公元663年日本和中国唐朝就爆发了中日之间第一场战争——白江口之战。在此战中刘仁轨将军率领大唐将士大败四倍于己的日军。此后八百余年间日本再不敢窥视中华。此战一举塑造了此后近千年间东亚政治、经济、文化格局。日本和朝鲜半岛的历史都深受此战影响。事实上这场战争在日本直接诱发了一场内乱。白江口之战爆发时日本的实际掌权者中大兄皇子正在开展全面效法唐朝的大化改新。

大化改新在日本历史上与明治维新、战后改革并称为三大改革。正是大化改新通过学习中国唐朝逐渐确立完善了日本的国家政体。中大兄皇子作为大化改新的领导者本来在日本国内享有崇高的威望，但白江口之战的失败使他在日本国内的威望受损。这时中大兄皇子的弟弟大海人皇子明显在政治上开始发挥作用：公元664年2月大海人皇子代表朝廷发布“增换冠位阶名及氏上、民部、家部”等重要法令，实际上行使“大臣”的职权。

公元658年左大臣巨势德太死后左大臣一直没有补任。这时大海人皇子成为了实权者。公元668年中大兄皇子即位成为日本历史上的天智天皇。天智天皇即位时就册立大海人皇子为东宫。大海人皇子是先皇的皇子，而不是天智天皇的皇子。这时的日本还没完全摆脱原始部族时代的兄终弟及继位模式，但以引进大唐律令制为目标的天智天皇始终希望变兄终弟及为大唐那样的嫡子相继制。

说白了天智天皇其实本来就不打算让弟弟继位，只是当时迫于形势才勉强册立。等到时机成熟后天智天皇就废黜了大海人皇子的东宫身份，转而改立自己的儿子大友皇子。大海人皇子自然对此心怀不满。大海人皇子有能力、有声威。作为前任东宫的他身边凝聚了一股支持其即位的势力。日本在白江口战败后一度以为大唐将乘胜远征。日本出于这种担心立即进行了本土防御的准备——大规模构造沿海防御工事。

日本朝廷下令在对马岛、壹岐岛、筑紫国等地布置防务，设烽火台、修水城以备唐军乘胜进攻日本本土。朝廷还将都城从奈良盆地的飞鸟迁往了琵琶湖南岸的近江宫。这些命令都是由当时的中大兄皇子、后来的天智天皇下达的。这些举动给豪族和民众增加了新的负担产生了诸多不满情绪。这些都为此后内乱的爆发埋下了伏笔。除此之外天智天皇和大海人皇子之间还有一段爱情纠葛。

额田王是当时极负盛名的女歌人。她的和歌歌风秀丽情感动人。据《日本书纪》记载：她最初嫁给了大海人皇子，但后来却进了天智天皇的后宫。可大海人皇子不能忘情。大海人皇子不能容忍自己的爱人作“他人妇”。天智天皇也不会容忍自己的妃子怀念旧男人。天智天皇自然不希望自己的政敌兼情敌大海人皇子继位，于是以效法大唐嫡长子继承制为名立自己的儿子大友皇子。大友皇子不仅仪表非凡，而且博学多闻才思敏捷。

可大友皇子继位有十分不利的条件：他的母亲只是地方豪族的女儿，在宫中的身份不过是一个“采女”。除了身份卑微之外大友皇子还缺乏政治阅历。公元671年11月26日天智天皇宣布了新的任命：大友皇子为太政大臣，苏我赤兄为左大臣，中臣金为右大臣，苏我果安、巨势人、纪大人为御史大夫。这样上有天皇为最高首脑、下有太政大臣辅佐政务就相当于让大海人皇子无事可干了。这样的人事安排明白表示天皇要重新考虑皇位继承问题。

这年8月天智天皇开始卧病，此后病情逐渐恶化。天智天皇曾召大海人皇子到病榻前说：“我已经不行了。我想把皇位让给你”。自幼追随兄长天左右的大海人皇子深知天智天皇排斥异己的手段，所以他推举大友皇子为皇太子，而自己则申请出家退回吉野宫（今奈良县吉野）。大海人此举其实是想静观时局以图再起。公元672年1月10日天智天皇在近江宫去世。大友皇子继位后开始招兵买马打算对叔叔大海人下手。

到了这年阴历6月大海人先发制人：先遣村国男依、和饵部君乎、身毛广等急赴美浓联系各国郡司，继而大海人率部众二十余人离开吉野经由伊贺、伊势逃往美浓。在美浓听从于大海人皇子指示的多品治已经兴兵封锁了不破要隘，动员了东海道、东山道两道诸国的兵马不满朝廷者纷纷来归。大海人的队伍迅速扩充至数万人。大海人进入美浓后聚集了东国来的兵马兵分两路进攻大和国、近江国。

近江朝廷的大友皇子一方向东国和吉备、筑紫派出使者要求进行兵力动员。向东国派出的使者被大海人一方的部队所阻，吉备和筑紫的兵力没能动员起来。大海人离开大和国后近江朝廷在倭京（飞鸟时代的古都）聚集了兵马，大海人一方的大伴吹负举兵后夺取了这支兵马的指挥权。大伴吹负与从西、北两个方向杀来的近江朝廷军队展开激战。近江朝廷一方占了优势，大伴吹负数度败走，但却能不断收拢败军。

不久由纪阿闭麻吕指挥的来自美浓的援军到达后大伴吹负才摆脱窘境。近江朝廷的军队也杀向美浓，但由于指挥混乱导致滞军不前。大海人一方的村国男依等率军直进，大海人的侧翼部队在7月7日于息长的横河与近江朝廷的军队开战接连取胜。在7月22日的濑田桥之战中近江朝廷军大败。次日大友皇子自杀。至此这场壬申之乱结束。壬申之乱是日本古代最大规模的内乱。内乱结束后大海人皇子在飞鸟净御原宫正式即位为天武天皇。

以大友皇子与大海人皇子皇位之争而爆发的“壬申之乱”实质是地方豪族利用群众反对近江朝廷门阀贵族统治。大海人的胜利实质是地方豪族对近江朝廷的胜利。大海人在军事上和政治上正是借助于不满朝廷的东国地方豪族支持而取胜的。近江朝廷被消灭后天武天皇再次把都城迁往飞鸟（奈良县高市郡明日香村）。天武天皇即位后改革官僚机构：畿内出身者供职宫中者首先作大舍人，之后再根据其才能酌情授予官职。

天武天皇效仿大唐帝国的东都洛阳营建了陪都难波城。藤原京的建造也是开始于天武天皇时代。公元675年天武天皇宣布废除氏上民部、家部（部曲）之制：凡亲王以下诸臣、寺社所有“山泽岛浦，林野陡地”一律收公，解放部曲为“自由之民”。废除部曲制旨在切断民部、家部对氏上的从属关系从而使之加强与皇室的联系。公元681年天武天皇命栗田真人、伊吉博德编纂《飞鸟净御原令》。

公元689年《飞鸟净御原令》开始实施。天智朝开创的律令体制因受地方豪族抵制长期未能实行，至天武朝才开始逐渐在全国推行。天武朝也并非依靠专制皇权推行律令体制。其实主要是由于地方豪族势力日趋衰落，加之律令制本身并不完全否定豪族对其属民的支配权。实际上国家只是从制度上使部民、家部变为“公民”，而且依然是依靠地方豪族保留对其属民的一定隶属关系而实现其统治的。

从公元683年起日本朝廷任命僧正、僧都、律师实行僧纲制度加强对僧尼的统一管理。同年通过整理《帝纪》、《旧辞》编撰国史。日本最古老的货币“富本钱”也是在这一年开始发行的。日本大化改新其实是一个过程。这个过程虽是由天智天皇开启的，但天武天皇作为天智天皇的政敌兼情敌却在登基后巩固和发展了大化改新的成果。这进一步加强了天皇专制的中央集权体制。