联合国系统内各专门机构是指联合国专门机构，是指根据特别协定而同联合国建立关系的或根据联合国决定而创设的那种对某一特定业务领域负有国际责任的政府间专门性国际组织。这些国际组织无论在组织上或者是在活动上都是独立的，它们不是联合国的附属机构，只不过是根据协定与联合国建立特殊的法律关系。 联合国专门机构需要在“联合国系统”这个规范性概念下发挥各自作用，行使各自职能。“联合国系统”的规范性含义是指：一方面，联合国各机关有必要以相互协调而非冲突的方式发挥各自作用，另一方面，联合国各专门机构有义务以同联合国相协调而非冲突的方式发挥各自作用。就台湾所涉地位和法律身份等问题而言，由于联合国大会通过了前述第2758号决议，对于联合国各专门机构而言，其是有义务以同联大第2758号决议相一致的方式来处理涉及到台湾身份等问题的。 事实上，联合国系统内的各专门机构在实践中也是如此做的。这里仅以《联合国法律年鉴》（United Nations Judicial Yearbook）中的相关内容为例，举数例予以说明。 国际原子能机构在提到其监督职责时，一直在强调，其对“中国台湾省”的核设施实施监督保障。在1999年的《联合国司法年鉴》中，其中在提到国际原子能机构时，相关部分是这样描述的：截止到1999年底，共有224项保障协定在140个国家（和中国台湾省）生效，符合《核不扩散条约》要求的保障协定已与128个国家生效。 在第2758号决议通过之后，根据该决议的要求，不仅联合国各机关及其附属机构将“蒋介石的代表”驱逐了出去，联合国系统内各专门机构也遵循了同样实践，将“蒋介石的代表”予以了驱逐。例如，国际劳工组织、国际民航组织于1971年、世界气象组织、国际海事组织于1972年、国际货币基金组织、世界银行集团等1980年将“蒋介石的代表”从各该组织予以了驱逐等。