定叛乱，在地方上声望极高。
但他因为父亲周处因梁王司马彤公报私仇，以孤军御强敌，战死沙场，因此对晋室并无好感，当年他平定石冰、陈敏的叛乱，目的也仅是为安定乡土，并不愿为晋室办事，他每次打完了仗，便解散部队，既不向朝廷报备，也不向朝廷请赏，虽然说不上蔑视晋廷，至少也是没有巴结的欲望。
所以，建兴元年，当周玘看到司马睿重用刁协、刘隗等北人后深感不满，于是就秘密联络一部分人，要杀死执政的北人，改用南方人士。
司马睿发觉后，并不敢公开镇压（当时周玘为吴兴太守），只先调他做南郡太守，等他动身后，再改任军咨祭酒，拿掉了他的兵权。
周玘也知道密谋泄露，不久便忧愤而死，临终还对儿子周勰说：“杀我的是中原人，能报此仇，才算我的儿子。”司马睿明知他要造反，但仍谥他为“忠烈”，对周家不敢稍有怠慢。
司马睿的本意是想息事宁人，安抚周氏，但事情远没有他想象中的那么容易。
建兴二年，念念不忘父仇的周勰，指使吴兴功曹徐馥诈传叔父周札（时任丞相从事中郎）之令，杀死吴兴太守袁琇，起兵举事。徐馥本来就有部曲千人，加上响应的其他江东土豪，一下就集结了上万人。孙皓的族人孙弼也在广德起兵，与之呼应，一时狼烟四起，江东震动。
多亏此后的周札不愿被拥立为主，又派人给义兴太守孔侃报讯，才使周勰没有敢一同发动。后来周氏族人周续又在家乡阳羡起兵，虽然最终也被平定，但还是让司马睿惊出了一身冷汗。
事后，司马睿对周氏族人并不追究，后来还让周勰做了临淮太守。
此事就发生在祖逖请求北伐的当年，司马睿自顾不暇，又怎么会有余力鼎力相助兄长愍帝呢？
司马睿和中原大族要做到同江东大族合作，是真心的不容易，处境如此，他们也只能先集中精力来稳定东南，再图其他。
另外，即便司马睿逐渐得到了江东大族的拥护，但还是只能用王导这样的士族门阀，想独掌大权，一人说了算还差的远。
在东晋草创时期，之所以有“王与马，共天下”的说法，除了司马睿信任王导以外，还有一个关键原因，就是建邺早在永嘉三年就成了王氏的天下。史载，王导居机枢之地，“朝野倾心，号为仲父”，其他王氏兄弟子侄也把持了许多重要职位，比如王导的从弟王敦就是扬州刺史，掌京师重地。
司马睿是在永嘉元年南下建邺的，当时他的职位是安东将军、都督扬州之江南诸军事、假节，但是到了永嘉五年（311年），江南的很多封疆大吏还是不服从他的命令，有些甚至闹到兵戎相见的地步， 比如江州刺史华轶。
华轶早在司马睿刚到建邺时就因不服从司马睿的命令而闹了不少矛盾，当时因为晋怀帝尚在洛阳，司马睿也没有过多计较，但永嘉之乱发生，洛阳失陷，怀帝北掳，司马睿被推为盟主，华轶还是不服从。
所以，司马睿派扬州刺史王敦讨伐华轶，虽然王敦最终攻杀了华轶，又督率陶侃、周访等平定了杜弢，稳定了对长江中下游的统治，但是事后王敦又先加江州刺史，后加荆州刺史，掌握了长江上游的军政大权，更加势大难制。
后来司马睿对王导也产生了猜忌，对王敦更是疑虑重重，最终酿成了王敦之乱。
所以，在江东草创之初，司马睿本人不仅力量单薄，而且内部还矛盾重重，对于北伐实在是有心无力。
再者，就算司马睿矢志北伐对当时的西晋也不会有太大的作用。
愍帝虽然发布诏令时口气很大，但当时的西晋也就仅还保有长安一城之地，而且长安城也因多次失陷贼手，早已不复旧观，史载，当时的长安城荆棘杂草密布，居民不满百户，车驾只有四乘，连百官官印都已失落大半。
另外，晋廷内部也是矛盾重重。
当时在长安拥护愍帝的阎鼎、贾疋、索琳等人，原本就不是一伙人，只在共同对敌时能够合作，一旦“功成”，就窝里斗起来了。
先是贾疋与汉将彭天护作战，中计被杀。接着，阎鼎又与原来的关中诸将争权，最后阎鼎杀死京兆太守梁综，又引起麴允、索琳等群起攻之，阎鼎兵败而逃，也被杀死。
即便最后，仅存的大将军索琳还打算临危变节，派人出城秘见刘曜，诈称城中存粮尚富，若能对自己许以高官，即愿献城投降，被刘曜拒绝。
这样的晋廷实在是已经没有救援的必要。
当时的王导就持此种意见，所以并没有多少自主权的司马睿也就放弃长安，任愍帝自生自灭了。
