荥阳大会结束后 ，高迎祥、李自成、张献忠合兵东出，相继攻破密县、上蔡，进抵汝宁。这支农军在汝宁城外兵分两路，闯王高迎祥率一路由新蔡、寿州进军凤阳；八大王张献忠和闯将李自成率另一路先克颍州， 再至寿州与高迎祥会师，最终合攻明中都凤阳府。

高迎祥等先挑选出300名精明强干的士兵，让他们打扮成商贩、车夫、游方僧道，赶在大军前面混入凤阳城，以为内应。这些人入城后整日在街上游荡，将凤阳驻军的情况摸得一清二楚，为之后攻取凤阳府打下基础。

凤阳是明帝国的“龙兴”之地，明初就定为“中都”。朱元璋创建大明后就将其祖父母、父母的遗骸都敛葬在这里，也就是所谓的凤阳皇陵，亦称“明祖陵” 。自明朝立国之初，凤阳府一直驻有重兵，设中都留守司，管辖八卫和一个千户所，班军、高墙军、操军和护陵新军等也驻扎在此，城内还有驻凤阳巡抚和一些监军太监。凤阳巡抚日常居于淮安，因为他还要兼管运河漕运。彼时的巡抚是杨一鹏，因年老多病，精力不济，并未采取什么切实有效的防备措施。

崇祯八年元宵节清晨，凤阳城内张灯结彩，欢声笑语，人们正准备欢度佳节 ，大批农民军忽然来到城下，犹如从天而降，城外人喊马嘶，刀枪林立，把城头上的守军吓一大跳。守官们大多还在酣睡，忽然听到外面传来的喧哗声，秩序大乱，他们这才反应过来，“流贼” 真的杀来了。

史载，最先赶到凤阳城外的是扫地王张一川和太平王率领的队伍，高迎祥、李自成、张献忠所率的军队紧随其后，源源开至。凤阳明军虽多，却未进行像样的抵抗就溃散了。农军士卒翻墙而入，驻守城内的千户官陈弘祖率少数部下仓惶迎战，很快被农军击溃，陈弘祖等人皆被砍杀。李自成纵火将朱元璋早年出家的龙兴寺烧毁殆尽，并捣毁了监禁宗室（皇亲）犯人的“凤阳高墙”，张献忠也放火烧掉了明皇陵的享殿，并盗掘了陵墓，将朱氏老祖的遗骨扔得满地都是，任人践踏。驻守中都的官员有的被擒杀，有的投降，守兵除少数战死外大都弃械投降或逃散一空。农民军没费太大力气很快就占领了整个凤阳城。

农民军在凤阳待了3天 ，几乎将明祖陵摧毁殆尽，还将陵区里的30余万株古松柏树悉数烧毁，大火连烧好几天不熄，百里外都能望见火焰、浓烟。农民军在城内烧杀抢掠，留守老家的明宗室成员几被诛杀殆尽，部分农军兵卒滥杀无辜，还有人以杀人为戏：“剖孕妇，注婴儿于槊（长杆矛）” 。

远在京师的崇祯帝得知噩耗后十分震惊，痛心疾首的他亲自哭祭太庙，下令处死当时并不在城中的凤阳巡抚杨一鹏，兵部尚书张凤翼也遭处分，“戴罪视事”，南京兵部尚书吕维祺亦被削职为民。

三边总督洪承畴对中都沦陷虽然不担责任，但他也主动上书请罪，崇祯知道他足智多谋又能征善战，不予处分，反倒擢升他为兵部尚书，赐尚方宝剑，许他便宜行事。洪承畴颇受感动，表示要与“流寇”决一死战。三天后，因各路明军纷纷向凤阳开来，农民军各部相继撤离，经河南返回陕西，洪承畴统官军尾随其后，也返回关中。

崇祯8年夏秋之交，从安徽辗转回到陕西的农民军取得了一系列军事胜利。

6月中旬，李自成的老对头、孤山镇副总兵艾万年奉命率3000兵马自平凉出发夹击农民军。仇人相见，分外眼红。李自成调集兵马迎战艾万年，6月14日，双方遭遇于宁州（ 甘肃宁县），旋即展开对决。明军奋力拼杀，击斩数百农民军，李自成佯装溃退后撤，艾万年率部追击，中伏被击杀。

两天后，名将曹文诏率军前来报仇，在真宁湫头镇和李自成军遭遇，激战中，戎马半生的曹文诏将军又遭遇伏击阵亡，其侄儿曹变蛟率残部奋死突围。曹文诏、曹变蛟叔侄都是当时赫赫有名的猛将，在与农民军的战斗中屡建奇功，所向克捷，人称“大小曹将军”，农民军首领对之皆感畏惧 ，闻风丧胆。是役，李自成原本不知道与自己对战的是大名鼎鼎的死对头曹文诏，因有被围明军兵卒向他大呼“曹将军救我”，才知道被自己网住的大鱼正是曹文诏。曹文诏在农军重重围困下，左右跳荡，亲手格杀数十人，奋力冲出数里，最后见无法脱困，他不愿被俘受辱，毅然挥剑自刎身亡。

曹变蛟率余部拼死强突，虽然伤亡很重，但还是有不少人跟着他杀出重围，逃出生天。崇祯十四年松山战役中，曹变蛟拒绝溃围，亲率标营夜袭皇太极大营，差点袭杀皇太极，清军愈聚愈多，小曹将军身被重创，精疲力竭，遂率部趁乱退走，功亏一篑。次年松山粮尽，清军破城，曹变蛟力战而死。当然，这都是后话了。

艾万年、曹文诏都是镇压农民军的主将，立过很多战功，这两位名将先后战死，对明王朝来说是重大损失。

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