三国吴甘露元年(265年),东吴于南头设司盐都尉，并垒“芜城”。东晋咸和六年（331年），析南海郡置东官郡，郡治宝安县城子冈（今深圳南头），《太平寰宇记》载：“东官郡有芜城,即吴时司盐都尉垒。”

东晋时期 东官郡 宝安县

唐代广州成为重要的海洋贸易港口，为保卫珠江口，开元二十四年（736年），朝廷在南头设置屯门镇（军镇），镇治南头，驻军两千。至德二年（757年），改宝安县为东莞县，并将县治迁至到涌。

1866年新安（宝安）县全图

明洪武二十七年（1394年），于南头故宝安县治置东莞守御千户所，广州左卫千户崔皓建筑所城，因城在南头，故称南头城。城池周围连子城（瓮城）共五百七十八丈五尺，高二丈，面宽一丈，城基宽二丈。设城门四座：东门聚奎、西门镇海、南门宁南（南门外还有一门名“迎恩”）、北门拱辰。城池东南、西南各有水关一座。

清代县志县城之图

此后百年间，南头地区一直遭受海盗、倭寇、西洋番夷的骚扰，虽有东莞千户所在次震慑，但由于缺少县级行政管理，加之明中期后卫所军队武备废弛，根本无法有效防御海上敌寇，南头沿海深受其害。

1932年国民政府陆军部测绘宝安县

嘉靖三十年（1551），东莞人何亚八相聚为盗，横行于珠江口，并带夷人侵扰劫掠南头城，千户万里守南山烟墩，与敌血战，因外援不继，全部将士力尽战死。

深圳宝安南头古城范围示意

隆庆元年(1567年)倭寇与海盗勾结攻入南头城,千户李茂材奋力抗击,追击倭寇至雷州港,因无援而战死。隆庆四年（1570年）百户吴纶战死。

时任广东提刑按察副使的刘稳巡察民情至南头，驻扎南头城内海道署。发现南头距离东莞县治远超百里，偏僻难治，当地乡贤以南头古时曾设宝安县为由，纷纷恳请建县。

1941年广东省宝安县全图

万历元年（1573年），始析东莞县置新县，朝廷赐名，取“革故鼎新，去危为安”之意，命名为新安县，县治南头城，即原东莞所城，属广州府。

70年代南头古城南门，城头还留有抗战时期日军修筑的碉堡，城墙上的女墙也未修缮。

首任知县吴大训认为北门当县衙之背，正对来脉，开门非宜，故而塞废北门。万历五年（1577年）增建东、西、南三门瓮城城楼。崇祯十三年（1640年），增高城墙至二丈五尺。

清康熙五年（1666年），清廷为实行海禁，迁废沿海地，新安县因迁界并入东莞县。三年后复置，属广州府。

二战末美军航空测绘的宝安县周边地形

鸦片战争后，英国通过《南京条约》、《北京条约》和《展拓香港界址专条》先后从新安县割走香港岛、九龙半岛及新界。

民国三年（1914年），全国地名普查，新广东、河南、河北三省均有新安县。保留河南新安县，河北新安县改名为安新县，广东新安县则改用古名宝安县。

50年代美国测绘的宝安县图

1978年8月，惠阳地委上报省委《关于宝安县改为深圳市的请求报告》。1979年，改宝安县为深圳市。1981年，恢复宝安县建制，沿革至今为深圳市宝安区。