汉末青州刺史部辖齐、乐安、济南、平原、北海、东莱等六个郡国，其中北海国（今胶东半岛中部）是个大郡，治所剧县，在今山东省昌乐县一带。
此前，少帝昭宁元年（公元189年）董卓废掉少帝刘辩另立刘协，时的房害，军夜暗宗兰府扎药北海菌为相，目的就是要融到北海去送死。
孔融接到北海相的任命后，便立即赶往北海国的治所剧县赴任。孔融一向认为自己才智不凡，有命世之才，当时的所谓俊杰都不及自己，因此决心在北海相任上做出一番成就，绝不做一个碌碌无为的群守。
孔融到任后，便召集士民，聚兵讲武，下发檄文，又亲写书札，与相邻各州郡通声气，共同谋划，很快使北海一带的黄巾之乱暂时得以平定。
黄巾之乱平定后，孔融开始专心治理北海，设置城邑，立学校，表扬儒术，提拔任用郡内名士。
当时北海国高密县有一位大儒，名叫郑玄，字康成，是已故经学大师马融的门生。郑玄注释、著书几百余万言，其经学被称为“郑学”，是当时名闻天下的儒学宗师。
郑玄拒绝三府的征辟，在家乡高密县隐居，聚徒讲学，专心经术，著书立说。他的弟子遍于天下，多有人自远方而投至门下，弟子中著名的有赵商、崔琰、公孙方、王基、国渊、郗虑等。他的学生常常超过千人，为一时之盛。
孔融久慕郑玄大名，亲自往高密县拜见，对郑玄甚是敬重，尊称郑玄为“郑公”，执子孙礼。孔融时年三十七岁，郑玄年长孔融二十六岁，郑玄时年六十三岁。
孔融早就听说邴原的大名，便派人到郁洲山，请其返回家乡北海，并举其为有道（察举制中的特举科目）。
邴原有两个好友，一个是本县同乡管宁，字幼安；另一个是平原人华歆，字子鱼。三人都是青州名士，号称“一龙”，华歆年最长，称龙头；邴原次之，称龙腹；管宁比他们小一岁，称龙尾。
州郡一直征召管宁出仕，都被他拒绝了。孔融为北海相后也礼辟管宁，管宁仍不愿出来做官吏，也回绝了孔融的邀请。
又有北海营陵人王修，字叔治。为人正直，幼年丧母，年二十岁时去南阳游学，住宿在张奉家里。张奉全家人都生了病，没有人去看望他们，王修怜悯他们，亲自照料他们，直到他们病好了才离开。王修由此而出名。
孔融便举王修为孝廉，王修要将孝廉让给邴原，孔融没有答应。按当时惯例，被举孝廉后要入朝为郎，但此时董卓乱政，天下动乱，王修被推举孝廉的事便停了下来，仍留在郡中。
又有郡人甄子然、临孝存，二人也很有名气，在孔融担任北海相之前便已经去世，孔融以没有见到二人为遗憾。命配食县社。其余郡人中虽然只有一点微小的善行，也没有不以礼对待的。
又有郡人彭璆以其才能被孔融举为方正，加上之前举为有道的邴原，举孝廉的王修等，一时间，北海的才俊都为孔融所用。国人没有后代及四方游士有去世的，都帮助安葬他们。因此孔融在北海颇有政声，被时人称为“孔北海”。
然而好景不长，在孔融担任北海相的第二年，即献帝初平元年（公元190年），由于当时的青州刺史焦和急于参加袁绍领导的讨董联盟，率兵西进，导致青州境内空虚，青州黄巾余党趁机再次聚集起事，掳掠青州各郡。
焦和当时率军抵达青州西境，刚渡过黄河，准备西赴河内与盟主袁绍相会，这时青州黄巾起事的消息传来，焦和大惊，忙令军队即刻调头，东渡黄河返回青州剿灭黄巾。
然而保和其人好虚名，喜清谈，不慢军事，与黄币箱道，不最战，导致青州境内黄巾势力愈发壮大，黄巾军所到之处，屠裂城邑，青州境内遂转萧条。
此时北海在孔融治下，在青州诸郡中尚属安定，但周边郡县黄巾逐渐势大，形势也日渐危急。管宁见此情景，便与好友邴原商议，准备渡海去辽东避乱。
这时，辽东传来消息，在董卓部将徐荣的推荐下，玄菟人公孙度被任命为新的辽东郡太守，公孙度到任后，在海外推行政令，广纳人才。管宁、邴原便下定决心去辽东避乱。
于是邴原辞别了孔融，与管宁带了众族人渡海前往辽东。当时同行的还有同郡人刘政及其族众，还有从平原赶来北海避乱的平原人王烈及其家人，一行数百人，几十艘船，浩浩荡荡渡海奔赴辽东。
公孙度早就听说过中原名士管宁、邴原、王烈等人的大名，闻听他们渡海来辽，命人空出馆舍以迎接他们。管宁等人到达辽东后，拜见了公孙度，只谈儒家经典而不语世事。
其后，管宁、邴原等众人辞别公孙度，到山中定居，管宁在山中教授众人儒学典籍，礼仪教化，颇受人们爱戴。此后从北海及青州其他郡中渡海而来投奔他们的有数百家。
因青州被黄巾肆掠一年，一片凋敝，于是黄巾贼众又北上冀州钞略，没想到又被公孙瓒的军队在东光迎头痛击，青州黄巾大败而回，余部二十万在渠帅张饶的率领下准备东渡黄河返回青州。
青州刺史焦和率军屯驻黄河东岸准备截击黄巾，焦和素信巫术，常命巫师随在身侧，于是命巫师作法，将陷冰丸沉入黄河中，然后巫师在旁祷祈群神，让贼兵不得渡河，祈求用兵必胜。
这巫术本是骗人的，哪里管用，黄巾军很快渡过了黄河，焦和的军队不敢应战，迅速溃败。不久，焦和便抑郁病死在军中，其军队也分崩离析。
张饶率领二十万黄巾军返回青州，一路向东，准备到北海国钞略。消息很快传到北海，郡国内一片慌张，大儒郑玄立刻遣散了众弟子，带领家人南下徐州去避难。
再说孔融为抵御黄巾军，任命王修为主簿，彭璆为计吏，整顿兵马，加强北海国的防卫。张饶的兵马一进入北海，孔融便率军迎面截击，双方战在一处，孔融势单力薄，哪里抵抗得住，很快便被打的大败。
孔融只好向南撤退到朱虚县（今山东临朐县东南）据守，陆续收容了流亡百姓四万多人。不久，张饶在北海掳掠了一阵后，便离开了北海，往兖州钞略去了。
高密人孙氏素来强横任侠，贼人抢劫后投入孙氏门下，王修带领吏役百姓包围了孙家，吏役百姓畏惧不敢靠近。王脩命令他们：“有敢不去攻打的人，与贼人同罪。”孙氏害怕了，交出了抢贼。从此当地横行不法的豪强都惧怕屈服。
孔融改任王修为功曹，领胶东县令，胶东县公沙氏不听官府调遣王修斩杀了公沙氏兄弟几人，公沙氏震动，自此贼寇止息。孔融每次有了危难，王修即使是在家里休息归养，没有不马上到的。孔融往往倚仗王修得以免于祸患。
献帝初平四年（公元193年）孔融听说了邻郡东莱人太史慈的事迹，甚是称奇。原来这太史慈，字子义，乃青州东莱郡黄县（今山东龙口市东南）人氏。其人身高七尺七寸，猿臂善射，具有百步穿杨的本事。
其时本州的奏章已先发去有司处，郡守恐怕落后不利，于是求取可为使者的人。太史慈时年二十一岁，被选为使，乃日夜兼程取道，抵达洛阳，先到公车门前等候，待见州吏亦至，才开始求通上章。
太史慈假意问州吏道：“君也是前来欲求通章的吗？”州吏答道：“是的。”太史慈又问：“奏章在哪里？”州吏道：“在车上。”太史慈便说：“奏章题署之处确然无误吗？可否取来一视。”
州吏殊不知太史慈乃是东莱人，便取出奏章相与。谁知太史慈先已藏刀于怀，取过州章，便提刀截而毁之。州吏大惊高呼，叫道：“有人毁坏我的奏章!”
太史慈便跟他说道：“假使你没有取出奏章给我，我也不能将其损坏，我们的吉凶祸福恐怕都会相等无免，不见得只有我独受此罪。与其坐而待毙，不若我们俱同出走逃亡，至少可以保存性命，也不必无谓受刑。
州吏疑惑地问：“你为本郡而毁坏我的奏章，已经成功，怎么也要逃亡？”
太史慈便答：“我初时受本郡所遣，只是负责来视察你们的州章是否已经上通而已。但我所做的事却太过激烈，以致损毁公章。如今即使见还，恐怕亦会因此见受谴责刑罚，因此希望一起逃去。”
州吏相信太史慈所言，乃于即日俱逃。但太史慈与州吏出城后，却潜遁回城通传郡章，完成使命。州家知其事，再遣另一吏员往洛阳通章，但有司却以先得郡章的原因，不复查察此案，于是州家受其短。
太史慈由是知名于世，但他亦成为州家所仇视的人物，为免受到无妄之灾，乃避居于辽东。孔融觉得太史慈所为，信义笃烈，有古人之风。于是数次遣人到东莱郡动问太史慈的母亲，并奉送赠礼作为致意。
此后不久，黄巾渠帅管亥又率军来到北海，杀到朱虚县，孔融被迫取道东北，又退到都昌县（今山东昌邑县西）。
眼见前面已经是波涛汹涌的渤海，完全无路可退了，他只得横下一条心，率领残部依据都昌县的城池固守。
邴原送走太史慈和刘政后，来见公孙度，对其道：“将军前些日子要杀刘政，把他当作自己的祸害，现在刘政已经离去，您的祸害难道不是已经除去了吗？”公孙度道：“是这样。”
邴原道：“你所以害怕刘政，是因为他有智谋。现在刘政已经脱身，他的智谋将得到使用，为什么还拘押刘政的家属呢？不如赦免了他们，别又结下一仇怨。”
公孙度于是放出了刘政家属，邴原又出资把他们送到刘政家里，使他们都得以返回原郡。
太史慈从辽东回到家乡，见到母亲，母亲对太史慈说：“孔北海（就是孔融，因为管理北海，所以当地人们都这么称呼）在你走后，多次派人对我赡恤殷勤，比起故人旧亲有过之而无不及，他如今被贼人围困，你当赴身相助。
太史慈一听，立即日夜兼程，赶到西南的都昌县。他趁敌人的包围还没有部署完成，乘夜冲进城中。
孔融听说太史感到来，忙与之相见，见太史慈其人果然英武不凡，孔融大喜。太史慈请求让他带兵出击，孔融不允，说：“如今敌人势大，青州诸郡中只有平原国刘备有一定实力，只能向其搬请救兵，无奈手下无人敢应。
太史慈见状，自告奋勇，愿带书信，单人匹马出城求援。孔融甚壮其言，当即书信一封交于太史慈。
太史慈严装饱食，带上箭囊，摄弓上马，另牵引两匹马随自己身后，马上各撑着一个箭靶，开门出城。围城的黄巾军一看，十分惊骇，不知其意。
太史慈引马来到城壕边，插好箭靶，不慌不忙地练习射箭，射毕，入门回城。（出射之，射之毕，径入门）。
接下来两天具是如此，围城的黄巾军放松了警惕，不再理会他。太史慈抓住机会，快马加鞭突入重围，趁敌人惊讶之际，绝尘而去。太史慈用弓箭射杀数人，箭无虚发，没人再敢追。
太史慈来到平原，求见刘备。刘备早就对孔融倾慕不已，只是无缘结识，深以为憾。他一听说北海相孔融有专使紧急求见，也不顾夜静更深，立即披衣下床，接见来使。
厅堂之上，明烛高烧。宾主施礼坐下，风尘仆仆的太史慈就急忙说明来意。刘备一听是求自己发兵以救围城之急，当时沉吟不语。刘备暗想如果自己发兵太多，恐怕袁绍兵锋东向，自己的平原国就岌岌可危了。
太史慈见刘备沉吟不决，便再度慷慨陈词道：“慈乃一介凡夫，与孔北海无骨肉之亲，亦非乡党之谊只因为慕名而相知，兼有分灾共患的情义。现黄巾暴乱，北海被围，他孤穷无援，危在旦夕！”
太史慈接着道：“久闻使君您有仁义之名，能救人急难，故而奋力支持，以生死寄托于君，望君慨然相救！”
刘备听完，不禁热血上涌，当即敛容答道：“孔北海知世间有刘备耶！”
当下，刘备遣关羽率精锐步兵两千五百人，赵云率铁甲骑兵五百人，火速驰援北海！刘备自己则和张飞领两千人守平原。
太史慈见刘备如此仗义，在自身危难之时犹不吝以精锐主力救人急难，大为感动。再三致谢后，太史慈便和关羽、赵云二将直奔北海而去。
七日后，平原援军抵达都昌城郊。围城的黄巾军缺乏严格训练，加之攻城半月不下，不免兵疲意沮。一听说有救兵赶至，呼啸一声，纷纷撤退。北海之围遂解。
孔融绝处逢生，刘备却遇到了大麻烦。袁绍击退公孙瓒主力后，果然派偏师东侵平原国。刘备苦战数日，寡不敌众，只好且战且退，撤出平原。
袁绍得了平原国，跨过黄河，继续东进。刘备退到平原以东约三百里的齐国（治所在今山东淄博市临淄区），与青州刺史田楷的军队会合。
这时，关羽和赵云得胜返回，也在齐国的首府临菑与刘备相遇。三下合兵一处，终于把东进袁军的势头遏止在临菑城下。
虽然刘备丢掉了平原国，但是他舍己为人，解救大名士孔融于危难的慷慨义举，却很快广为流传。他的社会声望和名誉陡然增高。连袁绍都评价他道：“刘玄德弘雅有信义。”
孔融得救之后，对太史慈极为看重，他对太史慈道：“你真是我的忘年交啊！”这一年，孔融四十一岁，太史慈二十八岁，两人相差十三岁。
但是，太史慈并未在孔融手下依仗功劳坐享回报，而是很快辞别孔融回到老家。听了儿子太史慈的报告，老母很平静地答道：“我很喜欢你终于对孔北海有所报答。”
不久，太史慈就下江南见友人去了，此后成为孙吴的名将，再也没有与孔融见面。
