1925年，北京女子师范大学爆发“驱杨（荫榆）”学潮，鲁迅支持学生。时任教育总长的章士钊则支持杨荫榆，下令解散女师大，并另立女子大学。鲁迅等教员组成校务维持会，反对章士钊的举措。章士钊以鲁迅身为教育部佥事却参与学生运动为由，于1925年8月呈请段祺瑞政府免去鲁迅教育部佥事职务。

章士钊是复古派代表，他创办《甲寅周刊》，提倡尊孔读经，反对新文化运动，抵制白话文，维护旧文化传统。鲁迅是新文化运动的旗手，大力倡导白话文，主张文学革命，对章士钊的复古思想和言论进行了深刻批判，称其刊物是“虽然标榜着‘甲寅’，而竟也莫名其妙”。

鲁迅被免职后，向平政院起诉章士钊。他指出章士钊的免职行为程序违法等问题。1926年3月，平政院判鲁迅胜诉，撤销了教育部对鲁迅的处分。1926年3月16日，国务总理贾德耀签署训令，批准撤销教育部对鲁迅的处分。但在此期间鲁迅职务已被免除，且之后他也未再回到教育部任职。

鲁迅走后，章士钊也未在教育部继续任职太久。1926年“三一八惨案”后，章士钊因支持段祺瑞政府镇压学生运动，遭到社会各界强烈谴责，其在教育界的声誉也一落千丈，不久便辞去了教育总长等职务，离开了教育部。这些冲突和分歧使鲁迅与章士钊之间产生了激烈的矛盾和“过节”，成为当时文化界和社会关注的焦点之一。

尽管两人有诸多矛盾，但章士钊晚年曾表示，鲁迅要是活到解放，他和鲁迅很可能是朋友。这也说明章士钊对鲁迅的才华和思想还是有一定程度的认可。