在考虑SAPHO综合征的鉴别诊断时，应牢记感染和恶性肿瘤。与SAPHO综合征中观察到的多灶性病变不同，如果临床表现包括发热和孤立性病变，则应考虑骨髓炎。还应考虑骨肉瘤、尤文氏肉瘤、淋巴瘤和骨转移肿瘤等恶性肿瘤。

局部骨痛、发热、肿胀、压痛和缺乏全身症状是SAPHO和骨肉瘤的相似之处。然而，骨肉瘤通常发生在单个骨骼中，并以特定的放射学变化为特征。骨转移常见于椎骨、骨盆、骶骨和股骨，也应予以考虑。因此，对于治疗无反应、患有其他合并症（例如心内膜炎或静脉注射吸毒者）或伴有全身系统症状的患者，应考虑这些可能性。可能需要进一步的放射学评估，例如活检、培养和PET。

由于前胸壁是SAPHO的常见受累部位，因此必须考虑也可能影响该区域的其他情况（图 3）。应考虑Tietze综合征，该综合征通常出现在年轻人中，伴有 2-4 个肋软骨关节的单侧疼痛和肿胀。受影响的区域有疼痛和肿胀，呼吸会导致疼痛放射到肩部。虽然Tietze综合征很少累及胸锁关节，但急性期反应物可能升高，尤其是在活动期。

除SAPHO综合征外，RA和PMR也会影响胸锁区。在RA患者中，约20%的病例显示该区域受累，约5%的健康对照出现无症状肿胀。据报道，四分之一的用 PET评估的PMR患者也参与了该区域。另一种需要考虑的疾病是致密性骨炎，其表现为锁骨内侧端硬化，临床检测到该区域疼痛和肿胀。显着特征包括非炎症、单侧受累、关节保留以及没有任何其他前胸壁结构受累。弗里德里希病是影响该区域的另一种疾病，其特征是锁骨内侧端的骨坏死。一般为单侧，临床表现为肿胀和轻度疼痛，风湿病检查和炎症参数正常。约1%的病例可累及化脓性关节炎。

儿科年龄组的鉴别诊断包括尤文氏肉瘤、组织细胞增多症和马吉德综合征。