综合计算工时制度是指按照一定周期综合计算工作时间的工时制度。在综合计算工时制度下，通常会有一个基准工作时间，如果员工在这一周期内的总工作时间超过了基准工作时间，则可以视为加班。

根据中国劳动法的规定，如果员工在综合计算工时制度下加班，且加班时间超过了法定工作时间，那么雇主应当按照规定支付加班费。加班费的计算方式通常为：加班时间 × 基本工资 ÷ 法定工作时间 × 加班费率。加班费率通常为150%或200%。

《工资支付暂行规定》第十三条规定

经人社部门批准实行综合计算工时工作制的企业，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150％支付劳动者延长工作时间的工资。

需要注意的是，综合计算工时制度下的加班费计算方式可能会因地区和行业而有所不同，具体规定可以查询当地劳动部门的官方网站或相关法律法规。

当然，如用人单位在法定休假日安排工作的，无论总工时是否超过法定标准工作时长，都应支付300％的加班工资。

综合工时制是针对企业生产特点、工作性质或职责范围的需求，无法适用标准工时制，或需要机动作业的职工而采用的一种特殊的工时制度。企业要采用这种工时制度，应当注意以下几点：执行不定时工时制必须经过当地人社部门审批；企业必须与执行综合工时制相关岗位的劳动者有明确约定；虽然执行综合工时制，在具体某一工作日内不受加班时间限制，但企业在安排工作时仍必须按照相关法律法规规定保障劳动者的休息权和身心健康。