解放军攻取甘肃、青海等地后，向新疆进军，新疆和平起义；新疆虽是和平解放，却十分险象环生。

第一野战军解放陕甘宁青后，主力挺进到酒泉、玉门、敦煌一带，逼近新疆。中共提出和平解放新疆，派人员到新疆接洽。已投向中共的张治中，曾担任过新疆省主席，受毛泽东委托，致电新疆警备总司令陶峙岳、省主席包尔汉，劝其起义。陶峙岳，湖南人；现在面临抉择，是战是降；新疆驻有3个整编师，10万多人，但陶峙岳不能完全指挥，只有一个师是自己的嫡系。之前，李宗仁让陶峙岳留一个旅在新疆，其余调回关内；陶峙岳见西北的国军败局已定，不愿充炮灰、去参与内战。1949年9月，中共联络员邓力群到了新疆省主席包尔汉那里；邓力群是随刘少奇在苏联访问，斯大林承诺帮助解放新疆；邓力群就从莫斯科到中亚的阿拉木图，又到了伊宁；邓力群的任务是促使新疆和平起义。邓力群住在包尔汉的住所里，与陶峙岳、包尔汉会谈，将张治中发的电报出示给陶峙岳、包尔汉。这些活动被保密局新疆站察觉，企图暗杀邓力群，陶峙岳等加强了安保。

陶峙岳召开会议，透露和平起义的事情，有几个将领反对投降；陶峙岳天天劝说，那三个将领见改变不了大局，就对陶峙岳说，愿交出部队，从南疆去印度；他们带着财物前往印度，陶峙岳派兵护送他们出境。1949年8月31日，彭德怀进攻河西走廊，大军已到了新疆附近。9月17日，陶峙岳、包尔汉致电张治中，起义的准备工作已完成。9月19日，陶峙岳和包尔汉联名给毛泽东发去电报，称与国民党脱离关系，接受毛主席领导。9月20日，陶峙岳派部将去兰州，和彭德怀谈判。陶峙岳宣布起义。1949年10月1日，新疆代表赛福鼎在天安门城楼参加了开国大典。10月12日，解放军乘装甲车、卡车挺进新疆。

新疆虽和平解放了，但并不平宁。解放军逼近新疆时，美国驻迪化副领事马可南，离开迪化——即乌鲁木齐；到了奇台，和新疆有名的土匪乌斯曼密谋，还有尧乐博斯、贾尼木汉等人，进行叛乱。乌斯曼是个杀人抢劫的土匪，后来担任了阿山专员，和国民党站在一起；国民党给予武器装备等各方面支持。乌斯曼有两个团，他本人是哈萨克族，用宗族关系控制着哈萨克族人。尧乐博斯是维吾尔族，担任哈密专员，是乌斯曼的拜把兄弟；蒋介石为了控制尧乐博斯，派了个女特工到尧乐博斯那里，当他的小老婆。贾尼木汉是哈萨克族，担任新疆财政厅厅长，一直和国民党有密切关系；新疆和平解放时，反对起义，逃到南山。

1950年3月，蒋介石委任乌斯曼为“新疆反共总司令”；乌斯曼等人到处造谣挑事，煽风点火，纠集土匪、散兵，蛊惑胁迫两万多牧民造反；迅速蔓延到天山南北、新疆全境。4月，叛军向解放军驻地进攻，对各族人民群众抢劫烧杀；两个月内，发生抢劫案300多起，烧毁民房30多间，打死打伤无辜群众130多人。叛军将南山作为大本营，企图夺取哈密，切断解放军和内地的交通；主力向西进犯，准备攻占新疆首府迪化。

中共新疆军区成立了剿匪指挥部，王震为总指挥，进行镇压剿匪；王震以一部分兵力部署在哈密，主力部署在迪化至奇台；以肃清乌斯曼叛军。3月25日，新疆军区派出包括骑兵在内25000人，还有飞机坦克，开始剿匪。解放军十六师副师长罗小伟等六人乘坐吉普车到前线视察，脱离主力部队；在途中，遭遇叛军伏击，罗少伟等人被打死。4月14日，解放军向叛军老巢南山红柳峡奔袭；叛军遭到出其不意的突袭，乱成一团，四处逃命；乌斯曼等人逃脱。在天山，还有另一股土匪，乌拉孜拜是首领；乌拉孜拜是哈萨克族，在昌吉等地，煽动胁迫一万多牧民叛乱。乌斯曼准备逃到乌拉孜拜那里，进行会合，然后反扑。解放军封锁路口，进行追击；同时围剿乌拉孜拜，歼灭大部，乌拉孜拜骑马逃走。3月26日，解放军的一个连开进到伊吾，遭尧乐博斯叛军包围；叛军破坏道路交通，切断电话线，解放军和外界失去联系，孤军苦战40多天，击退7次进攻；到5月7日，大部队赶到，与之会师。

新疆的剿匪历尽千辛万苦，新疆地形复杂，剿匪难度很大；6月20日，新疆军区发布战报：经过两个月剿匪，剿灭了土匪。叛乱平息后，中共加强了新疆的兵力，增派部队到新疆，进驻哈密、迪化、伊宁、阿克苏、喀什、和田等地。新疆国民党的起义部队改编为“二十二兵团”，仍由陶峙岳任司令员。

中共在新疆行政区划外，成立了“生产建设兵团”，屯垦新疆。新疆自清末以来，由杨增新、金树仁、盛世才以及国民党统治，现在换成了共产党。杨增新自诩为“圣人”，不贪不腐不近女色；后来被下属刺死。金树仁继任；之后，盛世才借助苏联的力量，将金树仁赶下台。盛世才是个野心家、阴谋家，先在内地军队任职，后来去新疆；自己说“此举系破釜沉舟”，准备夺取新疆统治权。后来统治了新疆，盛世才为防止蒋介石吞并，靠拢苏联。苏联给了大力支持，盛世才迷惑苏联，说自己信仰马列主义，要加入中共；苏联为了吞并新疆，让盛世才加入苏联共产党。二战时，德国进攻苏联；盛世才做出错误判断，认为苏联顶不住德国，就与苏联决裂，赶走新疆的苏联势力，杀了中共派往新疆的毛泽民、陈潭秋等人。其弟弟盛世骐在盛世才军队中任职，因为是共产党，也被杀了；盛世才投靠蒋介石。二战后，盛世才向斯大林发电，又想投靠苏联；斯大林将盛世才的电报给了蒋介石，盛世才狼狈不堪。蒋介石向新疆进军，盛世才下野，带着金银财宝离开新疆；国民党接手了新疆。

现在的新疆，并不安稳；新疆人谋求独立。这是施政不当导致的，新疆少数民族的语言、文化、风俗、宗教得不到传承保护，没有国家认同感，维吾尔族在上学、就业、进入政府等方面得不到保障，很容易将政府视作汉人的政府。维吾尔族感到自己的土地、疆域遭到汉人的侵占；这样下去，维吾尔族自然会搞独立。必须保护维吾尔族的语言、文化、宗教等，不能抱有大汉族主义思想，企图“统治”新疆、“同化”少数民族，不可打压少数民族；在政府、军队、国企、警务等部门大力招收少数民族，让他们有认同感：这是共同的国家、政府，或者认为是自己的国家、政府；各族人民安居乐业，自然不会去搞独立。