在西藏，藏传佛教的政教弊病逐一展现，如摄政势强问题、班禅额尔德尼的亲属和近侍参政问题、不同教派势力跨地区发展问题、噶伦与俗官把持地方军政等问题，并最终引发了两次廓尔喀战役。

由于蒙古和西藏僧侣贵族和王公贵族联系密切，乾隆五十八年蒙古和西藏都因私指呼毕勒罕的弊端产生动荡。又因面临清俄通商后新的边界形势，英国对开放东南沿海贸易的觊觎以及对喜马拉雅山南麓部落的侵入，以及喀尔喀蒙古内部政教平衡势力的打破，乾隆帝由此决定大力整顿藏传佛教，实行金瓶掣签制度。

同时伯克制使得乾隆帝注意到了驻藏大臣的军队管控、官吏流动任职、规范薪俸，防止驻藏大臣与地方贵族势力勾结的问题。但与军府制以及大屯田、筑城的配套建设不同，西藏独特的政教混合体制与封闭地理环境使得布置大规模、长时间、长防线的军队明显成本高昂且效果不佳。因此西藏的驻防在回疆的影响下变为南线重点关卡防御。

设立常备藏军以及每年春秋两季前后藏巡查的制度。因此《钦定藏内善后章程二十九条》颁布后，确保了驻藏大臣同班禅额尔德尼的平等地位与全面掌控的权力。由于松筠任职库伦办事大臣的对俄商贸以及护送英国使者的对外交涉经验，使得松筠在任期间西藏对外交涉的权力得以应用并回收到驻藏大臣身上。

这一时期的驻藏大臣办事权限由于受廓尔喀战役期间驻藏大臣事权不一的缺陷，已经从监督藏政扩大到管理西藏内部政教事务的程度。在驻藏大臣的选任方面，由于西北两路驻防办事大臣体系的完备，除了原有的特简任命外，驻藏大臣的选任还被列入军机处开列名单内。此外，由于乾隆末年党争、和珅把控内外军政以及内外廷老龄化严重的前提下，军机大臣和珅与大将军福康安因战时用人紧急，分别具有了保举和题补驻藏大臣选任的权力。

在驻藏大臣的选任来源方面，亲密度、熟悉度以及军政事务能力成为主要评价标准，因此从长期来看，各部院堂官与地方藩臬道台则因为文书与政务经验丰富的优势也很容易获得皇帝瞩目。京内外八旗高级武官则因为出身尊贵、地位较高、与皇帝接触密切的特点也一直受皇帝信任。从短期来看，由部院侍郎与头等侍卫者担任副都统者成为最主要来源，军机章京与理藩院堂官则因民族事务经验丰富的优势也是皇帝优先考虑的人选来源。

从选任部门来看，军机处负责开列与引见、内阁负责议政与承旨书谕，吏部负责议复重要折本与提供引见的履历名单、题本议叙与官职品级升降。从任职机制来看，由于驻藏大臣分居冲赛康和甘丹康萨新旧两处衙门。

没有区分正副，因此经常出现掣肘与推诿事项的情况。从蒙古文档案的印记上可以看出，至少从1754年8月就已开始使用专门的驻藏大臣关防，并且在驻藏大臣关防的职掌方面应当也已有所区分，但目前汉文史料仅能见到1780年的有关记载。1789年1月乾隆帝谕令驻藏大臣需共同驻防办理藏务。

1791年因廓尔喀战役期间军事统驭的考虑，正式区分驻藏办事大臣和驻藏帮办大臣。并因加强后藏防务需要，试图改为分驻前后藏。在遭到福康安的异议后，驻藏大臣正副二人仍驻前藏，改为每年定期往后藏巡视以弥补驻藏大臣对后藏监管力度的不足。在议叙与荐举制度方面，由于廓尔喀战役原因，部分地方督抚、协办大学士、军机大臣、部院侍郎或副都统者，得以赐衔与授官。在此授官基础上，再由正一品或正二品的地方总督、都统与副都统、部院尚书、参赞大臣、驻藏帮办大臣补授带副都统衔（正二品）的驻藏大臣。在监察制度方面，内部驻藏大臣之间的监察仍然是主要途径，外部监察主要为赴藏大将军、钦差大臣或者四川督抚兼督察院右（副）都御史者。

在处分与开复机制方面，无论是罚俸、降级留任或调用还是革职，大部分都可以效力赎罪以迅速开复，因此惩罚的威慑力并不大。就该阶段驻藏大臣的任职效果而言，驻藏大臣虽然开始了掌控西藏政教事务的尝试并不断进行完善，但是驻藏大臣本身素质的参差不一与皇帝对西藏事务的参与度也对西藏事务的处理产生很大影响。驻藏大臣事权过大而监督制度不完善则可能加速官员贪腐进而威胁蒙藏地区统治，驻藏大臣事权过小又不足以镇守西藏和保护宗教。

乾隆末年至嘉庆初年的驻藏大臣体制无论是从选任还是任职方面，在政教体制管理、军事布防以及民生保障方面可以说在藩部驻防办事大臣体系中达到了较高的办事大臣的水平。但驻藏大臣体制改革仍然是以维持政教合一制为前提的改革，无法彻底根除贵族体制与农奴制的制约，后续摄政擅权与驻藏大臣和噶伦等同流合污者亦不在少数，仍具有一定的滞后性。

至于道光末年的琦善任职时期，虽然驻藏大臣的财政监管权与部分兵权有所下降，但其整体权力仍是呈现扩张倾向的，尤其是针对威高权重的摄政所做的限制措施，为后世清朝推行新政奠定了权力基础。自琦善之后的西藏地方管理，则因帝国主义在沿海与内地的殖民侵略逐渐加剧，加之国内民间反清教派兴起，清政府对西藏的管理逐渐松懈，驻藏大臣的选任也因良莠不齐激化了固有的矛盾，西藏权力长期集中于少数僧俗大贵族手中。因此这种此举国内外交困的处境下，驻藏大臣的权威呈现下降趋势，至清末新政前无大体改变。

从清高层的评价与选任标准来看，首先，同清朝整体的官僚任用体系中的首崇满洲与旗人特权观念的意识形态相一致，驻藏大臣的选任也主要以八旗满蒙旗人为主。在舆论控制上，注意加恩外戚与后族避嫌以平衡宗室王公内部（上三旗与下五旗、入八分与不入八分）与民间舆论（外戚专权）的系列说辞。

其次，在面临内廷军机处与外廷部院重臣老龄化严重的前提下，皇帝只能优先任用八旗贵族世家出身的大臣或军功崛起的外戚，以及像和珅般的亲密内臣。这就导致一种官僚任用悖论，官僚任用的信息搜集与筛选逐渐被少部分人或群体控制，以致皇帝在进行选任判断与抉择时，看似是政由己出，然而其官僚运行与政务信息已被不同程度地影响或控制。最典型的莫过于和珅干预政务期间，通过把控军机处、内阁以及部院衙门，压搁题本、预先阅奏折并给予评语，甚至匿压待引见官员名单。

在此情况下，决不能低估和珅以及福康安在廓尔喀战役期间对驻藏大臣选任的干扰与控制。再者，风险成本（年龄与任务完成度）、效率原则（信息筛选与抉择时间）、国家本位（机密事务与公文写作）、君主本位（宗教信仰与瞻礼）以及平衡原则（回避原则）也是皇帝考量驻藏大臣选任的重要因素。综合以上来看，清代乾嘉更替之际驻藏大臣的选任机制体现出藩部一体化、决策精英化与选任垄断化、藏传佛教宫廷化（君主化佛教）、以及钦差型文职的藩部多民族统合策略的特点。