通过将本实验结合质谱(MS)或测序技术,本实验能够精准鉴定miRNA的结合蛋白、靶mRNA或竞争性内源RNA(ceRNA),为功能研究与转化医学提供关键数据支持。三、实验流程
(一)探针准备
探针合成:合成生物素标记的miRNA作为pull down的探针
探针序列如下:
探针名称探针序列hsa-miR-21-5pUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGA(二)miRNA pull down实验
1、细胞培养并转染生物素标记的miRNA
a. 按每皿1×10^7 细胞量培养细胞;
b. 实验组转染生物素标记的 miRNA 探针;
c. 培养48小时后,胰酶消化收集细胞,并用预冷的PBS 洗涤细胞两次;
2、链霉素亲和磁珠与生物素标记的RNA结合
a. 颠倒混匀磁珠,并转移30ul磁珠到一个新的EP管中
b. 将EP管置于磁力架上静置约1min,进行磁性分离;
c. 吸除上清,并加入60ul A液重悬磁珠,然后进行磁性分离;
d. 吸除上清,并加入30ul B液重悬磁珠,然后进行磁性分离;
e. 吸除上清,并加入30ul C液重悬磁珠,然后进行磁性分离;
f. 重复步骤5;
3、样本前处理
a. 用500ul预冷的lysis buffer(预先加入RNase Inhibitor)重新悬浮细胞;然后涡旋30s,并吹打混匀;
b. 4℃翻转孵育30min;
c. 17000×g, 4℃,离心15min;
d. 转移上清到一个新的EP管备用。
e. 取30ul 作为input,冻存在-80℃备用;取300ul进行后续实验
4、磁珠与miRNA-RNA复合物
a. 把预处理好的磁珠,放置到磁力架上进行磁性分离;
b. 吸除上清,并加入30ul C液重悬磁珠,然后进行磁性分离;
c. 重复步骤2;
d. 用300ul 细胞裂解液重悬磁珠;
e. 4℃旋转孵育60min;
5、洗涤与洗脱
a. 把样本放置到磁力架上进行磁性分离;
b. 吸除上清,加入300µL 1X wash buffer重悬磁珠;
c. 重复步骤1与2两次;
d. 把样本放置到磁力架上进行磁性分离;
e. 吸除上清,加入50ul Elution buffer,重悬磁珠;
f. 把样本放置到磁力架上进行磁性分离;
g. 转移上清到新的EP管中,即为pull down 产物;
h. 向pull down 产物中加入1mL trizol 进行RNA 纯化回收
6、RNA 反转录与定量检测
a. 按照下列组分配制RT反应液(反应液制备请在冰上进行)。为了保证反应液配制的准确性,减少分装造成的误差,应按照比实际用量稍大的体积配制反应液,最后加入RNA样品。
试剂组分使用量终浓度5×PrimeScript Buffer(for Real Time)2uL1×PrimeScript RT Enzyme Mix I0.5uLRandom 6 mers(100 μM)*10.5uL50 pmolRNA7 uL注意:注意反转录步骤RNA投入量按等体积进行,后续实验稀释及上机检测皆按比例进行。
b. 按如下程序进行反转录:
37℃,15min;85℃,5sec;-20℃保存备用!
c. 定量PCR检测
1) 将Mix在4℃下融解,轻柔地上下颠倒混匀并进行短暂离心。
2) 冰上配制下表中的反应液
成分加入量终浓度Hieff qPCR SYBR® Green Master Mix (low Rox)5μL1×Forward Primer (10μM)0.2μL0.2 μMReverse Primer (10μM)0.2μL0.2 μMcDNA2μLRNase-free Waterto 10μL3)将反应管进行短暂离心,确保所有反应液在反应孔底部。
4)采用三步法程序进行反应:
循环数步骤温度时间荧光采集1预变性95℃5minNo40变性95℃10sNo退火60℃30sYes上述反应结束后,从60℃~95℃过程中进行熔解曲线分析四、技术优势✅ 高特异性
✅ 广泛适用性
✅ 高灵敏度
✅ 多维度分析
四、适用范围1️⃣ miRNA功能机制研究
2️⃣ 疾病机制解析
3️⃣ 药物开发与疗效评估
4️⃣ 诊断标志物开发
六、代表性实验结果
(注:组织样品需液氮速冻、保存于-80度,样品使用干冰寄送)
如您希望进一步了解该实验的技术细节、数据展示或定制化服务,欢迎联系我们的科研服务团队!