播州之役一结束，朝廷首先对播州善后确定了总方针。从恢复播州地方治安、百姓生活生产，战后军队的撤留等等各方面明确了“便宜行事”的善后原则，简而言之就是让战后的播州地区能够尽快全面地稳定及发展。
因此，朝廷对播州善后相关事宜，令有能之臣在限定时间内共同解决，希望通过最大程度的努力，做好善后工作，这样做的目的是非常明确的就是让播州地区得到尽快的稳定和发展，让百姓尽快的安居乐业，从而为接下来的改流做好准备。
播州地区外部事务的善后处理
一、重新划分地界
朝廷对于播州地区外部事务的善后处理，主要针对的是关于战后播州地界分争处理情况，不仅仅包括国家层面，朝廷对播、水之间地界纷争的处理，而且包括地方层面，播州与水西两个土司之间具体的分争情形。
从国家层面来说。播州之役结束之后，对于播州土地的分争，稳定边疆的统治，急需中央出面解决，可以说是迫在眉睫。如果对播州土地不进行明确、合理地划分的话，就将严重影响播州地区以后的安宁。
播州之役结束后，朝廷对于遵义、水西地界的争执，要求贵州总督抚按衙门“从公勘议，限十一月内完极”，希望尽快解决地界的问题，不要为以后的不稳定埋下隐患。
朝廷对于播、水之间地界之争的态度，亦是对播州善后事宜的大政方针。朝廷的对于善后事宜的处理以地区稳定为最重要的考虑因素，希望使经历战争之后的播州及其与周边土司关系，甚至是后来的贵州地区能稳定和谐地发展。
朝廷就对战后播州与水西之间地界的划分，明确土地归属。对于战后改流设府的遵义与水西土司间的地界划分以及水西土司因功要求封赏土地的行为，朝廷是以保持播州地区土地完整为先，避免以后再次纷争不断可见朝廷试图以国家的力量来明确土司间的的领土分争问题。
对于地界之争的处理，中央委任熟悉川贵地区事务的王象乾来处理。王象乾也是对播州的地界之争尽职尽责，悉心查理，秉公勘验，尽力做到“上尊国体，下服夷情”的标准。
但是地方的态度却并没有按中央的意志来处理此次地界之争，而是以观望的态度，纷纷推辞，对于地方这样的做法，中央也实行了一定的措施。
从朝廷处理地界之争的大政方针以及处理的经过来看，不难发现，中央希望尽快地处理水西与播州（战后主要为遵义府）的地界争执，在稳定水西土司的基础上，解决这一地区土司间的争执，最后有效稳定大片西南之地。
在与播州众多的争地的土司当中，对于水西安氏土司的对待，朝廷是十分重视的。认为安定水西甚至是广大西南地区的长久之计在任免有才能和在西南地区享有声望的大臣前往，据理折衷，奉法定制，即制定一套合理合法的制度来治理包括水西在内的西南众土司。
四川总督王象乾要把水西土司安疆臣所据有的遵义水烟、天旺、地坪等地划归四川，李时华上疏朝廷，认为水西在平叛中有功，不宜夺地，易引发社会矛盾，朝廷采纳了李时华的建议，避免了再次的动荡，而朝廷这么做的最终目的还是要将西南地区纳入“中制”。
从地方层面来看。水西和播州在西南地区是两个势力比较大的土司，他们割据一方，兼并征战，彼此之间攻杀不断，时常抢占对方领土、人口、资源等等，甚至是拥兵叛乱，可以说是常有之事。其中水西与播州及设府后的遵义就天旺、水烟两地权属便纷争不断。
由于在播州之役之前，双方就地界发生了多年的争斗，水西与播州争地问题由来已久，其原委是这样的：
嘉靖初年，播州杨氏内部发生动荡，因当时土司王杨相宠爱庶子杨煦，欲废嫡立庶，嫡妻张氏与儿子杨烈便拥兵，欲弑父自立，杨相便奔逃到水西宣慰司避难。
到嘉靖二十三（1544）年，播州宣慰使杨相客死水西（今贵州省毕节地区），杨相的儿子杨烈前往水西索要父亲尸体，水西宣慰使安万铨趁机要挟杨烈，要杨烈将天旺、水烟两地（天旺即今遵义县石板镇和三合镇，水烟即今遵义县鸭溪镇和乐山镇）归还给水西，然后再还其父尸体给杨烈。
杨烈便先口头答应，在纸上写的约定，做出一些小改变，于是，几年以后字约朽坏，杨烈自然不可能把土地给安万铨，便向其索地，于是与水西结下仇怨。
然而在战争结束之后，水西不仅以战前的约定，又因与播州原有土地纷争的历史，自然也必然会向朝廷索要土地。可见，在从地方层面来看，水西土司试图通过国家的力量来达到自己对播州领土的划分要求。
四川方面就对安疆臣论功来索要土地的方式进行了反对，自然不会将土地随便地送给水西，因此对安疆臣所谓的“功”进行了“悉其概”：
1、在大水田擒获杨惟栋及杀敌数量的质疑；
2、久围囤不下，消极作战；
3、进军延迟。
最后四川方面便提出“还我侵地，不究既往，已属浩荡之恩，若因其挟而与之，彼得之不以为惠，我与之止以示怯，德与威两失之，窃恐今而后求无不获，欲无不遂，恣睢暴戾，愈无所忌惮也”，可以看出四川是不想让水西乘机得势强大，因为如果水西强大必然威胁四川及西南地区的稳定。
当时的川贵总督王象乾便十分反对满足水西的割地之求。地方官员是极力反对将播州的土地划属给水西土司，也希望朝廷尽快明确土地的归属，防止水西再生事端，威胁播州善后措施的展开和地区统治。
地方官员对于播州地界的分争是存在分歧的。如四川总督王象乾要把水西土司安疆臣所据有的遵义水烟、天旺、地坪等地划归四川，而李时华便上疏朝廷，为水西争地的缘由做了说明并为安疆臣正名，建议朝廷对于争地问题，应该在平衡土司之间利益的基础上，谨慎处理。
李时华认为水西在平叛中有功，不宜夺地，否则容易引发社会矛盾，招致动荡。朝廷亦出于“遵义、水西地界，如何尚未处定，国家以安边静民为重”的考虑，采纳了李时华的意见，使得刚刚经历战火的播州避免了可能的动荡。
从这两个不同的层面可以发现，对于播州土地的划分，国家与地方的对待和处理是存在矛盾的。国家是希望以大局稳定为重，势在使播州地区归于稳定，而地方上，不仅仅是土司之间，而且川、黔两地都是从各自的利益出发，都希望在战后改流之机，从中谋得好处。
因此，为解决这一矛盾，国家试图通过权力和政策的渗透来平衡国家与地方之间的这种矛盾，以达到地区的稳定。
二、战后，朝廷对各级官员的奖惩
吏治队伍的建设对善后措施的顺利展开起着重要的保障作用，对官员队伍进行管理的有效方式，其目的都是通过奖励和惩罚达到官员队伍的建设目的，充分调动官员的积极性，加强官员们的纪律性，从而保证中央指令能快速地传达，有效地落实。
因此，在这里对官员的奖励和惩处，既是为了建设官员队伍，又是在为善后措施的有效实施提供有力政治保障，保证良好的行政效率。
（一）对有功之臣的奖励与升迁
有功之臣包括在播州战争中立有战功的和原播州的一些顺应朝廷统治的土官。
播州之役结束后，为更好地治理新设州府，便升迁了部分有功之臣予以委任治理当地。任免刘安仁为播州知府，刘冠南管理平越府。
朝廷对在播州之役中的各路将领，但凡有功的，都给予了不同程度的奖励。
在地方上，派中央官员到四川及贵州作官。
虽然因战功升迁了众多官员，但是朝廷还是将这些官员到四川和贵州作官，而这用意是在为需要改流的播州地区服务。有的则重新启用曾经被免的本地官员，从而有利于播州地区善后工作的展开，其中陈尚象就是曾在四川任免的官员，在这次播州地区的改流中，被重新启用。
可以看出，朝廷从中央到地方对不同层级的官员，根据其战争中所立的功劳进行了必要的封赏，有的为了善后改流的人才需要，甚至重新启用本地官员，以及对官员的升迁这些封赏的目的是都是在为善后实施提供人才保障。
（二）对有过、罪之人的惩罚
对于争地的处理，朝廷已经有了明确并且严厉的指令及处罚，因此在播州之役后，在水、播州之间的地界分争有失职和处理不当的，都收到了惩处。朝廷的严厉惩处，其目的不仅是防止战后播州因官员的处理不当和失职而再陷混乱，尽快稳定播州地区。
朝廷的这些奖励与惩处的措施，起码在吏治的因素上，给善后的顺利提供政治保障，但是明朝后期的吏治贪腐，使得这些措施对于善后的保障只是起着杯水车薪的作用。
播州地区内部事务的善后处理
播州之役后，朝廷马上实施了各方面的汉化改流措施，而善后改流的措施涉及政治、经济、文化各方面。
善后措施涉及播州地区政治、经济、文化各方面的改流，但善后之重之难在于对播州地区的儒化教育，因为只有发展播州地区的教育事业，才能为各方面具体的善后提供思想保障，而改土归流的难点和重点在于将播州地区的文教事业建设。
一、推行儒学教育
在教育方面。万历二十八年，战后，对播州文教进行了“改流”，除遵义府学继续办外，遵义、桐梓、绥阳、仁怀县、正安州设县学，平越设府学、湄潭设县学，启迪庶民百姓。并在各地开创书院大兴讲学之风。
在教育方面推行儒学是善后的一个重要举措。播州战争结束之后，国家对播州地区大兴文教，在府州县都开始推广儒学教育。统治者的试图从意识形态上对播州地区进行深入教育，改善播州地区落后的文教事业，为善后措施及改土归流顺利地实施奠定思想基础。
但是推行的效果却不是令人满意，从时间上，可以发现在播州之役结束后七八年，儒学的建设进展依旧缓慢。其中绥阳县官学迟迟没有发展，可见虽然朝廷在各个改流地区不断推行儒学教育，但是推行的速度非常缓慢，实际取得的效果也十分有限。
二、改流设府
这个项善后措施可以说在改流的过程中，是极为重要的一步。将播州地区划归给贵州是符合实际情况的，而且对贵州是大有益处，但是如果将播州地区全部划给贵州，又担心贵州的财力无法承受平播各项善后所需物力，因此将播州一分为二，各自经营。改流设府之后，遵义的地域范围占了原来播州大半。
设置平越府，被善后改流的平越府逐渐成为了一个以军事性质为主，经济作用为辅的重要战略府城。最后中央通过李化龙的善后关于清理疆界的建议，通过立碑的方式明确播州与水西之间的界限。
对战后归附的播州各长官司等给予“分别录取”，分别将原先的各土官改为相应的流官，并允许他们可以世袭。
王象乾对于地界播州在水、蔺二土司的地界划分问题，提出了自己的处理意见：首先根据自然的河流来明确播州地区与周围土司区之间的界限，同时分利用险要位置，对周边土司进行军事监管，从而稳定播州地区的安定。
三、丈量田土
丈量田土不仅仅是改流的一个重要措施，更是改流的一个重要目的，丈量田土即是对原来播州实际的土地数额进行统计，这是增加田赋征收来源的重要手段。田赋是中央重要的财政税源之一，所以丈量田土而增加税收目的既是改流的意义所在也是改土为流的重要标志。
对于播州田土的数量统计与田制改革，李化龙就此向户部提请了相关意见，涉及田土统计的方法以及需要注意的事项。
由于原先播州只要缴纳象征性的贡赋，而不受中央赋税体制的控制，所以大量的田土需要进行丈量，将其纳入到中央赋税制度之中。朝廷根据李化龙的提议，通过明确播州善后具体田制的原则，保障了田土改革的顺利进行。在保护底层百姓的生产的积极性时，中央便设置义田性质的“渡”，招抚百姓耕种。
四、设置屯卫与驿站
平播之后，朝廷并没有设置新的卫所，而是直接任免官员去当地进行管理或者设置更多的基础性带有军事作用为主与经济辅助作用的屯卫和驿站，因为再增设军事性的卫所势必产生更多的权属和领土划分问题。因此，较为妥贴的方式便是通过任免官员将领和设置兵备间接又较为柔和的方式来稳定刚刚经历战火的播州地区。
但是考虑到播州又处于西南土司区，周边土司觊觎播州土地。鉴于播州特殊的地域环境，其设置屯卫的意义在于震慑土司区，使其不敢肆意妄为，为播州善后的顺利进行提供军事上的保障。
为加强管理，设立威远卫。万历二十九年四月，直接将卫所与府城设在一起，这样就把卫所的军事性能和府城政治文化辐射的作用结合在起来，一定程度上统一地方当局的权力，提高了行政的效率，有利于善后工作的实施。
对于新的屯卫，中央直接将主动归顺的土官，以升迁授职的方式给予委任。将升迁的土官改授流官之后，依旧任免其到新设的威远卫作官，当然这不仅是朝廷出于政治安抚的目的，更是希望依靠这些人在播州地区的威信以及对播州地区的熟悉来有效管理，减少善后改流的阻力。
设立新站城，从播州地区所处的特定周边环境，此城设立的目的主要是防范安、蔺土司。播州地区本是土司区内的一个土司，由于和中原地区的差异，使得播州地区的善后工作尤其需要一个稳定的治安环境，对于新设的州县，王象乾也建议中央不要裁减所需的兵力，而应确定数额，确保新设州县的治安。因此，可以加大军事力量的投入，能有效防止周边土司的侵略。
由于贵州各地之间一有往返所需“动逾旬日”，严重影响指令传达和物资运输的速度，因此不得不增设驿站，从而有效解决险恶的自然环境所带来的不利因素，将一定程度上促进了播州地区与贵州的发展。
五、宽宥无辜
对于战后的百姓，朝廷始行宽恤赦宥的政策。战后对战争主要地区的川贵百姓，在经济和政治上大行宽宥之政。在经济上，免去加派的赋税，减轻负担，在政治上，豁免犯罪较轻的百姓。之后朝廷扩大这项政策的照顾范围。
一是将因播州之役加派的赋税和苛捐杂税免去，减轻百姓的负担，二是对在战争中死去的百姓，大加抚恤，三是赦免犯罪较轻的犯人，释放劳动力，给本已经因战争而人口锐减的播州，提供人力。
朝廷通过以上的政策，试图将人力解放，为播州之役善后的实施提供充分的劳动力，从而有助于恢复播州地区百姓的生产与生活。
六、夷险隘
这项措施并不是将一些险要的关隘移除，而是对这些险要关隘进行分类整治，对处于重要位置关隘加强其军事的作用，而对一些具有农耕价值的关隘，进行充分的利用。
对于播州地区的险要环境，其中更有一些险要的关隘，朝廷出于地区安全的考虑，首先充分利用一些极具军事价值的关隘，比如冠子山正是凭其地势成为能攻能守的险隘，给明军以重创。
因此在攻下播州这些地区之后，朝廷把重要隘口设守卫。充分利用重要的险隘关口，强化其军事功能，对周边土司严加监管，使其不敢随意侵占土地，扰乱播州地区的稳定。
其次，将一些险要的关隘开辟成耕地，将这些离治府较近又有农耕价值的隘口进行充分的利用。
七、肃清作乱势力
虽然播州战争结束，杨氏势力也受到重创，杨应龙被“剉尸”而其他主要分子亦被“谪戍边鄙”，但是还是有一些杨应龙旧将，一直对播州伺机而动，试图恢复其原来的统治。如万历三十一年春三月，在播州之役结束的一段时间里，依旧有杨氏残余势力扰乱地方统治。
明朝统治者对吴洪的作乱，给以坚决打击。从中央到地方，朝廷和地方土司对这地区残余的作乱势力进行了严厉打击，以此来稳定播州地区的统治，也为其他的善后措施的顺利进行打好基础。
地方的治安并没有因为杨应龙的消灭和善后的实施得到稳定，加上本来就是多民族地区，必然给统治秩序带来了很多不安定因素，比如在万历三十三年，平越府便发生路苗起义，在阿伦、阿万、阿绒等人率领下，以新添、平越等卫的八十余寨为活动中心，拥众数万，“劫商”、“劫官”反抗朝廷。最后贵州巡抚郭子章向水西借兵，才镇压了“路苗”起义。
之后也不断有苗民聚众起义，朝廷通过以夷制夷的方式平定苗民作乱行为。杨应龙虽被消灭，但是播州地区的苗民本是“夷性”未灭的民族，朝廷不得不给以军事打击，平定地方苗族的作乱。对于经常威胁地方统治的苗民起义，朝廷通过任免有才能的将领，迅速地予以镇压。
