清同治五年（1866）十月二十，捻军于河南许昌一分为二。东捻军约十万，由赖文光、任化邦等带领，以骑兵居多，用灵活流动作战之法，在河南、山东、安徽及江苏、湖北北部等多地辗转。西捻军约六万，由张宗禹、张禹爵等率，前往西北陕晋作战，与东捻呼应。

1867年1月，东捻军一路长途奔袭，来到湖北安陆府（如今的钟祥）臼口镇罗家集。在这里，他们和太子少保、一等威毅伯（一等男爵）兼湖北巡抚曾国荃带领的新湘军（灭太平天国后裁撤旧部重新组建）展开激战。东捻军重创新湘军猛将、提督郭松林所部，战果丰硕，初战告捷。

当月，东捻军于德安府杨家河将淮军总兵张树珊所率的曾国藩亲兵营包围，紧接着发起围攻。在激烈混战里，淮军悍将、署广西右江镇总兵张树珊被击毙，其所率军队也被东捻军全部歼灭。

当年2月，在安陆府臼口镇尹隆河（现永隆河），东捻军大败淮军名将刘铭传的数千人马，正打算乘胜全歼时，湘军猛将、提督鲍超领着霆军赶到，突袭东捻军侧背。赖文光、任化邦陷入腹背受敌之境，只能撤围，刘铭传因此脱险。东捻军东下入川计划也因鲍超搅局而搁浅。

1867年3月，东捻军在湖北蕲水六神港布下埋伏，把记名布政使、湘军旧将彭毓橘所率数千鄂军打得大败，击毙彭毓橘。之后迅速摆脱追兵，成功冲出湖北，一路辗转北上至山东，渡过运河后，到达黄海边上的胶东半岛。

同年8月，东捻军在胶莱河北端海神庙冲破清军防线，攻入山东中部。之后，李鸿章的淮军筑起长墙工事（壕墙），把他们困在黄河南、六塘河北、胶莱河西、运河东的狭小地带。东捻军善长途奔袭、流动作战的骑兵优势难施展，多次突围皆败。

11月12日，东捻骑兵迅速抵达潍县（现潍坊市）松树山，碰上养精蓄锐、武器先进的淮军，惨遭挫败，伤亡巨大。19日，于江苏赣榆又受到淮军与新湘军的阻击，损失极为严重，鲁王任化邦也在此战中丧生。

同年12月，赖文光领着东捻军残部在山东寿光和湘淮军展开决战，结果一败涂地，三万多将士战死。仅赖文光带着千余骑兵突出重围，迅速南下，冲破淮军在六塘河设下的防线，沿大运河东岸南奔。淮军紧追不舍，赖文光多次拼死突围，始终无法渡过运河。

1868年1月5日，赖文光领着东捻军数百残兵冲到江苏扬州瓦窑铺，却被紧追的淮军吴毓兰部围住。他奋力突围无果，部下在枪火中伤亡惨重，只剩几人逃脱。激战里，赖文光被流弹击伤，重伤后被淮军擒获。在扬州狱中，他写《赖文光自述》，称“惟一死以报国家，以全臣节”。1月10日，李鸿章下令将其凌迟，东捻军就此覆灭。

东捻军覆灭后，没了依靠的西捻军很快被清军剿灭。太平天国亡后，赖文光、陈得才等远征西北的太平军成了孤军，为求活路，他们与北方捻军张宗禹、任化邦部会合，用太平军治军之法整编训练，传承了太平军衣钵，凭借捻军骑战优势以流动战术抗清。赖文光兵败遇害，东捻军全灭；张宗禹的西捻军也被清军围攻而覆灭。持续18年的捻军起义告终，也可视为最后一支太平军的消亡。