胡林翼进围武昌后，不顾清廷速克武昌的一再催促，停止强攻，采取“围点打援、长围坐困之计” 。为此，他督军在武昌城郊大修防御工事，深壕高垒，形成环形包围圈，把偌大城池围得水泄不通。同时，他发挥水师船坚炮利、移动灵便的优势，全力攻打武汉太平军水师船队，基本牢牢控制住长江江面，截断了汉阳、武昌间的船运往来，并派出船队巡弋至武汉下游，以威慑太平军水师，并拦击太平军为武汉运输军需的船队和护航舰队。

依靠这一战略转变，凭借各类坚固的防御工事，湘军以轻微的代价，在咸丰六年（1856）五、六月间，两次击退检点古隆贤率领的太平军援军，斩获甚多，且使武汉城内的太平军守军处境日益艰难，获得接济的机会越来越少。

与湖北战区湘军逐渐占据优势明显相反的是，江西战区的湘军处境却每况愈下。罗泽南率五千精锐离赣援鄂后，十月，太平天国翼王石达开即率三万余太平军主力大举捣入江西。到当年十二月初，石达开军会同广东洪兵余部（天地会起义武装） ，以破竹之势先后攻占赣江以西的大部分州县和以东的重镇樟树。

坐镇南昌的曾国藩命正在围攻九江的周凤山军（原塔齐布军）和部分水师战船赶来阻抗，经一番激战，湘军夺回了樟树镇，使得太平军试图围攻南昌的企图暂时受挫，并使南昌异常危殆之形势得到一定程度的缓解。

咸丰六年（1856）正月，石达开亲自督军攻下吉安后，于二月中旬忽然突袭樟树镇，周凤山力战不支，大败亏输，死伤一千余人，营盘、辎重尽失，他率残部突围后狼狈逃回南昌。

几天后，另一支太平军又赣东重镇抚州，接着，太平军乘胜连破金谿、宜黄、建昌、丰城、南康等府县，没喘息几天的南昌再度告急。石达开在江西攻城略地，所向披靡，江西十三府竟有八府五十座州县 （一说40多）被并入天国版图，致使省城南昌又处于军事围困的凶险局面。

与此同时，太平天国最具远见卓识、军政双优的翼王石达开在占领区颁布了各项政治措施，以稳定秩序，竟大得民心——

“贼行权术，示民无畏，散者渐回。（有不少地主、缙绅）或馈遗求全，或趋附恐后”。

在这种军政形势面前 ，一向以恃才傲物、坚毅强悍著称的左宗棠也失去了信心：

“江西事恐不可为，以民心全变，大势去矣”。

困在南昌城内的曾国藩更是一筹莫展，焦灼不安的他更陷于——

“呼救无从，中宵念此，魂梦屡惊”

之狼狈境地。正月到三月中，曾国藩五次派人冲破封锁线西入湖北向胡林翼求救，可派去求援者俱无下落， 直到三月底，才得到胡林翼的回信。与湖南老巢的联络也困难重重，因为太平军——

“悬重赏 ，购奸民捕杀。湖南致书者，无一幸免”。

这段时期是曾国藩人生中 最至暗时期。曾国藩本身困在南昌，陷入太平军的重重包围下， 孤立无援，束手无策，境况异常凄凉。他多次派人西去湖北求救，均无下文。（铁马冰河wu）好在天无绝人之路，随后他一连等来三个救星：第一个是水师大将彭玉麟，草鞋赤足跋涉七百里，经过太平军占领区半月之久，风尘仆仆来到南昌，替曾安定军心，指挥水师。第二个救星，是手足同胞曾国华，奉胡林翼之命，带四千湘勇驰援江西，凿通了湘鄂赣交通线路。第三个救星，仍是他的弟弟曾国荃，奉湘抚骆秉章之命，率三千湘勇，入援萍乡、万载。三大救星入赣，曾国藩方才转危为安，湘军颓势，因此为之一振。

随后，清军开始进围南京。石达开闻听天京吃紧，中途改变计划，带领大部分精锐主力离开南昌外围，会同杨秀清去摧毁了向荣的江南大营，石撤围后，曾国藩方得虎口脱险，幸免遇难。

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