1955年，南京军区成立后，为加强军区领导工作，将在上海工作的郭化若调去担任军区副司令员，主管军事训练工作。

可在此后的十多年里，他也就干两件事，分管工作越来越轻，话语权减小。

郭化若是老资格，曾是黄埔军校毕业，又留学苏联。在土地革命和抗日时期长期干军事教育工作。他在求学期间主攻炮兵，也在1944年成为我军首位炮兵学校校长，但日理万机的工作累到了。抗战胜利后，学校到东北办学，他因身体原因没有去，朱瑞代理校长。对方为东北部队的炮兵发展做出巨大贡献，不仅培养大批炮兵人才，还组建炮兵部队。

当初郭化若身体好，他在炮兵方面的成就会不会像朱瑞那样呢。

内战打响前夕，他被派往华东战场，先担任地方军区副司令，后调任野战纵队担任副司令、纵队政委、兵团政委等职，指挥部队解放上海。

新中国成立后，他在上海担任的职务太多，如华东防空部司令、华东公安部队司令、上海警备区司令等职。一开始上海驻扎二十多兵力。后来野战军抽调一多部分，还剩下五万多，要防止敌特，要进行海防，还有空防，压力很大，任务很多。

不过，此时上海的安全都由他说了算。

1955年，他被调任军区副司令，干两件大事。

第一建设，训练部队射击，将部队干部射击纳入考核，干部带头作用。只有干部掌握后，主抓射击项目，部队才能提高应有的水平。因此办培训班，通过练习达到合格。

这样也带动底下部队训练，使得军区的整体射击水平提升很大一截，在射击比赛中非常出成绩。

1959年，他从分管军事训练改为编写军史。虽然职务不变，分工不同，也意味着工作轻重不一样。分管军训、作战等都是在副职中占据重要的位置，分管后勤，以及文化、教育，甚至战史这些与军队打仗相关性低的，在副职中排名靠后，说话的分量也不高。

1959年，他曾给军区副参谋长王德说话，希望对方能留在军队，但没有被采纳。军区司令对他与王德也是有不同看法的。

在郭化若的回忆录中，没有提到过军区司令员、政委。

至于是什么原因不得而知，1966年他曾说自己被莫名的排挤和批判，到了合肥休养。后来又离开军区，被免去职务。