面对申请劳动仲裁后被公司控告职务侵占的情况，你可以采取以下措施来应对：
一、保持冷静，了解法律程序首先，你需要保持冷静，不要因被控告而慌乱。了解相关的法律程序和规定，明确自己的权利和义务。职务侵占是一个严重的指控，但只要你没有违法行为，就不需要过分担心。
针对公司的控告，你需要积极准备证据来证明自己没有职务侵占的行为。这些证据可以包括你的工作记录、财务报告、交易记录等，能够证明你的职务行为和公司财务的合法性。同时，你也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地应对法律程序。
三、申请劳动仲裁程序不受影响尽管公司对你提出了职务侵占的控告，但这并不影响你申请劳动仲裁的程序。你可以继续按照劳动仲裁的流程进行，包括提交申请书、提供证据、参加庭审等。劳动仲裁机构会依法进行裁决，保护你的合法权益。
四、关注劳动仲裁与刑事案件的关联如果公司与你的劳动争议案件中，部分事实需要通过刑事案件来查明，那么根据《民事诉讼法》的规定，劳动争议案件可能会中止审理，等待公安机关就刑事案件作出处理决定后再继续审理。但请注意，如果劳动争议案件涉及到你的基本生活保障，如追索劳动报酬等，你可以向法院申请对全案不裁定中止审理，以保护你的基本权益。
五、维护自身权益，寻求法律援助在整个过程中，你需要时刻关注自己的权益是否受到侵害。如果感到自己的权益受到威胁或损害，可以及时向劳动仲裁机构、法院或相关部门反映情况，并寻求法律援助和支持。
总之，佛山知名律师郭涛表示，面对公司的控告，你需要保持冷静、积极应诉、关注法律程序和自己的权益。同时，寻求专业律师的帮助也是非常重要的，他们可以为你提供专业的法律意见和支持。
