龙门本故增城县之地，其西境多山与从化接壤，其山盛产铁矿，峒民聚居其间。明中期起，大量失地流民至此采矿铸铁，开垦山地以谋生，朝廷再次设上龙门巡检司专司捕盗。

龙门县志县城内外图

原本采矿者多为外地流民，但至弘治初年，连本地穷困百姓也开始上山开矿冶铁，从而引发争利之斗。弘治四年（1491年），右都御史，总督两广军务秦纮，以流民聚山区易生寇变（之前秦纮就曾上奏请在两广实行保甲，以绝盗源），奏请发兵清剿。

1932年国民政府陆军部测绘龙门县

明军轻敌冒进，进入山区后遭遇埋伏，阵亡将领三人。次年，明军再度发兵进剿，并吸取上次教训，先募集乡勇，以本地人为向导，官军随之，连破义军十七寨，斩首数千。事平后，秦纮以其地险阻辽阔而不可治，遂建议置县控扼要冲。

明弘治九年（1496年），割增城县东北部的西林、平康、金牛三都及博罗县西北边地设新县，因县境原是增城县的上龙门地区，故名龙门县。

龙门明清城池范围示意

置县初商议筑城于狮岭之埔的上龙门巡检司，绘图献于上官，上官认为上龙门巡检司四面多山，遂命增城县丞李鈿前来相形势。

李鈿实地勘察后汇报西林都七星岗为要害之处，环岗皆田畴，少村落，乃筑城于此。城周四百九十二丈九尺，设门四座：东门青阳、南门宣化、西门秀兑、北门拱北。

民国时期龙门县区镇乡界图

嘉靖六年知县赵华重修，嘉靖四十一年知县林宗和因寇警增加城墙三尺，隆庆二年又增高城墙二尺。

崇祯十七年，李自成攻入北京。武举谭天池领守备职却欲作乱，暗中纠结山贼老虎哥、马过河等数千人围攻龙门县城。龙门知县自知不敌以库金千两求和，贼受金不去，后还是巡按派兵出援方才解围。

50年代龙门县

顺治七年贼首罗从天、沈章龙等率军攻破龙门，屠城劫掠并杀知县林启吕。康熙初以龙门为要害，设千总一员、把总两员，驻兵五百（后裁撤173员）。康熙五十一年，知县萧大成重修城墙，更四门名为：东门仁育、西门义正、南门文明、北门贞安。

二战末美军航空测绘龙门周边地形

终清一朝，龙门周边的贼乱此起彼伏，尤其是鸦片战争之后，清廷加重对民间的剥削，更加刺激少数民族反抗。一直到民国初，龙门境内战乱不断（民国十七年，红军就曾占据过县城）。直到民国二十年左右才稍显安定。

1988年，龙门改隶惠州市。