为平黄巾之乱，汉灵帝以皇甫嵩、朱儁等率军出兵镇压，五月于颍川长社采取火攻之法，击溃波才黄巾军。随后皇甫嵩和朱儁乘胜进攻陈国、汝南的黄巾军，皆取得胜利。
当时南阳郡黄巾首领张曼成起兵，自称“神上使”，拥众数万，于三月二十五日（庚午）杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。
江夏都尉南郡人秦颉（字初起）临危受命，继任南阳太守。六月，秦颉与荆州刺史广陵人徐璆（字孟玉）合击，秦颉击斩张曼成。
黄巾军残余又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。朱儁汇合荆州刺史徐璆和秦颉合兵一万八千人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。
朝中有人建议要召朱儁回京。司空张温上疏劝阻，他说：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。
灵帝依议，下诏切责朱儁。朱儁惧被诛，于是挥兵急攻宛城。朱儁大破贼军，斩杀赵弘。朱儁因功被朝廷封为上虞侯。
黄巾军又以韩忠为帅，众号十万，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌，然欲急攻，于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。
朱儁命士卒鸣鼓呐喊，伪修攻城器具，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁身自披甲，率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而入。
韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之纳降。
朱儁不同意，言道：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。”
朱儁又道：“现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计！”
说完，朱儁下令急攻。但一连数日，都未能攻克。
朱儁登上土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！”
朱儁又分析道：“强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊！”于是下令解围。
韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀一万余人。韩忠等人只好投降，秦颉却因积忿，始终与韩忠不和，竟借口将韩忠斩杀。
黄巾余众闻之不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁于是再率兵进攻。朱儁部将孙坚率部独当一面，又亲冒矢石，率先登上城墙。
孙坚的部众受此鼓励，纷纷紧随其后，于十一月二十二日（癸巳)，攻下了宛城。
孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又大破孙夏，朱儁纵兵击杀斩孙夏等上万人。黄巾余孽因此破散流离。
朱儁把孙坚的事迹全部呈报给朝廷，朝廷任命孙坚为别部司马。
荆州刺史徐璆之前曾得罪董太后姊子张忠，张忠当时任南阳太守，被徐璆举报贪污，张忠被董太后调回京任司隶校尉。
张忠怨恨徐璆，与诸阉官构造无端，徐璆遂以罪征。因有破贼功，得免官归家。
再说负责征讨北方幽、冀两州黄巾军的北中郎将卢植，闻之四月间幽州刺史郭勋及太守刘卫军被广阳的黄巾军所杀，便命破虏校尉邹靖负责去征讨幽州的黄巾军。
卢植自己率大军在冀州讨伐张角主力。与张角连战数次，大破黄巾军，斩获万馀人。
张角等走保钜鹿郡广宗县，据城死守。卢植率军包围广宗县城，并挖掘壕沟，制造攻城器械云梯，准备攻城。
而这时，汉灵帝派小黄门左丰到卢植军中检查工作，有人劝卢植向左丰行贿，被卢植拒绝。左丰没讨到半点好处，于是怀恨在心。
六月，左丰返回雒阳后，向灵帝进谗言说：“臣看广宗县城很容易攻破，卢植却按兵不动，难道他是想等老天来诛杀张角吗？”
汉灵帝大怒，下诏免除卢植的职务，并用囚车押送回雒阳，判“减死罪一等”。朝廷于是拜河东太守董卓为东中郎将，接替卢植在冀州平定黄巾军。
董卓，字仲颖，陇西临洮（今甘肃省岷县）人。年轻时曾经到羌人部落结交游玩，成年后在陇西郡府担任官吏，负责地方治安。当时匈奴人经常骚扰边境，董卓领兵大破匈奴，斩获千计。
董卓因力大无双，擅长佩戴两副箭囊，骑马飞驰时能左右开弓，汉桓帝末年被任命担任羽林郎。后随中郎将张奂讨伐汉阳羌人，力战建功，拜郎中、都尉、校尉。又得司徒袁隗征辟为掾属，其后出任并州刺史。
朝廷又任命冯翊人郭典（字君业）为钜鹿郡太守，协助董卓平叛黄巾军。董卓放弃围攻张角据守的钜鹿郡广宗县，而率主力北上攻打张宝据守的钜鹿郡下曲阳县。
郭典欲作围堑（围困起来），而董卓不肯听。郭典道：“受诏攻贼，有死而已。”董卓使诸将引兵屯东，郭典独於西当贼之冲，昼夜进攻。张宝吓得城守不敢出。
当时就有人说：“郭君围堑，董将不许，几令狐狸，化为豺虎。赖我郭君，不畏强御，转机之间，敌为穷虏。猗猗惠君，实邈疆土。”因此围攻两月余不克。
却说皇甫嵩奉诏讨东郡黄巾军，八月，皇甫嵩进击东郡黄巾渠帅卜巳于仓亭，大破黄巾军，斩首级七千余。
傅燮所部生擒黄巾军渠帅卜巳、张伯、梁仲宁三人，位居首功。
战事结束之后，由于赵忠从中作梗，诬陷傅燮，但是汉灵帝对傅燮印象深刻，不加问罪，任命其为安定都尉。不久傅燮因病离职。
八月初三日（乙巳），朝廷令左中郎将皇甫嵩北上冀州接替董卓。董卓因连战二月不克张宝据守的钜鹿郡下曲阳县，被罢免至廷尉受审，判“减死罪一等”。
皇甫嵩体恤士卒，甚得众情。每次行军休息，他总是等到士兵的营帐全部扎好后，才进帐休息。
看到军士们全部吃上饭，他才吃饭。因此，军士多愿为之死命，建功立勋。皇甫嵩北上途经邺地，发现中常侍赵忠住宅超过了规定，便上奏皇帝,予以没收。
在这紧要关头，张角病死，其弟张梁继而守卫广宗。皇甫嵩攻城，因张梁军精锐，首战未能攻克。
到明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动。等到张梁被迷惑，放松了警惕。皇甫嵩立即乘夜调兵，鸡鸣时分冲入其阵。
皇甫嵩的北军五校中的屯骑和越骑加上三河骑士，高举大戟、矛、长刀、利高喊着剑冲在前面，逢人便杀。
而黄巾军基本为步兵，多为手握锄头、镰刀、棍棒之士，仓促应战，拼死缠斗。双方从拂晓战至黄昏，黄巾军最终不敌。张梁战死，阵亡三万多人，逃走到河堤溺死的有五万多人。
皇甫嵩焚烧黄巾辎重车三万多辆，悉虏其妇女儿童，所获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，割下首级运回京师。
十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典乘胜进逼下曲阳（今河北晋县西北)。两军激战多日，义军连连失利，张宝战死，俘杀十余万人。
皇甫嵩将十万人的尸骨在城南筑成了“京观”，以显示其战功。至此黄巾之乱平定。
朝廷任皇甫嵩为左车骑将军，领冀州牧，并晋封他为槐里侯，食槐里、美阳两县的租税，食邑共八千户。
平定黄巾主力之后，皇甫嵩奏请免除冀州一年田租，用来赡养饥民。
灵帝听从他的建议。史载百姓作歌说： “天下大乱兮市为墟，母不保子兮妻失夫，赖得皇甫兮复安居。”
皇甫嵩镇压黄巾，威震天下，但当时朝政日非，海内空虚。时任安平国信都令汉阳人阎忠被罢免，因与皇甫嵩是州里同乡，临行前来见皇甫嵩。
阎忠对皇甫嵩道：“夫难得而易失者，时也；时至而不旋踵者，机也。故圣人常顺时而动，智者必因机而发。今将军遭难得之运，蹈易解之机，而践运不抚，临机不发，将何以享大名乎？”
皇甫嵩诧异道：“何谓也？（此话怎讲）”阎忠道：天道对谁都一视同仁，但百姓必然支持贤能的人。将军于暮春受命讨贼，到冬天就功成收兵，用兵如神，摧枯拉朽，旬月之间，扫除乱寇，威震本朝，声名扬海外。
阎忠又道：“是以群雄回首，百姓企踵，虽商汤、周武之举，未有高将军者也。身立高人之功，乃北面以事庸主，何以图安也？”皇甫嵩道：“夙夜在公，心不忘忠，何以不安？”阎忠冷笑道：“不然！当年韩信不忍一餐之遇，丢掉了三分天下，不听谋士蒯通之言，忽鼎峙之势，利剑揣其喉，乃叹息而悔‘何以见烹于女子也’（指韩信被吕后所杀故事)。”
阎忠为皇甫嵩谋划道：“今主势弱于刘、项，将军权重于淮阴，赫然奋发，因危抵颓，崇恩以绥前附，振武以临后服，征冀方之士，勒七州之众，羽檄先驰于前，大军响振于后，蹈流漳、河，饮马盟津，诛中官之罪，除群怨之积。”
阎忠又进一步劝道：“如此，则攻无交兵，守无坚城，不招而影从，就算指挥女子幼童都可获胜，况厉熊罴之卒，因迅风之势哉！功业已就，天下已顺，然后祭拜上帝，喻以大命，南面称制，现在，正是灭亡汉室，图举大事的的良机呀。
阎忠最后威胁道：夫既朽不雕，衰世难佐，将军虽欲委忠于难佐之朝，雕朽败之木，犹逆坂走丸，必不可得也。方今权宦群居，同恶如市，上不自由，政出左右。庸主之下，难以久居；不赏之功，谗人侧目。如不早图，后悔无及！”
皇甫嵩闻听惶恐道：“非常之谋，需要非常之势；创图大功，也不是庸才能做得到的。黄巾小孽，非秦（朝）、项（羽）之敌也。新结易散，非我功策之能。”
皇甫嵩又道：“民未忘主，而子欲逆求之，是虚造不冀之功，加速祸害的来临，不如尽忠朝廷，虽有多谗，不过放废（流放、诛杀），但名声还在，死且不朽。逆节之论，吾所不敢听也。”
阎忠知计不能用，乃佯狂（装疯）为巫，逃回西北老家。其后，中平五年（公元188年），阎忠被韩遂，马腾硬逼着当了叛军首领，悲愤而亡，此是后话不提。
皇甫嵩凯旋回到洛阳，上书给灵帝，盛称“卢植行师方略，嵩皆资用规谋，济成其功”。皇甫嵩将平定冀州黄巾军的功劳推给卢植，于是卢植官复原职，仍任尚书。
十二月二十九日（已巳），灵帝因黄巾平定，改元中平，以本年光和七年为中平元年。下诏大赦天下，董卓因此被赦免。
中平二年（185年）春，朝廷任命朱儁为右车骑将军。不久，朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。
